Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term4/task1.html
Дата изменения: Tue Feb 9 12:19:15 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 06:38:12 2012
Кодировка: Windows-1251
Task 1

Занятие 1.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчет по занятию должен появиться на сайте к утру следующего вторника (16 февраля).

Из нижеследующего списка протеобактерий выберите 7–8 названий.

НазваниеМнемоника
Bradyrhizobium japonicumBRAJA
Agrobacterium tumifaciensAGRRK
Rhizobium etliRHIEC
Rhodobacter sphaeroidesRHOS4
Burkholderia cenocepaciaBURCA
Ralstonia pickettiiRALPJ
Neisseria meningitidisNEIMA
Pseudomonas aeruginosaPSEAE
Enterobacter sp. 638 ENT38
Erwinia carotovoraERWCT
Escherichia coliECOLI
Salmonella typhimuriumSALTY
Yersinia pestis YERPE
Yersinia pseudotuberculosisYERPS
Vibrio choleraeVIBCH
Vibrio fischeriVIBFM
Haemophilus influenzaeHAEIN
Pasteurella multocidaPASMU
Proteus mirabilisPROMH

Руководствуясь приведенным филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:


Приведите в отчете: а) скобочную формулу; б) изображение; в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчете обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (желательно, чтобы имя файла имело расширение .tre) и откройте его программой TreeDyn.

Пример отчета

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

Занятие 1

Отобранные бактерии

НазваниеМнемоника
Pseudomonas aeruginosaPSEAE
Enterobacter sp. 638 ENT38
Erwinia carotovoraERWCT
Escherichia coliECOLI
Salmonella typhimuriumSALTY

Скобочная формула дерева

(PSEAE,(ERWCT,(ENT38,(ECOLI,SALTY))));

Изображение дерева


Ветви дерева

Дерево содержит две нетривиальные ветви:
1) {PSEAE, ERWCT} против {ENT38, ECOLI, SALTY}
2) {PSEAE, ERWCT, ENT38} против {ECOLI, SALTY}