Занятие 10.

1.  Для димера пуриновых репрессоров (PDB-код см. в списке) создайте изображения:
   а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера;
   б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт;
   в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
    
2.  Пользуясь сервисом PROTORP, найдите площадь контакта мономеров белка из упражнения 1. Какая часть этой площади приходится на гидрофобные взаимодействия?
    
3.  Пользуясь сервисом CluD, определите гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров того же белка объемом не менее 10 атомов. Создайте то же изображение, что в упр. 1а, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена цветом.
    
4.  На сервисе pDomains определите доменную структуру:
   а) одной из цепей своего белка;
   б) цепи белка из упр. 1.
   Если разные методы выделения доменов дали разные результаты, выберите тот, который вам кажется наиболее адекватным.

   Прокомментируйте результаты; если доменов два или больше, приведите изображение цепи с раскраской по доменам.

   Если картина для всех цепей вашего белка тривиальна (все методы выдают один домен), то рекомендуется самостоятельно подобрать интересный пример в PDB.