Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Pr_8/task8.doc Дата изменения: Mon Oct 30 15:22:55 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:09:32 2012 Кодировка: koi8-r

Практикум 8. «Исследование вторичной структуры белка»

1. Выбор объекта исследования.
Получите изображение структуры Вашего белка в ленточной модели
(Display=>Cartoons), фон сделайте светлым. Проверьте, что щелчок по левой
клавише мыши дает в командном окне название и номер атома, на который
указывает курсор.
Выберите в структуре
самую длинную спираль (желательно из 3-х и более витков),
самую длинную пару соседних антипараллельных бета-тяжей (желательно из 5-
ти и более остатков),
самую длинную пару соседних параллельных бета-тяжей ((5 остатков).
Координаты выбранных элементов занесите в протокол. Там же сохраните
картинку, на которой весь белок представлен в остовной модели серого
цвета, а выбранные фрагменты - в ленточной и выделены цветом.

Если Вы сомневаетесь в своем выборе, спрашивайте преподавателей!
*Может оказаться поучительным исследовать сразу 3 соседних бета-тяжа.

Внимание!
Если в структуре Вашего белка нет спиралей (или бета-листов нужного
типа), Вам нужно использовать следующие структуры: 1gzx.ent (спирали)
или 1bs2.ent (бета-тяжи). Файлы лежат в директории
P:\y06\Term1\Practice8\Add_3D
Если Вы использовали эти структуры, а в Вашем белке есть подходящие, это
будет засчитано за ошибку.

2. Исследование альфа-спирали ?-? (номера позиций остатков) белка ....
Запишите в протокол название упражнения.
Оставьте на экране только нужную спираль и исследуйте ее параметры.
Результаты занесите в протокол.
1. Определите среднее значение углов ( и ( у аминокислотных остатков
спирали.
2. Оцените параметры спирали: шаг, число элементов на виток, *радиус.
3. Опишите основной паттерн водородных связей. Если есть
дополнительные водородные связи, опишите их в протоколе.
4. Опишите расположение атомов С( относительно оси спирали.
5. Создайте и сохраните в протоколе 3 картинки, иллюстрирующие Ваше
исследование:
a. спираль в остовной модели с «торца», около каждого С( -атома
приведен номер остатка;
b. спираль в «толстой» проволочной модели, вид с боку, показаны
только атомы основной цепи (N, C(,C,O), около каждого С(-атома
приведен номер остатка;

пунктирной линией показаны водородные связи в основной цепи;

уже в протоколе добавьте стрелочку, указывающую направление оси
спирали;
c. атомы основной цепи спирали в проволочной модели, а атомы C(
показаны как шарики; (на рисунке только эти атомы).
См. подсказки.

6. *Дополнительно (на бонусные баллы, ответы занесите в протокол)
a. Какова характерная длина водородной связи О--N в альфа-спирали
(измерьте 5 длин и возьмите среднее)
b. Может ли поместиться внутри спирали молекула воды? Радиусы
атомов см. в файле VdWradii.rtf.
c. Предсказано, что белок SCP-1, состоящий из 900 аминокислотных
остатков, представляет собой одну длинную альфа-спираль.
Определите длину спирали в е.

3. Исследование антипараллельной (-структуры ? -?, ?-?, ... (номера позиций
остатков) белка .
Запишите в протокол название упражнения.
Оставьте на экране только нужную часть цепи белка и исследуйте ее
параметры. Результаты занесите в протокол.
1. Определите среднее значение углов ( и ( у аминокислотных остатков.
2. Создайте и сохраните в протоколе картинку, иллюстрирующую
расположение водородных связей в структуре.
3. *Опишите основной паттерн водородных связей.
4. Создайте и сохраните в протоколе картинку, иллюстрирующую
расположение атомов С( относительно оси структуры. Свои наблюдения
опишите в протоколе.

См. подсказки.

4. Исследование паралельной (-структуры ? -?, ?-? (номера позиций остатков)
белка ....
План исследования такой же как в п.3.

5. Сравните строение антипараллельной и паралельной (-структуры

6. ***Дополнительно
1. Кратко перечислите отличия в структуре альфа-спирали и бета-структур.
Какое отличие, на Ваш взгляд, является основным, определяющим различия
в геометрических параметрах этих структур?
2. Найдите в структуре Вашего белка реверсивный поворот. Создайте
картинку. Опишите торсионные углы и водородные связи в этой структуре.
3. Бета-структуру также можно описать как спираль, оцените параметры
d,r,n, см. подсказки.