Занятие 9.

1.  Проанализируйте выдачу программы PROCHECK для своей записи PDB. Для этого воспользуйтесь базой данных PDBSum и со страницы своей структуры пройдите по гиперссылке "PROCHECK" (слева).

   Скопируйте в отчет карту Рамачандрана своей структуры. В кратком комментарии приведите процент остатков (отличных от Gly и Pro), попавших в предпочитаемые области на карте, и свои выводы.

    

2.  На сервере EDS зайдите на страницу своей структуры. Пройдите по гиперссылке "Significant regions" и внесите в отчет, сколько остатков имеют большой Z-score по RSR. Для одного из этих остатков создайте изображение, на котором был бы видна его модель и электронная плотность вокруг него. Приведите значения пространственного R-фактора (RSR), коэффициента корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") и Z-score пространственного R-фактора для этого остатка. Прокомментируйте.

    

3.  Со страницы своей структуры в EDS пройдите по гиперссылке "PDB_REDO". Изучите таблички "R-values" и "WHAT_CHECK validation" и опишите в отчете, какие показатели у оптимизированной ("Fully optimised") структуры улучшились, а какие нет (если полностью оптимизированной структуры для вашей записи PDB нет, возьмите вместо своего какой-нибудь из PDB-кодов, данных второкурсникам, разумеется, упомянув об этом в отчете).

    

4. (*) Скачайте оптимизированную структуру и попробуйте выяснить, чем она отличается от исходной. В частности, стал ли остаток, выбранный вами в упр. 2, лучше вписываться в электронную плотность?

    

5. (*) Рассмотрите выдачу WHAT_CHECK (для структуры из PDB) и опишите, какую полезную для исследователя данной структуры информацию можно из нее извлечь.