Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~sorochkinaa/term2/programs.html
Дата изменения: Tue May 30 17:20:54 2006
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:59:55 2012
Кодировка: Windows-1251
Первые три задания производились на сервере NCBI.
1. Выравнивание последовательностей со схожей функцией.
Отличия в результатах выравниваний: при выравнивании с помощью программы water счет становится больше на единицу,
а количество гэпов - меньше на единицу (586/587 и 3/2). Остальные значения (счет, процент сходства) остаются без изменений.
1to2.needle1to2.water
1to2.water
2. Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.
Аналогично заданию 1, различия наблюдаются только в количестве гэпов. Для программы needle количество гэпов -
23 из 26, для water - 3 из 26.
Программой matcher производится выравнивание отдельных фрагментов искусственной последовательности с соответствующими
фрагментами последовательности белка, из которой она получена. Первый фрагмент соответствует последним 16 аминокислотам
искусственной последовательности, для него наблюдается 81,2% сходства. Второй соответствует первым 11 аминокислотам, сходство
стопроцентное. Третий фрагмент не имеет смысла (случайная последовательность)
1to3.needle1to3.water1to3.matcher 3.Параметры программ построения выравниваний.
Результаты первого и второго выравниваний различаются по . Третье выравнивание
отличается по проценту сходства (Similarity), количеству гэпов и счету. Кроме того, третье выравнивание
произведено немного другим образом (сначала 3 гэпа, потом 1 и еще 1 вместо 5 идущих подряд).
1to3_1_1.needle1to3_5_1.needle1to3_10_1.needle
Различия в результатах выравниваний можно объяснить следующим образом.
1). Разный счет связан с разными значениями штрафа за гэп.
2). Если снижать штраф за открытие гэпа по сравнению со штрафом за его продолжение, то для достижения максимально
возможного счета может становиться предпочтительнее выравнивание, где гэпы не идут непосредственно друг за другом,
и увеличение счета за счет сходства аминокислот превышает его уменьшение за счет открытия гэпа.