Указания

Что должно быть в выравнивании.

Последовательности:

• данного белка
• гомолога с известной структурой
• последовательность того же белка, но из Uniprot (нужна для установления соответствия между номерами остатков в PDB и в Uniprot)
• (*) еще 2-5 гомологов на ваш выбор из Swissprot или PDB
• строки разметки (псевдопоследовательности) с именами Uniprot, 3D_homolog, TMHMM

Как размечать выравнивание.

• Одна разметка - одна новая псевдопоследовательность в выравнивании.
• Узнайте координаты трансмембранных участков
• Сгенерируйте псевдопоследовательность с помощью скрипта generate_markup.py
  На вход подется файл с описанием участоков:
  от позиции выравнивания, до позиции выравнивания, символ для разметки.
  Описание скрипта выдается командой python generate_markup.py
  Используйте символ H для спирали, S для тяжей, I для цитоплазматических участков, O - для экстрацеллюлярных
• Импортируйте пседопоследовательность в выравнивание с помощью GeneDoc
• Объедините настоящие последовательности в группу и используйте раскраску из меню groups

Как сравнить с гомологом с известной пространственной структрурой.

• Скачайте PDB файл (get-pdb на kodomo)
• Получите последовательность из PDB файла (pdb_to_fasta на kodomo)
• Изучите структуру и описание трансмебранных участков в БД PDBTM . Сохраните рисунок для отчета!
• Постройте выравнивание нужных последовательностей. Найдите позиции выравнивания соответствующие началам и концам трансмембранных участков.
• Разметьте в выравнивании трансмембранные участки в структуре (как - см. выше)

Как проверить правило "positive inside" по структуре.

• Скачайте PDB файл bp БД OPM и откройте в Rasmol. В этом файле добавлены шарики на границе мембраны, команда select dum их выделяет.
• Поменяйте черный фон на белый или какой-либо светлый
• Оставьте проволочную модель белка (белков) и шариковую - границ мембран.
• Выделите множества положительно и отрицательно заряженных атомов , не считая азотов и кислородов остова.
• Изобразите их шариками и покрасьте по заряду.
• Сохраните изображение и прокомментируйте его.

Что должно быть в отчете.

1. Свободные комментариии о просмотренных трансмембранных белках.
   Табл.1.
2. Выравнивание - в отдельном файле в msf формате. Ссылка на него в отчете.
   Комментарии о согласованности разных способов предсказания трансмембранных сегментов.
   Заключение о данном белке: сколько в нем трансмембранных сегментов; о цитоплазматических и экстрацеллюлярных участках и т.п.
3. Табл.2

Как визуализировать структуры на разных сервисах.

Используйте Jmol. В меню Jmol (правая кнопка мыши на форе рисунка) можно выбрать consol и в ней исполнять команды Rasmol как обычно.

Как найти код TCDB для данного белка.

Используйте BLAST на сайте TCDB и "аннотацию по гомологии"