Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term2/task6_09.html
Дата изменения: Thu Mar 26 13:27:55 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:26:31 2012 Кодировка: Windows-1251 |
При выполнении первых двух упражнений пользуйтесь web-интерфейсом к BLASTP на сервере NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/, далее в разделе Basic BLAST переходите по гиперссылке "protein blast". Не забывайте указывать нужный банк для поиска!
Поиск по БД Swiss-Prot | Поиск по БД PDB | Поиск по БД "nr" | |
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку) | |||
Идентификатор БД | |||
E-value | |||
Вес (в битах) | |||
% идентичности | |||
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах? Если найдены, то укажите общее число и приведите один идентификатор (любой, но желательно Swiss-Prot ID) |
|||
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний, Descriptions, с E-value < 1E-10) | |||
2. "Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
Номер находки в списке описаний (Descriptions) | |||
Идентификатор БД | |||
E-value | |||
Вес (в битах) | |||
% идентичности | |||
% сходства | |||
Длина выравнивания | |||
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.) | |||
% гэпов |
см. подсказки.
В кратком комментарии к таблицеКак быстро выполнить это упражнение, см. в подсказках.
Поиск по фрагменту | Поиск по полной последовательности |
|
АС лучшей находки | ||
E-value | ||
Вес (в битах) | ||
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах? |
На страничке отчета приведите 3 разных выравнивания и краткий комментарий, в котором отметьте наиболее драматические различия между выравниваниями.