Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~sorochkinaa/term2/blast.html
Дата изменения: Tue Apr 4 14:32:27 2006
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:34:30 2012
Кодировка: Windows-1251
Работа с программой BLAST Главная страница > Второй семестр

Работа с программой BLAST


Все задания производились на сервере NCBI.
1. Поиск белка по его последовательности.

Результаты поиска в Swissprot:
Порядковый номер белка в выдаче Score E-value
1 501 bits (1290) 8e-142

Результаты поиска в PDB:
Порядковый номер белка в выдаче Score E-value
1 501 bits (1290) 6e-143

Первым из найденных в PDB белков является FABI_ECOLI, т.е. тот же самый. Т.к. находится одна и та же последовательность, то очевидно, что совпадают такие значения, как позиции начала и конца выравнивания, процент совпадений (Identity), счет (Score). Различным является значение E-value. Следует отметить, что выданная последовательность белка не полностью совпадает с находящейся в базе данных, а именно - для выравнивания необходимо вставлять гэпы в позиции 140 и 162.

2. Поиск по гомологу Q36T29_MARHY

Порядковый номер белка в выдаче Score E-value Начало, конец выравнивания в исходной/найденной последовательности Процент сходства
3 327 bits (839) 2e-89 1 - 259 162/259 (62%)

Для первого белка в списке гомология с искомым составляет лишь 71%, а самого белка Q36T29_MARHY найдено не было вообще. Однако, если производить поиск в базе nr, данный белок там присутствует, находится в списке найденных на первом месте, гомология стопроцентная. Скорее всего, последовательность белка еще не была помещена в базу данных Swissprot.

3. Поиск по фрагменту последовательности

Порядковый номер белка в выдаче Score E-value Начало, конец выравнивания в исходной/найденной последовательности Процент сходства
1 29.6 bits (65) 2.0 1/111 - 23/136 16/26 (61%)

Всего было найдено 3 последовательности. Такое количество гомологов, очевидно, связано с небольшой длиной заданной для поиска последовательности.


©Сорочкина Александра