Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~gosha-x/term1/aacontacts.html
Дата изменения: Mon Dec 21 13:59:36 2009
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:47:50 2012
Кодировка: Windows-1251
Контакты в структуре белка THIO_Bacsu
I. Примеры разных контактов в молекуле белка THIO_Bacsu.
1. Пример гидрофобного контакта
Здесь рассмотрен пример гидрофобного контакта фенилаланина(11 а.о цепи А). Найдем все атомы, которые находятся на расстоянии 4Å от 11а.о. На рисунке в шарнирной модели с маленькими шариками представлен исследуемый а.о.
В виде проволочной модели представлен а.о. контактирующим с исследуемым а.о. Крупные шарики - атомы а.о. которые взаимодействуют с 11а.о.
2. Примеры водородных связей между боковыми группами.
a) Связь между O-O
На рисунке показано взаимодействие 67 а.о. тирозина и 12 а.о. серина. Взаимодействующие атомы кислорода представленны большими красными шариками.
Взаимодействующие атомы кислорода находятся на расстоянии 3.34Å. Кто является донором, кто акцептором определить сложно.
б) Связь между N-N
В исследуемом белке нет такой связи. В этом можно убедиться ,посмотрев на рисунок. На нем синим раскрашен лизин, зеленым-глутамин, желтым-аспарагин.(все а.о, которые имеют азот в боковой цепи).
Аргинина в исследуемом белке нет. Голубыми шариками отмечен азот. На рисунке видно, что нет таких атомов азота, находящихся на расстоянии 3.5Å, нет.
Дальше, я исследовал с какими атомами взаимодействует атом азота (*.NZ) лизина. Я провел исследование на лизине 91 а.о. Атом азота взаимодействует с атомом кислорода серина. Атом кислорода остовный. Большими шариками показаны взаимодействующие атомы азота (голубой) и кислорода (красный).
3. Пример дисульфидного мостика
Сначала найдем дисульфидные мостики в инсулине. В инсулине их 6. Они отмеченны желтым. Желтым шариками отмечены контактирующие атомы серы.
В моем исследуемом белке присутствует один дисульфидный мостик. Интересно, что этот мостик соединяет цепь А и В белка. Точно также как и на предыдущем рисунке, желтым отмечен дисульфидный мостик и атомы серы.
