Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term6/task_9.html
Дата изменения: Wed May 11 15:34:44 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:43:49 2012
Кодировка: UTF-8
Task 9, term 6

Занятие 9.

Отчет по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию. Отчет должен содержать все файлы необходимы для моделирования и описание их получения. Необходимо представить в отчете результаты моделирования и результаты проверки качества структур. Необходимо представить обсуждение результата.

Традиционные ссылки на полезные ресурсы:

Вся работа по расчетам будет проходить на kodomo через терминал putty.

Цель данного занятия ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом.
В этом занятии мы будем пользоваться пакетом Modeller. Это программное обеспечение распространяется бесплатно для академических пользователей.

Вы будете работать с белком лизоцимом из указанного организма. Используя известную структуру лизоцима форели как образец, Вам необходимо построить модель комплекса Вашего белка с лигандом.

Программе MODELLER для моделирования структуры белков, в качестве входных данных нужны: управляющий скрипт, файл pdb со структурой-образцом, файл выравнивания с дополнительной информацией.

  1. Постройте выравнивание последовательности из структуры ID: 1lmp и предложенного Вам белка. Рекомендуемые ресурсы и программы: Clustal и GeneDoc Полученное выравнивание сохраните в формате PIR.

  2. Модификация файла выравнивания:
    Переименуйте последовательность в файле выравнивания как в примере:
    БылоСтало
    >P1;uniprot|P37712|LYSC_CAMDR >P1;seq
    >P1;1LMP__|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >P1;1lmp
    После имени последовательности моделируемого белка добавьте строчку:

    sequence:ХХХХХ::::::: 0.00: 0.00
    эта строчка описывает входные параметры последовательности для modeller.
    После имени последовательности белка-образца добавьте:
    structureX:1lmp_now.ent:1 :A: 132 :A:undefined:undefined:-1.00:-1.00
    эта строчка описывает, какой файл содержит структуру белка с этой последовательностью, номера первой и последней аминокислот в структуре, идентификатор цепи и т.д. В конце каждой последовательности добавьте символы
    /.
    Символ "/" означает конец цепи белка. Точка указывает на то, что имеется один лиганд (если бы было два лиганда стояли бы две точки).
  3. Модификация файла со структурой: удалите всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C. Смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д. . После модификации имен атомов измените номера остатков на 130.
    Пример:
    БылоСтало
    HETATM 1014 O7 NAG 130 HETATM 1014 O7A NAG 130
    HETATM 1015 C1 NAG 131 HETATM 1015 C1B NAG 130
    сохраните в файле 1lmp_now.ent

  4. Создание управляющего скрипта my_seq.py (my_seq - имя Вашей последовательности, например, lysc_chram)
    Вам представляется следующая заготовка:

    from modeller.automodel import *
    class mymodel(automodel):
        def special_restraints(self, aln):
            rsr = self.restraints
            for ids in (('OD1:98:A', 'O6A:131:A'),
                        ('N:65:A', 'O7B:132:A'),
                        ('OD2:73:A', 'O1C:133:A')):
                        atoms = [self.atoms[i] for i in ids]
                        rsr.add(forms.upper_bound(group=physical.upper_distance,
                          feature=features.distance(*atoms), mean=3.5, stdev=0.1)) 
    env = environ()
    env.io.hetatm = True
    a = mymodel(env, alnfile='test1.ali', knowns=('1lmp'), sequence='seq')
    a.starting_model = 1
    a.ending_model = 5
    a.make()
    
    В скрипте указано:

    В скрипте Вам необходимо отредактировать строчки, в которых указаны какие водородные связи белка с лигандом должны быть В БУДУЩЕЙ МОДЕЛИ. Номера остатков и имена нужных атомов определите по выравниванию и тому, какие водородные связи имеются в образце. Критерий водородной связи: расстояние менее 3.5 ангстрем между азотом или кислородом белка с подходящими атомами лиганда.
    Если в моделируемом белке число остатков не совпадает с числом остатков в белке-образце, то номера "остатков" лиганда изменятся.

    ВНИМАНИЕ. В скриптовом языке (на основе python ) важно с какого столбца начинается информация. Соблюдайте предложенный в заготовке синтаксис.

  5. Запустите исполнение скрипта командой

     mod9v7 myscript & 
  6. Просмотрите полученные Вами модели.

  7. Проверьте качество моделей и выберите лучшую. Инструменты для оценки качества структуры можно найти в веб интерфейсе WHATIF. Достаточно 2-3 инструментов. Выберете лучшую модель.

  8. Подсказки.