Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term6/task_1.html
Дата изменения: Wed Mar 2 18:25:07 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:43:24 2012
Кодировка: UTF-8
Занятие 1.
Ваша рабочая директория: H:\Term6\Practice1.
Отчет по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию.
Необходимые сведения о работе с PyMOL см. здесь.
Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB.
Ссылка для скачивания Pymol .
Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.
Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере
связывания с лигандом. Предварительно оцените зону котнакта.
Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации.
Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.
Создайте поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используйте режим Editing и манипулируйте торсионными углами.
Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Примерный код вы можете найти в подсказках.
Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов.
Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей.
После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках.