Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Cr_3/Cr_3.doc Дата изменения: Mon Nov 27 21:42:14 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 15:10:24 2012 Кодировка: koi8-r

Не окончательный вариант


Зачетное задание по блоку III.


Deadline для тех, у кого занятия по понедельникам - 15 декабря (вкл.)
для тех, у кого занятия по четвергам - 19
декабря (вкл.)

При наличии всех сданных зачетных заданий 18 (первая гр.), 21 (вторая гр.)
проставляется зачет.


Если работа сдана 16-18 дек. (первая гр.), 20-21 (вторая гр.), то
преподаватели не гарантируют проверку до указанных дат, но снижения баллов
не будет.


Итоговый рейтинг для всех будет выведен на неделю позже, 25-28 декабря.

Для зачета должны быть представлены:


(1) Отчет о своей бактерии - текстовый файл XXXXXXX_cr3.doc, где XXXXXXXXX
- фамилия автора, лежащий в директории H:\public_html\Y. yyyyyyyyyyyyyy и
в директории Credit3.

Примерное содержание файла см. в образце ниже. Рекомендуется для экономии
технической работы скопировать образец, переименовать и отредактировать на
основании результатов своей работы. Не рекомендуется забыть в тексте
данные из образца или недописанные фразы: проверяющий это заметит, обидится
на неаккуратность и начнет придираться. Все мы - люди (


НЕ ОБЯЗАТЕЛЬНЫЕ ДЛЯ ЗАЧЕТА разделы отмечены знаком (*). Их выполнение
оценивается дополнительными баллами, идущими в рейтинг.

(2) Персональная страничка на сервере kodomo.fbb.msu.ru

Обязательными являются следующие страницы:
|Title |Обяза-|Название |Имя файла с |Содержание |Ссылки |
| |тельна| |указанием | |на страницы |
| |ли | |поддиректории | |или файлы |
|main |да |Головная |index.html |немного о себе;|term1 |
| | | | |свое фото или |projects |
| | | | |картинка | |
|term1 |да |1й семестр|term1.html |Впечатления от |zzzz |
| | | | |первого |Y.yyyyy |
| | | | |семестра | |
|projects|да |Результаты|projects.html |Впечатление от |zzzz |
| | |исследова-| |проектов |Y.yyyyy |
| | |ний | | | |
|zzzz |да |Свой белок|zzzz/zzzz.html |Основная |страница |
| | |zzzz | |информация о |вашей |
| | | | |белке; картинка|структуры на|
| | | | | |PDBsum |
|Y.yyyyy |да |Своя |Y.yyyyy/Y.yyyyy.ht|Основная |XXXXXXX_cr3.|
| | |бактерия |ml |информация о |doc |
| | | | |бактерии | |

В таблице zzzz обозначает краткое название вашего гена или белка; Y.yyyyyy
- латинское название вашей бактерии; XXXXXXX_cr3.doc -имя файла с отчетом
по бактерии. ВСЕ


Результаты практикумов блока 3 не являются обязательными для зачета. НО
преподаватель вправе, по просьбе студента, присудить дополнительные баллы
за "удобочитаемые" ( протоколы практикумов, из которых понятно что сделано
и где смотреть на результат. Протокол должен быть очень коротким - это же
не красиво оформленный отчет - но внятным.


Дополнительно можно создать следующие странички:
(*) Страничку с описанием вашего вируса, включая картинку капсида
(*) Странички с дополнительной информацией о вашем белке

Подумайте:

(а) в какую поддиректорию следует положить файл с дополнительной
страничкой; (б) как его назвать;
(в) с какой странички сделать на него ссылку
- так, чтобы сохранить логику вашего сайта.

Проверяющий вправе оценить дополнительные странички баллами, идущими в
рейтинг. Конечно, оценивается не за сам факт их существования, а их
понятность, оформление и интерес для пользователей runet

Имейте ввиду, что лучше - даже для рейтинга - меньше да лучше (. Я ожидаю,
что то, что написано, сам автор понимает, включая, разумеется, собственные
- глупые или умные - гипотезы. Слепое копирование текстов, которые не
понятны автору отчета и/или своих страничек, у меня не вызовут восхищения
(

ОБРАЗЕЦ
В скобках [] приведены темы, которые следует отразить, если удастся найти
информацию. Естественно, скобки следует удалить вместе с названием темы,
так как все это есть в тексте. За содержание образца никакой
ответственности не несу.
ААл

Анализ протеома бактерии S.simplicita, штамм 9999.


И.Иванов, студент 7 курса


Введение.

[Русское название]
Русское название бактерии Sancta simplicita - Простоватая бактерия.

[Таксономия]
Вид S.simplicita относят к роду Sancta, семейству Nostocaceae, порядку
Nostocales, классу Cyanobacteria, царству Bacteria [1]


[Размер, фотография]
Вид бактерии под микроскопом см. в файле S_simplicita.jpg (взят с сайта
http://www.paradise.edu) . Длина бактерии примерно 1,7м, толщина 1м

[Среда (среды) обитания и условия]
Бактерия обитает на поверхности земной коры, изредка встречается также в
океанах и в атмосфере Земли. Типичные условия существования - температура
около 20 градусов по Цельсию, обязательно наличие кислорода в атмосфере (

[Чем интересна человеку, почему ее геном секвенирован]
S.simplicita очень интересна в связи ее широкой распространенностью и
умением доставлять неприятности окружающим [2, 3]

Геном бактерии S.simplicita секвенирован для того, чтобы способствовать
разработке новых способов борьбы с ней.

Для отбора статей, посвященных среде обитания S.simplicita, написанных в
2006 году не на японском языке, был составлен запрос (S.simplicita[title]
AND Sancta[title]) OR (habitat OR 2006[edat]) NOT jpn[la]). В БД PubMed по
запросу найдено 50555 статей. В статье [3] анализируются особенности
обитания бактерии в океане.

[(*) Интересные особенности бактерии]


Геном и протеом S.simplicita


[Статистические данные о геноме]
Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта
http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html

Табл.1 Статистические данные о геноме S.simplicita
|Хромосома |Число пар |Число генов |Суммарная |Суммарная |GC |
|или плазмида|нуклеотидов | |длина генов |длина |состав|
| | | |(% от длины |межгенных |(%) |
| | | |хромосомы |промежутков| |
| | | |или |(%) | |
| | | |плазмиды) | | |
|хр.1 |350 089 001 |1 899 |3,2% |96,8% |57% |
|кольцевая | | | | | |
|хр.2 |99 999 057 |876 |7% |93% |49% |
|линейная | | | | | |
|плазмида |9 800 |5 |80% |20% |40% |
|ParadIZ | | | | | |
|(*) Всего |450097858 |2 780 |4% |96% |54% |


[(*) Длины межгенных промежутков]
Я вычислил длины межгенных промежутков в хромосоме 1, используя таблицу
chromosome_table с сайта . (см. файл S_simpl_chr_table.xls). Оказалось, что
средняя длина межгенных промежутков - 20 000 пар оснований (п.о), тогда как
средняя длина генов 3000 п.о. Предполагаю, что в межгенных промежутках
закодированы неизвестным науке способом особенности поведения данного
индивида (. Ведь известно, что потомки часто ведут себя также как предки,
т.е. поведение наследуется (!?). А генов плохого поведения в полном геноме
не обнаружено!

[(*) Распределение генов по двум цепям ДНК]

Интересно, что 90% генов хромосомы 1 расположены на одной цепи ДНК(см. см.
файл S_simpl_chr_table.xls). Эта цепь помечена в файле буквой F. Наверное,
цепь F служит для кодирования генов, а цепь R - для чего-то другого (!?).


[Длины белков]
По данным с сайта http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html число белков
протеома S.simplicita совпадает с числом генов. (*) Это удивительное
совпадение я не могу объяснить.


Самый большой белок состоит из 20050 аминокислотных остатков (а.о.), тогда
как самый маленький - всего из 9 а.о. (см. файл S_simple_chr_table.xls).
Наиболее часто встречаются белки из 1200-1240 а.о.


[Гистограмма длин белков]
(*) Я построил гистограмму длин белков S.simplicita (см. файл
S_simple_chr_table.xls). Предлагаю следующее деление белков по их размеру
(табл.2)

Табл.2 Распределение протеома S.simplicita по категориям на основании их
размера, исчисляемого в числе а.о.
|Категория |Критерий |Число белков|
| | |(%) |
|Маленькие |< 10 а.о |100 (5%) |
|Средние |10-10000 |12000 (85%) |
|Большие |10000-20000 |190 (9%) |
|Очень |20000-200000|10 (1%) |
|большие | | |

На основании данных из табл.2 оцениваю мой белок XXX из генома E.coli как
средний по размеру.



Литература

[1] NCBI - National Center for Biotechnology Information:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?lvl=0&id=240292 )
[2] Центр по изучению простоты: http://www.paradise.edu.
[2] J. Smith, Sancta simplicita, 2006, J.paradise, 37, 29-31