В сборнике представлены тезисы докладов Третьей Всероссийской школы молодых ученых ''Математические методы в экологии'', прошедшей в Петрозаводске 24-29 августа, 2008 г. Тезисы сгруппированы по следующим тематическим разделам: популяционная динамика, моделирование биосферных процессов, моделирование динамических процессов в биогеоценозах, математические методы в задачах охраны окружающей среды, экологический менеджмент, статистические методы в экологии, теоретико-игровые модели в экологии.