Учебный сайт Смирновой Виктории

1. С помощью MOPAC были построены и оптимизированы структуры нафталена и азулена:

   • SMILES: azu.smi, nap.smi
   • PDB (после применения силового поля UFF в obgen, чтобы молекула стала плоской):

     azu.pdb	nap.pdb

   • MOPAC: azu.out nap.out

2. Входные файлы для GAMESS: azu_opt.inp, nap_opt.inp
   Проведена оптимизация геометрии для обоих молекул (GAMESS). Выходные файлы: azu_opt.log, nap_opt.log

3. На основе полученных координат составлены новые входные файлы для расчета энергии:

   • Для расчета по Хартри-Фоку: nap_H-F.inp, azu_H-F.inp
   • Для использования теории функционала плотности: nap_TF.inp, azu_TF.inp
4. Таблица по данным расчета энергии из log файлов (строчка с "TOTAL ENERGY = "):
   

   Вещество	Хартри-Фок	DFT
   Naptalene	-383.3547	-385.6400
   Azulene	-383.2825	-385.5857
   Δ, Hartree	0.0722	0.0543
   Δ, kCal/mol	45.1045	33.9019

   Из эксперимента известно, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3+2.2 kCal/mol, что ближе к значениям, рассчитанным по DFT, т. е. этот метод точнее.