Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/science_1/otzyvy/onKuzmina.doc Дата изменения: Fri Nov 14 16:32:46 2003 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:42:09 2012 Кодировка: koi8-r

Отзыв научного руководителя
на курсовую работу студентки 2-го курса факультета биоинженерии и
биоинформатики МГУ Кузьминой Ю.Л. на тему «Выравнивание аминокислотных
последовательностей эндонуклеаз рестрикции типа II. Построение трехмерной
модели комплекса эндонуклеазы рестрикции MvaI с ДНК».

Курсовая работа Кузьминой Ю.Л. выполнялась в отделе химии нуклеиновых
кислот. На протяжении ряда лет в нашей научной группе изучаются
эндонуклеазы рестрикции II-го типа. Интерес к этим ферментам обусловлен их
огромной практической значимостью в генетической инженерии. Кроме того, они
являются исключительно удобными объектами для изучения ДНК-белковых
взаимодействий. На сегодняшний момент известно более 3500 различных
эндонуклеаз рестрикции II-го типа. Однако из-за трудностей кристаллизации
РСА выполнен только для 10 из них. Поэтому, данные о функционировании этих
белков, полученные биохимическими методами чрезвычайно ценны. Сравнительный
анализ эндонуклеаз рестрикции не выявил существенной гомологии в их
аминокислотных последовательностях. Тем не менее, следует отметить, что во
всех эндонуклеазах, исследованных методом, РСА можно выделить один и тот же
структурный фрагмент, хотя сами эндонуклеазы относятся к различным
подтипам. Для изучаемых нами эндонуклеаз рестрикции SsoII и PspGI удалось
выявить структурную гомологию с ферментом NgoMIV и промоделировать
третичную структуру этих белков.
Объектом, предложенным Кузьминой Ю.Л., явилась эндонуклеаза
рестрикции MvaI.
Для этого фермента нами накоплен большой объем экспериментальных данных,
однако, по механизму действия и первичной последовательности он не похож на
SsoII и PspGI. В связи с этим Кузьминой Ю.Л. предстояла достаточно сложная
и кропотливая работа по анализу первичной и вторичной структуры MvaI,
поиску "тонких" гомологий с другими эндонуклеазами рестрикции.
Фактически Кузьмина Ю.Л. приступила к выполнению работы лишь в
октябре 2003 года. Следует отметить, что по мере ознакомления с работой она
проявляла к ней все больший и больший интерес, научилась работать со
многими компьютерными программами
и базами данных, внесла ряд научных предложений. К ее собственным находкам
относится обнаружение гомологии MvaI с белком аэролизином, не относящимся
к классу эндонуклеаз рестрикции.
Тем не менее, времени для тщательного выполнения работы Кузьминой
Ю.Л. естественно не хватило. Полученные на данный момент результаты
нуждаются в дополнительном анализе.
Однако, как учебная задача курсовая работа Кузьминой Ю.Л. может быть
зачтена, и отдельные результаты могут быть представлены в виде стендового
доклада на студенческой конференции факультета биоинженерии и
биоинформатики.

Кандидат химических наук,
старший научный сотрудник
НИИ ФХБ им. А.Н. Белозерского
Е.А. Кубарева
[pic]