Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_6.doc
Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:20 2004
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:36:58 2012
Кодировка: koi8-r


Материалы к занятию 6


Задания

Посмотрите, как выглядит Ваш белок!
Найдите на диске Р:\ текстовой файл my_protein.ent, где
my_protein - 4-х буквенный идентификатор
файла PDB (последнее из данных Вам имен Вашего белка). Скопируйте его в
свою рабочую
директорию. Файлы такого типа ассоциированы с программой визуализации
пространственных
структур RasMol, поэтому двойной щелчок по левой кнопке мыши приведет к
появлению на экране
картинки. Попробуйте разные режимы просмотра (кнопка «Display).
Полюбопытствуйте, что на экране у товарищей! Это может быть очень
поучительно.
Определите количество полипептидных цепей в Вашей структуре, а также
наличие лигандов.
Подсказка: используйте разные способы раскрашивания структуры (кнопка
«Colours»); возможно, что придется подобрать режим просмотра (кнопка
«Display).
С помощью FAR найдите в файле my_protein.ent название лиганда. Оно
может встретиться в начале файла
и в поле HETNAM.
Результаты наблюдений опишите в файле 3D_my_protein.doc, где
my_protein - имя Вашего белка.
Опишите общую форму структуры. Оцените ее размеры.
Выберите режим просмотра шариковой модели (кнопка «Display» ( кнопка
«Spacefill»).
Покрутите структуру и выберите простую геометрическую фигуру для
аппроксимации ее формы . Это может быть шар, цилиндр, куб.., гриб.
Нарисуйте фигуру (крупно!) в файле 3D_my_protein.doc, используя
автофигуры редактора Word .Решите, какие линейные размеры Вы хотите
определить для описания структуры. Отметьте их двухсторонними стрелочками
на рис. и приступайте к измерениям.
Для измерений используйте кнопки «Settings»=>«Pick Distance». После
нажатия кнопок выбирайте
первую точку в структуре и щелкаете по левой кнопке мыши, а затем так же
выбирайте вторую точку. На экране должна появиться пунктирная линия с
указанием расстояния между точками в е, подберите режим просмотра
структуры, позволяющий ее разглядеть.
Затем определите, между какими атомами Вы измеряли расстояние. Для
определения имени атома используйте кнопки «Settings»=>«Pick Label».
После нажатия кнопок подведите курсор к выбранной точке и щелкните по
левой кнопке мыши.
Результаты опишите в файле 3D_my_protein.doc.
Выделите аминокислотный остаток ? 70, а также фрагмент полипептидной цепи
75-80.
Выберите режим просмотра «Backbone», а затем перейдите в
командное окно RasMol'а и
последовательно введите команды - select 70, color red,
spacefill. Посмотрите, что получилось.
Создайте скрипт-файл, который сохранит Вашу работу в RasMol'е.
Для этого в командном окне введите команду write script file_name.scr.
Попробуйте открыть скрипт-файл.
Закройте файл my_protein.ent , с которым Вы работали, и введите
команду script file_name.scr.
Посмотрите, что получилось.
Домашнее задание:
1. Сколько молекул Вашего белка поместится в одной клетке Escherichia
coli, если
аппроксимировать клетку цилиндром r=0.5(m и h=2(m ?.
2. Современные фирмы создают кристаллы CPU с точностью до 0.13(m.
Скольким молекулам Вашего белка это соответствует?
3. Сколько молекул Вашего белка надо собрать, чтобы увидеть эту кучу под
световым микроскопом? Предел разрешения оценивается как (./2, где ( -
длина волны.