Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_05/term2/help7.html
Дата изменения: Tue Mar 21 13:33:11 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:32:00 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Указания к занятию 7 |
||||
Вам понадобятся команды UNIX, краткий список которых имеется здесь. Чтобы программой needle построить выравнивание последовательностей из файлов a.fasta и b.fasta и результат сохранить в файле c.needle, необходимо:
Чтобы запустить needle с другими значениями штрафов за открытие и удлинение гэпа, надо опустить -auto, тогда программа спросит вас о значениях этих параметров. Чтобы программа matcher выдала n вариантов локального выравнивания, надо выполнить команду: matcher a.fasta b.fasta c.matcher -alt n(естественно, вместо n надо подставить конкретное целое число). Вместо Программу dotmatcher в текущей версии EMBOSS придется запускать так: dotmatcher a.fasta b.fasta -graph cps -xygraph none -optionsпрограмма спросит вас об опциях и сохранит рисунок в postscript-формате в файле dotmatcher.ps
|