Занятие 1.

1. Поработайте в PyMOL с записью 1KMY банка PDB. Определите, какой ион присутствует в структуре. Сохраните изображение окрестности иона, включая изображение остатков и лигандов, связанных с ионом координационными связями, и приложите его к отчету.
2. Выберите два (* или больше) из нижеперечисленных заданий и сделайте их. В отчете опишите, что вы увидели (обращая особенное внимание на всякого рода странности); проиллюстрируйте отчет картинками, созданными в PyMOL. В отчете по каждому пункту обязательно приведите PDB-код (и вообще, как всегда, отчет должен быть понятен без обращения к тексту задания), кроме того, приведите год расшифровки структуры, разрешение ("Resolution"); если найдете в поле REMARK какую-либо информацию об изучаемых остатках, изложите ее.
   • В записи 5RXN банка PDB внимательно изучите все представленные там треонины. Обладает ли боковая цепь треонина зеркальной симметрией? Что можно сказать о хиральности треонинов, согласно данной записи?
   • В записи 1GT0 изучите участок цепи C с 75 по 100 остатки.
   • В записи 1DLP изучите остатки 136 цепи A и 167 цепи С
   • Запись 2B5A содержит четыре идентичные полипептидные цепи. Изучите остатки с номерами 21 из этих четырех цепей.
   • Запись 7GPB содержит четыре идентичные полипептидные цепи. Изучите остатки с номерами 67 из этих четырех цепей.
3. Создайте скрипт для PyMOL, результатом работы которого станет изображение в графическом окне, иллюстрирующее ваш отчет по одному из заданий предыдущего упражнения. Поместите его в отчет как преформатированный текст (лучше в одноклеточной таблице на слегка выделяющемся фоне).
4. (*) Опишите ваши первые впечатления от PyMOL. В чем, по вашему мнению, он лучше RasMol, а в чем – хуже?