Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Pr_7/task7.doc Дата изменения: Mon Oct 23 15:23:23 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:09:29 2012 Кодировка: koi8-r

Занятие 7. Карта Рамачандрана

В директории Term1 на диске Н: заведите поддиректорию Practice7, а в ней -
файл Protocol.doc. Протокол начните с даты и названия занятия. В эту же
директорию скопируйте скрипт exercise5.spt, созданный на прошлом занятии.

1. Определите торсионные углы ?, ?, ? у десятого аминокислотного остатка
Вашего белка
Прочитайте в подсказках, как определять углы ?, ?, ? в полипептидной
цепи.
Скопируйте в протокол таблицу и внесите в нее описание нужных атомов.
Проведите измерения углов и занесите результаты в таблицу.

Таблица. Измерение двугранных углов остатка.....в белке......., цепь А

|Название |Угол определяется по координатам атомов |Результат |
|двугранног|(обращение к атому в соответствие с синтаксисом |измерения с |
|о |RasMol, в скобках - название атома) |помощью RasMol|
|угла | | |
|? | Например, | | | | |
| |*9:A.C | | | | |
| |(карбонильный | | | | |
| |углерод 9-го | | | | |
| |остатка цепи А| | | | |
| |) | | | | |
|? | | | | | |
|? | | | | | |



2. Получите изображение, иллюстрирующее определение угла ?.
На картинке должно быть следующее:
на белом фоне изображены 4 атома, координаты которых были
использованы при вычислении угла ?,
атомы отображены в шарнирной модели (кнопки Display=>Ball & Stick или
как наложение шариковой модели размера 120 и проволочной модели размера
40),
есть подписи, содержащие название остатка, номер позиции и имя атома,
2-й и 3-й атомы должны быть спроецированы в одну точку так, чтобы
получившийся угол был численно равен торсионному углу, см. картинку в
подсказках,
атомы раскрашены в соответствие со стандартной раскраской по атомам.

Сохраните изображение в графическом файле. Вставьте картинку в протокол.
Сделайте к ней поясняющую подпись. См. подсказки.

3. Постройте карты Рамачандрана для следующих множеств аминокислотных
остатков:
- все остатки пролина Вашего белка
- все остатки глицина Вашего белка
- все остатки Вашего белка, кроме остатков пролина и глицина,
- все остатки в альфа-спиралях,
- все остатки в бета-листах.

3а. Получите картинки, на которых весь белок изображен в остовной модели,
а заданное множество атомов выделено цветом и типом модели (остатки пролина
и глицина покажите в шариковой модели, а спирали и бета-тяжи - в
ленточной), картинки скопируйте в протокол.
3б. Постройте карты Рамачандрана для всех множеств. *Полученные картинки
скопируйте в протокол. Сравните карты, все наблюдения занесите в протокол.

4.* Добавьте к скрипту команды, позволяющие получить изображение из упр.2.