Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_16.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:22 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:47:24 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 16
Задания

1. С помощью редактора FAR создайте файл first_aln.txt, а в нем -
выравнивание 2-х пробных
аминокислотных последовательностей из файлов х1.txt и x2.txt, где
х1=1 и х2=3 для студентов,
сидящих за компьютером с нечетным номером, х1=2 и х2=4 для студентов,
сидящих за
компьютером с четным номером . Файлы см. в директории
P:/y03/TERM2/Practice16/.
Постарайтесь, чтобы выравнивание имело максимальную "цену". Правила
оценки: цена гэпа = -1,
цена совпадения = +1, цена замены = 0. Приведите в файле
first_aln.txt "цену" Вашего выравнивания.

2. Создайте с помощью редактора GeneDoc 2 выравнивания.
Первое - выравнивание Вашего белка и первой из двух обязательных
для Вас последовательностей;
Второе - выравнивание Вашего белка и второй из двух обязательных
для Вас последовательностей.
Обязательные последовательности - это последовательности из 2-х
обязательных для Вас
организмов, найденные Вами по полю DE в банке UniProt на занятии
15!
Результаты сохраните в виде файлов second_aln.msf и third_aln.msf .
Кроме того, оба раскрашенных выравнивания экспортируйте и сохраните в
файлах
second_aln.doc и third_aln.doc.

Выравнивание должно иметь следующую конфигурацию:
а) длина блока - 60 символов;
б) указаны номера остатков в начале и конце блоков;
в) помечены позиции выравнивания через каждые 5;
г) совпадающие остатки выделены цветом: темно-синим - буквы, красным
- фон.
е) внизу есть консенсусная последовательность.