Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term4/task8.html
Дата изменения: Tue Apr 5 21:29:32 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:55:57 2012 Кодировка: Windows-1251 |
В отчете нужно привести
Примечания. Нужные сведения можно найти на разных сайтах, однако лучше использовать первоисточник.
Подсказка.Для некоторых ферментов, например, для протеаз или нуклеаз, вы вряд ли найдете уравнение реакции и графическое изображение. В таком случае используйте словесное описание реакции.
*Дополнительную информацию о ферменте можно получить, просмотрев ссылки на странице, посвященной коду фермента, например, ссылку на PDB. Не увлекайтесь, укажите лишь то, что показалось наиболее интересным.
Подсказка Принятый в KEGG идентификатор штамма Escherichia coli K12 - eco. Добавление его к имени локуса позволит избежать находок из других штаммов. Синтаксис: eco:b1111, где b1111 имя локуса.
В открышемся документе найдите описание метаболических путей, ассоциированных с изучаемым геном. Для каждого из них запишите в отчет идентификатор KEGG, английское и русское название. Карту первого из указанных путей (только не общую карту "Metabolic pathways"!) прикрепите к отчету в виде отдельного графического файла JPEG.
В отчете для каждого соединения нужно привести следующие сведения:
В поле запроса введите найденные в упр.3 идентификаторы соединений. Укажите, что хотите раскрасить первое соединение красным, а второе - зеленым. Синтаксис показан на примерах справа от поля запроса. После ввода запроса на экране появится список карт. Откройте ту, для которой указаны два идентификатора. Убедитесь в том, что оба вещества раскращены. Попробуйте найти путь от одного соединения к другому. Будьте внимательны! Следите за направлением стрелок, некоторые реакции идут только в одну сторону! Если возможно несколько путей выбирайте кратчайший!
Определите, есть ли направление у найденного пути. Другими словами, ведет ли путь от первого заданного соединения ко второму, или от второго к первому, или, возможно, все реакции идут в обоих направлениях, и, соответственно, направления нет. Результат внесите в отчет, укажите название пути, 2 названия заданных соединений, а между ними стрелочку, показывающую направление. Например:
Выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: фиксация углерода при фотосинтезе,
цепочка: рибулозо-1,5-бис-фосфат →глицероальдегид-3-фосфат
Найденный путь надо отметить на карте. Если подвести курсор к любому интермедиату на карте, высветится код данного соединения. Выпишите коды всех промежуточных соединений. Вернитесь к страничке с запросом, введите идентификаторы как заданных соединений, так и всех промежуточных. Укажите, что хотите отметить все промежуточные соединения желтым цветом. А раскраска заданных соединений должна зависеть от направления, если направления у пути нет, то оба выделите зеленым цветом, а, если есть, то первое выделите красным, а последнее зеленым.
Раскрашенную карту прикрепите к отчету как отдельный графический файл формата PNG.Организм | Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно) |
Обоснование |
Escherichia coli K-12 MG1655 | ||
Archaeoglobus fulgidus | ||
Arabidopsis thaliana | ||
Homo sapiens | ||
Примеры: | ||
Methanococcus janaschii | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
Homo sapiens | нет | неизвестен ген фермента, катализирующего 13-ую стадию (EC 13.13.13.13) |
Arabidopsis thaliana | нет | из 186 необходимых ферментов найдены гены только для одного |
Подсказка.При поиске нужно снять опцию использования маски (в отчете объясните, зачем).Для упрощения запроса воспользуйтесь тем, что для белков приняты короткие имена, оканчивающиеся на "_Ecoli", "_Human", "_Metja" и т.д. Окончание имени дла заданной археи определите сами. Для отсева идентичных последовательностей используйте ccылку на UNIREF100.
Подсказка. Найдите документ KEGG с описанием гена нужного белка по схеме, описанной в упр.2. На найденной страничке щелкните по кнопке "Ortholog", а в открывшемся окне выберите опцию Best-best (bidirectional best hit), укажите нужную группу организмов и щелкните по кнопке "GO".
В отчете укажите имена найденных ортологических генов, имена соответствующих организмов и краткую характеристику степени сходства последовательностей, например, возьмите из SSDB KEGG % совпадения и длину выравнивания.В кратком (на один абзац) резюме опишите результаты сравнения одинаковых ферментов у далеких организмов.