Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/StudentScience/themes_2007s/Nedospasov.doc Дата изменения: Mon Feb 19 16:06:14 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 12:31:14 2012 Кодировка: koi8-r

Темы курсовых работ для студентов ФББ на 2007 год.

Научный руководитель: Недоспасов Сергей Артурович

Отдел молекулярной иммунологии НИИ ФХБ МГУ, лаб корпус «Б», комн 326-330.

Тьюторы:, Сазыкин Алексей Юрьевич, Белоусов Павел Владимирович, Купраш
Дмитрий Владимирович.

Количество мест для студентов: 2

E-mail для связи: Lab.Molecular.Immunology@gmail.com


Тема ?1 (2-3 курс): Поиск новых раковых антигенов человека и их
использование для диагностики.

Гуморальный иммунный ответ (появление в сыворотке крови специфических
иммуноглобулинов) на опухоле-ассоциированные антигены у раковых больных
подробно описан в литературе, однако механизмы его возникновения неясны. В
частности, не вполне понятно, в какой степени все множество собственных
белков, на которые возникает иммунный ответ ("иммуном" человека),
определяется уровнем экспрессии этих белков в нормальных тканях и в
опухоли; в какой степени состав индивидуального иммунома зависит от типа
опухоли. Эти вопросы могут быть рассмотрены статистическими методами, с
использованием большого объема данных, накопленных как в нашей лаборатории,
так и в литературе. Каждый эксперимент по раковой серологии с
использованием индивидуальных сывороток крови раковых пациентов, приводит к
идентификации набора клонов, представляющего собой подмножество иммунома
пациента - донора сыворотки. Анализируя эти данные, можно выявить общие
закономерности гуморального ответа на опухоле-ассоциированные антигены.
Кроме того, стоит задача совершенствования методов статистической обработки
серологических данных на уровне индивидуальных сигналов

Наша лаборатория внесла значительный вклад в исследования раково-
ассоциированных антигенов и возможности использования соответствующих
аутоантител в качестве сывороточных онкомаркеров для диагностики опухолей
различного происхождения (Lagarkova et al, Oncogene, 2000, 19:5204-5207;
Kuimov et al, Genes and Immunity, 2001, 2:52-55, Koroleva et al, Russian
Journal of Immunology, 2002, 7:229-239, Lagarkova et al, Immunology
Letters, 2003, 85:8636-8634; Королёва и др.., Молекулярная биология, 2004,
38:1-6; Shebzukhov et al, Immunol Lett, 2005, 100:88-93; Shebzukhov et al,
Int J Cancer, 2005, 117:800-806). В настоящее время мы планируем
исследовать аутоантигенный профиль малоизученного с этой точки зрения
заболевания - рака щитовидной железы (РЩЖ) с целью разработки
серологической панели для дифференциальной диагностики злокачественных и
доброкачественных новообразований ЩЖ. Методически исследование проводится с
использованием формата серологических мини-панелей рекомбинантных белков.

В ближайшее время планируется решить следующие задачи:
1. Выявить антигены, обладающие дифференциальной серореактивностью в
сыворотках крови пациентов со злокачественными и доброкачественными
новообразованиями ЩЖ.
2. Исследовать профиль экспрессии выявленных антигенов.
3. Создать панель антигенов, обладающих раково-ассоциированным профилем
серологической реактивности, для дифференциальной диагностики
новообразований ЩЖ.

Методы:
1. Изучение литературы по иммунологии опухолей, выявление кандидатных
антигенов на основании литературных данных.
2. Скрининг экспрессионных библиотек кДНК сыворотками больных РЩЖ.
3. Клонирование кДНК, кодирующих кандидатные антигены, в экспрессионные
вектора.
4. Экспрессия рекомбинантных белков в E.coli, очистка хроматографическими
методами.
5. Анализ и стандартизация имеющихся наборов данных.
6. Построение и анализ статистических моделей (с помощью группы
биоинформатики ФББ).



Тема ?2 (2-3 курс): Мышиные модели для блокировки фактора некроза опухолей
(ФНО) при аутоиммунных заболеваниях

Фактор некроза опухолей (ФНО) - секретируемый регуляторный белок
(цитокин) с выраженной противоопухолевой, провоспалительной и
иммуномодулирующей активностью. При целом ряде аутоиммунных и инфекционных
заболеваний происходит сверхпродукция ФНО, которая приводит к
патологическим состояниям, включая фатальный септический шок. На основании
фундаментальных знаний о физиологических функциях ФНО, в том числе
полученных в нашей лаборатории, был разработан целый ряд экспериментальных
терапевтических подходов, основанных на его блокировке. На настоящий момент
все препараты, дошедшие до стадии широкого клинического применения,
представляют собой растворимые рекомбинантные белки (в т.ч. антитела),
блокирующие связывание ФНО с его рецептором на поверхности клеток. Эти
лекарства успешно применяются для нейтрализации патогенного действия ФНО
при ревматоидном артрите (РА) и некоторых других аутоиммунных заболеваниях,
таких как псориаз, воспалительные болезни кишечника и других. Следует
подчеркнуть, что в физиологических концентрациях ФНО является фактором
системы защиты организма, т.е. блокаторы применяются в случае его
патологической сверхпродукции.

В нашей лаборатории на финальной стадии разработки находятся уникальные
«гуманизованные» по ФНО трансгенные мыши. Такие мыши будут производить ФНО
человека в физиологических количествах и не будут производить ФНО мыши
вследствие удаления локуса ФНО мыши (Kuprash et al, Mol. Cell. Biol.
22:8626, 2002). Таким образом, блокировка ФНО сигнала у этих животных может
производиться препаратами, направленными против ФНО человека, т.е.
прототипами лечебных препаратов. Исследование эффективности блокировки
будет проводиться на «гуманизованных» мышах и на контрольных группах мышей
дикого типа, у которых будет вызываться ревматоидный артрит, аутоимунный
гепатит и другие экспериментальные патологии.

Методы:
1. Изучение литературы по роли ФНО и других цитокинов в патогенезе
аутоиммунных заболеваний
2. Работа с лабораторными мышами: уход и наблюдение, взятие биопсий,
генетическое типирование, инъекции и т.п.
3. Очистка моноклональных антител из асцитной жидкости, тестирование
активности на культурах клеток.


Тема ?3 (1-2 курс): Поиск гомологов рецептора фактора некроза опухолей
(ФНОР) в бактериальных и вирусных геномах.

Многие вирусные и бактериальные патогены в процессе эволюции приобретают
гены, гомологичные генам организма-хозяина, кодирующим различные рецепторы
и другие молекулы, участвующие в иммунном ответе. Бактериальные и вирусные
гомологи служат для блокировки иммунного ответа, для облегчения
проникновения патогена внутрь клеток организма-хозяина, и для других задач,
связанных со стратегией выживания патогена. Гены, кодирующие ФНОР-подобные
молекулы, обнаружены в геномах нескольких разновидностей оспы. Задача
идентификации гомологов ФНОР не является тривиальной вследствие низкого
уровня аминокислотной гомологии между ФНОР-подобными молекулами у
эволюционно удаленных видов.

Методы:
1. Изучение литературы по структуре и эволюции семейств ФНО (TNF) и ФНОР
(TNFR).
2. Поиск гомологов ФНОР в доступных и в особенности во вновь появляющихся
последовательностей бактериальных и вирусных геномов (с помощью группы
биоинформатики ФББ).
3. Клонирование и экспрессия найденных белков.

На следующих курсах возможно подключение к экспериментальной работе по
блокаторам ФНО (см. тему ? 2).