Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~element/Term4/Block1/pal2nal2.html
Дата изменения: Sun Mar 16 01:42:14 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:06:49 2012 Кодировка: Windows-1251 |
PAL2NAL output ERROR: if "codon(Output format)" is selected, don't use "Remove gaps, inframe stop codons" or "Remove mismatches" or "Use only selected positions". Synonymous (KS) and non-synonymous (KA) substitution rates calcualted by codeml in the PAML package: KS = 2.2360 KA = 0.2265 KA/KS = 0.1013 You can see the parameters used in codeml to calculate these values. If you use these values, please cite the following peper: Goldman, N. and Yang, Z. 1994. A codon-based model of nucleotide substitution for protein-coding DNA sequences. Molecular Biology and Evolution 11:725-736. вернуться на главную©Пономарева Ольга