Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~sorochkinaa/term4/enzyme.html
Дата изменения: Tue Apr 10 06:02:50 2007
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:46:00 2012
Кодировка: Windows-1251
Классификация функций. Коды ферментов Главная страница

Классификация функций. Коды ферментов


1. Значение кода фермента

Заданный код фермента - 6.1.1.1

Описание фермента, соответствующего данному коду:

2. Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

В SRS был сделан следующий запрос:
((([uniprot-ID:*Ecoli] | [uniprot-ID:*Human]) | [uniprot-ID:*Metja]) & [uniprot-ECNumber:6.1.1.1])
Полученные результаты:

 
UniProt ID
UniProt AC
Имя гена
Первый домен
Второй домен
Идентификатор Pfam
Положение в последовательности
Идентификатор Pfam
Положение в последовательности
1 SYYC_HUMAN P54577 YARS PF00579 30 - 321 PF01588 369 - 465
2 SYYM_HUMAN Q9Y2Z4 YARS2 PF00579 74 - 375
3 SYY_ECOLI P0AGJ9 TYRS PF00579 28 - 328 PF01479 358 - 403
4 SYY_METJA Q57834 TYRS PF00579 28 - 300

Среди находок присутствует также белок A2UIT9_ECOLI (AC A2UIT9). Данные об этом белке были внесены в UniProt 20 марта 2007 года. В связи с этим на данный момент в UniProt еще нет данных об имени как соответствующего гена, так и доменной структуры белка. Более того, в разделе 'комментарии' указано, что данные о последовательности белка являются лишь предварительными, т.к. получены из WGS (анализа полных геномов).

Как можно увидеть, всего найдено три домена, но только один из них (идентификатор PF00579) присутствует в составе более чем одного белка. Его анализ и производился в дальнейшем.

Попарные выравнивания

Для построения попарных выравнивания использовалась встроенная в SRS программа NeedleP (меню Launch analysis tool). Параметры, поставленные по умолчанию (матрица EBLOSUM62, штраф за открытие гэпа 10,0 и за продолжение гэпа 0,5), не изменялись.
Полученные результаты:
  Идентичность, % Сходство, % Гэпы, % Вес выравнивания
SYYC_HUMAN, SYYM_ECOLI 20,6 35,2 22,7 69,0
SYY_ECOLI, SYY_METJA 17,7 32,2 36,5 88,5
SYY_ECOLI, SYYC_HUMAN 19,6 34,7 24,0 56,5
SYY_METJA, SYYC_HUMAN 36,6 57,6 8,5 455,5
SYYM_HUMAN, SYY_ECOLI 40,4 57,1 13,9 619,5
SYYM_HUMAN, SYY_METJA 21,4 36,7 31,4 154
Другие данные, а также сами выравнивания, можно увидеть на следующих страницах:
SYY_ECOLI, SYYC_HUMAN
SYY_METJA, SYYC_HUMAN
SYYM_HUMAN, SYY_ECOLI
SYYM_HUMAN, SYYC_HUMAN
SYY_ECOLI, SYY_METJA
SYYM_HUMAN, SYY_METJA

Белки находятся в эволюционно далеких организмах: археи, бактерии и эукариоты. Белок SYYC_HUMAN функционирует как лигаза в составе митохондриального матрикса, а поэтому его можно рассматривать аналогично белкам из эволюционно далеких видов (митохондрии во многом близки к прокариотическим организмам).
Как можно увидеть из результатов, домены белков демонстрируют высокое сходство при попарном выравнивании. Это свидетельствует о консервативности данного домена. В то же время (по данным Pfam для домена), сами аминоацил-тРНК синтетазы обладают малой идентичностью (по последовательности). Вероятно, консервативность данного домена обеспечила неизменность реакции, осуществляемой ферментом (данный домен осуществляет катализ), а другие изменения в его структуре были связаны с особенностями функционирования в тех или иных организмах.

Если составить множественное выравнивание (программа ClustalW), то можно увидеть, какие аминокислотные остатки являются консервативными для всех четырех доменов (в том числе 9 остатков, сохраняющихся во всех доменах и расположенных достаточно близко друг к другу).


©Сорочкина Александра