Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Pr_9/help9.doc Дата изменения: Sat Nov 4 21:19:22 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:09:33 2012 Кодировка: koi8-r

Подсказки к практикуму 9

Выберите 2 близко расположенных атома, измерьте между ними расстояние:
=>=>щелчок по первому атому=>щелчок по
второму атому.
В командном окне должны появиться названия атомов и расстояние между ними в
е.
Будем использовать простейшие геометрические критерии контакта.
. Предполагаем, что есть водородная связь, если расстояние между донором
и акцептором водорода не более, чем 3,5 е. Атомы азота и кислорода
могут быть как донорами, так и акцепторами:
O-H... :N
O-H... :O
N-H... :N
N-H... :O
. Предполагаем, что реализуется электростатическое взаимодействие, если
расстояние между разноименно заряженными атомами не более 3,5 е
(лучше, если меньше 3,0 е).
. Предполагаем, что реализуется гидрофобное взаимодействие, если
расстояние между неполярными химическими группировками (например,
между атомами С метильных групп или метиленовых звеньев) меньше 5.0 е,
(более веским аргументом является существование кластера из нескольких
групп на таких расстояниях).
. Если не удается предположить природу контакта между атомами, а
расстояние между ними очень близко к сумме их радиусов Ван-дер-
Вааальса, будем считать, что имеет место ван-дер-ваальсово
взаимодействие.

На всякий случай: в файле am?noac?ds.doc можно посмотреть структурные
формулы аминокислот.

1. Исследование контактов альфа-спирали
Будьте внимательны, на экране должны быть только атомы белка! Возможно
придется использовать предопределенные множества атомов: water,
protein, hetero.

С помощью команды restrict выделите нужную спираль.
Определите «контактирующие» атомы с помощью команд

select within(4.5, set1) and ....
spacefill 100
color cpk

Измерьте расстояние от атома спирали до ближайшего «неспирального»
атома. В командном
окне появятся названия атомов и расстояние между ними. Внесите данные
в таблицу.

Поиск S-S- мостиков

Представьте молекулу инсулина в проволочной модели. Остатки цистена
сделайте потолще (wireframe 50). С помощью команды ssbonds 30
получите изображение дисульфидных мостиков.
Все остатки цистеина вовлечены в дисульфидные мостики?
Проделайте то же со своим белком, цепью А.


Поиск водородных связей между боковой группой серина и боковыми
группами других остатков

Все уже сказано в задании.

2. Поиск ионных взаимодействий
В RasMol предопределены множества остатков basic (arg, his, lys) и
acidic (asp, glu).
Выделите только атомы СА у множества basic, в командном окне появится
их число, очевидно равное числу остатков. Аналогично для множества
acidic.
Покажите остатки обеих множеств в проволочной модели.
Названия атомов в этих аминокислотах
ARG: N, CA, C, O, CB, CG, CD, NE, CZ, NH1,NH2
LYS: N, CA, C, O, CB, CG, CD, CE, NZ
HIS: N, CA, C, O, CB, CG, ND1,CD2,CE1,NE2,
ASP: N, CA, C, O, CB, CG, OD1,OD2,
GLU: N, CA, C, O, CB, CG, CD, OE1,OE2
Выберите названия атомов, которые могут быть заряжены.
С помощью команды define задайте множество plus (положительно
заряженные атомы из множества basic) и множество minus (отрицательно
заряженные атомы из множества acidic).
Определите ионные пары.с помощью команд
select within(3.5, plus) and minus
label
color cpk
Посмотрите, что получилось, выберите любую пару и создайте заданную
картинку.