Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_07/term4/MolBiol/Colloquium2_0523.doc Дата изменения: Sat May 23 07:47:25 2009 Дата индексирования: Mon Aug 17 22:48:47 2009 Кодировка: koi8-r

Программа второго коллоквиума


Цевтом выделены вопросы, которые должны войти в минимальную программу. Туда
входит программа прошлого семестра (без изменений) + выделенные здесь
цветом участки.

9. Процессинг первичного транскрипта. Этапы созревания эукариотических
мРНК: кепирование, сплайсинг и полиаденилирование. Структура кепа. Интроны
и экзоны. Консервативные последовательности на 5' и 3' границах интрона и в
месте разветвления. Химическая основа сплайсинга - нуклеофильные атаки 2' и
3'гидроксильных групп. Структура "лассо". Малые ядерные РНК - характерные
особенности. Поэтапная схема сплайсинга- порядок присоединения и ухода
мяРНК. Регулируемый сплайсинг. Полиаденилирование: консервативные
последовательности в пре-мРНК и узнающие их белковые факторы. Координация
транскрипции и всех этапов созревания мРНК.
10. Элонгация и терминация трансляции. Элонгационный цикл. Связывание
аминоацил-тРНК. Пептидилтрансферазная реакция. Транслокация. Белковые
факторы, катализирующие связывание аа-тРНК и транслокацию. Структурные
особенности декодирования. Узнавание комплементарных пар с помощью
взаимодействия аденозина с малой бороздкой РНК. Терминация трансляции.
Белковые факторы трансляции. Стоп-кодоны. Сходство в связывании с рибосомой
факторов терминации и комплекса аа-тРНК*EF-Tu*GTP. Процесс "декодирования"
стоп-кодонов. Сходство и отличие от прочтения кодонов, кодирующих
аминокислоты.
12. Механизмы возникновения мутаций (мини-доклад) Мутации, классификация
мутаций (геномные, хромосомные, точечные, транзиции, трансверции, миссенс,
нонсенс, инверсии, делеции, дупликации). Супрессорные мтации. Химические
мутагены и пормутагены. Сдвиги рамки считывания. Экспансия ДНК. Механизмы
крупных делеций, инверсий и дупликаций.

13. Рибозимы. Гипотеза РНК-мира. Рибозимы hammerhead и hairpin,
функциональное значение и механизм катализа. Рибосома как рибозим.
Автосплайсируюиеся интроны. Самозарождение жизни. Эксперименты по
пребиотическому синтезу. Пребиотический синтез аминокислот, сахаров и
оснований. Рибозимы в качестве РНК-зависимых РНК-полимераз. Гипотеза мира
РНК.


14. Механизмы и регуляция рекомбинации Общая (гомологическая) рекомбинация.
Инициация рекомбинации при однонитевых разрывах. Структура Холлидея в
модели рекомбинации. Миграция ветви, гетеродуплексы, "разрешение" структуры
Холлидея. Инициация рекомбинации при двунитевых разрывах ДНК. Функции белка
RecA и комплекса RecBCD. Пресинаптические фибриллы. Мейотическая и
соматическая рекомбинация у эукариот. Эукариотические гомологи RecA,
конкуренция с белком RPA за взаимодейтвие с однонтевой ДНК. Пути
рекомбинационных событий у эукариот, функциональное значение рекомбинации.
Сайт-специфическая рекомбинация. Сериновые и тирозиновые рекомбиназы,
механизмы катазила. Cre-белок, интеграза фага лямбда.


15. Базальная транскрипция при помощи РНК-полимеразы II Промотор РНК-
полимеразы II, компоненты промотора (TATA, Inr, др.). Инициация на ТАТА-
содержащих промоторах: белковые факторы (TBP, TAFs, факторы TFII),
последовательность взаимодействий и привлечение полимеразы. ТАТА-
несодержащие промоторы. Энхансеры, сайленсеры, инсуляторы, локус-
контролирующие элементы. Петлевая модель работы энхансера.


16. Регуляция инициации транскрипции у эукариот
Регуляция транскрипции генов, транскрибируемых полимеразой II. CTD-домен.
Регуляторные области промоторов полимеразы II у эукариот. Разнообразие GTF.
Факультативные факторы транскрипции. Регуляция активности факторов
транскрипции. Комбинаторный принцип в регуляции транскрипции. Энхансеры,
инсуляторы и сайленсеры. Петлевая модель. Медиаторный комплекс.
Метилирование ДНК. CpG-островки. Роль метилирования ДНК в регуляции
транскрипции. Эпигенетическое наследование. Связь между метилированием ДНК
и модификациями гистонов. Ремоделлироание хроматина.

17. Инициация трансляции у эукариот, регуляция экспрессии генов на уровне
трансляции Особенности инициации трансляции у прокариот, последовательность
SD. Особенности эукариотических мРНК, сканирующая модель и IRES-элементы.
Факторы инициации трансляции: общие для про- и эукариот (IF1/eIF1A,
IF2/eIF5B, IF3/eIF1) и эукариот-специфические (eIF2, eIF3, eIF4A, 4B, 4F,
eIF5). Влияние вторичной структуры мРНК на инициацию трансляции у про- и
эукариот. Общая и мРНК-специфическая регуляция инициации трансляции у
эукариот (фосфорилирование eIF2a, белки 4Е-ВР; регуляция мРНК GCN2,
ферритина и церулоплазмина; регуляция посредством микро(РНК)).