Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term6/help_1.html
Дата изменения: Thu Mar 24 15:17:57 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:43:21 2012
Кодировка: UTF-8
Task 1, term 6

Занятие 1.

Подсказки:
  1. Используя команды super, mset, mview, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание, что удобно сначала совместить белки а потом разнести в первом фрейме.
    Псевдокод:
     load 1
 load 2
 super 
 mset 
 frame 1
 translate object=2
 zoom
 mview store for scene and objects
 frame x
 translate back object=2
 zoom
 mview store for scene and objects
 mview interpolate for scene and objects
 etc ... some rolling ?
    Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.

    Нередко сборка ролика может быть проблемой, это вызвано разной реализацией в разных версиях PyMol. Универсальный путь это создать набор изображений в формате png. С помощью разных программ (VirtualDub и т.д.) собрать в ролик. Я на wiki выложил пример как это сделать в Linux.

  2. Cоздайте поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используйте режим Editing и манипулируйте торсионными углами. Создайте поли-аланиновую последовательность через menu->build, изменяйте структуру в режиме editing. Ctrl+RightClick выбор связи, Ctrl+LeftClick вращение.

  3. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот.
    Узнайте значения углов phi, psi в альфа спиралях известных вам белков.
    Для понимания интеграции Python в Pymol Вам будет полезно почитать статью Александра Грушина на wiki.
    Псевдокод:
    mset
frag ala
python 
for x in range(1,25):
        cmd.edit(atom)
        editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
        cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
        cmd.torsion phi
        cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
        cmd.torsion psi
python end
  4. * Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Используйте как стартовую пару пару в середине цепи.
    Псевдокод:
      1 fetch perfectdna
  2 create pair
  3 create nextpair 
  4 create 1, pair
  5 python
  6 cmd.pair_fit("pair","nextpair")
  7 trans=cmd.get_object_matrix("1")
  8 for x in range(2,500):
  9     cmd.create x,x-1 
 10     cmd.transform_selection( str(x), trans, homogenous=0 );
 11 python end