Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Использование GAMESS
10.12.2010 00:37
|
|
|
Вопрос к химикам - у кого-нибудь есть книга или инструкция, которая нормально объясняет, как пользоваться оным пакетом программ для квантовохимических расчетов? То, что на официальном сайте - это просто список команд без пояснений. Или, если у кого есть немного времени, объясните мне лично. В последнем случае пиво с меня причитается.
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
10.12.2010 05:59
|
|
|
|
Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
10.12.2010 15:17
|
|
|
Input.doc смотрел, не разобрался. Там просто список команд и короткое описание каждой команды. Возможно тому, кто долго работал в области квантовой химии, все эти описания говорят многое, но мне они говорят мало. Мне бы инструкцию, в которой более подробно разобран формат inp - файла, что там должно быть, а что - не обязательно.
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
10.12.2010 16:16
|
|
|
Формат такой $Имя_секции $END. Секций может быть несколько. Если почитать refs.doc, то там обнаружатся главы о том, как делать ССП, теорию возмущений, КВ, МКССП и многое другое с примерами.
Quote:
но мне они говорят мало
Это профессиональный софт, готовьтесь тратить время на обучение. Ну и изучайте квантовую химию, будет понятнее.
P.S. Забыл: есть еще TEST.DOC, в котором можно найти много примеров
|
|
Yupiter
|
К.ф.-м.н.
|
|
|
|
Рег.: 19.11.2003
|
Сообщений: 23163
|
Из: В полете
|
Рейтинг: 3857
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
10.12.2010 16:27
|
|
|
Там же тестов куча в /tests
code: ! EXAM01.
! 1-A-1 CH2 RHF geometry optimization using GAMESS.
!
! Although internal coordinates are used (COORD=ZMAT),
! the optimization is done in Cartesian space (NZVAR=0).
! This run uses a criterion (OPTTOL) on the gradient
! which is tighter than default, but very safe.
!
! This job tests the sp integral module, the RHF module,
! and the geometry optimization module.
!
! Using the default search METHOD=STANDARD,
! FINAL E= -37.2322678015, 8 iters, RMS grad= .0264308
! FINAL E= -37.2351919062, 7 iters, RMS grad= .0202617
! FINAL E= -37.2380037239, 7 iters, RMS grad= .0013100
! FINAL E= -37.2380352917, 8 iters, RMS grad= .0007519
! FINAL E= -37.2380396312, 5 iters, RMS grad= .0001615
! FINAL E= -37.2380397693, 5 iters, RMS grad= .0000067
! FINAL E= -37.2380397698, 3 iters, RMS grad= .0000004
!
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE COORD=ZMT NZVAR=0 $END
$SYSTEM TIMLIM=1 $END
$STATPT OPTTOL=1.0E-5 $END
$BASIS GBASIS=STO NGAUSS=2 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$DATA
Methylene...1-A-1 state...RHF/STO-2G
Cnv 2
C
H 1 rCH
H 1 rCH 2 aHCH
rCH=1.09
aHCH=110.0
$END
|
|
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
10.12.2010 16:45
|
|
|
Вот еще хорошая презентация , чтобы понять, с чего начинать (названо устройство входного файла, наиболее важные секции, кое-что о форматировании, со стр 19)
|
|
Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
10.12.2010 18:17
|
|
|
Спасибо за презентацию, вроде кое что понятно. Правда, поведение Gamess непонятно.
Итак, моя задача - определить теплоту образования некоторой сложной органической молекулы.
Что я сделал: 1) Нарисовал эту молекулу в ChemDraw 9.0. 2) Перенес в Chem3D. 3) В Chem3D провел оптимизацию геометрии с использованием MOPAC. 4) Экспортировал файл с координатами атомов в формате GAMESS, получил в итоге файл с координатами. 5) Добавил заголовок, теперь файл выглядит так:
$CONTRL SCFTYP = RHF RUNTYP = HESSIAN COORD = ZMT NZVAR = 0 $end $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $end $GUESS GUESS=HUCKEL $END $DATA stage_1.inp C1 Далее координаты атомов
Запускаю GAMESS через batmaker и получаю ошибку 911.
Что я сделал не то?
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
10.12.2010 18:58
|
|
|
На первый взгляд все ок. А что гамес написал в вывод?
|
|
Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
10.12.2010 19:24
|
|
|
UNKNOWN CONNECTION ATOM= ON ZMAT CARD 4 EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Dec 10 18:21:43 2010
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
10.12.2010 19:40
|
|
|
COORD=UNIQUE
Quote:
if COORD=UNIQUE NAME, ZNUC, X, Y, Z ***************
NAME = 10 character atomic name, used only for printout. Thus you can enter H or Hydrogen, or whatever. ZNUC = nuclear charge. It is the nuclear charge which actually defines the atom's identity. X,Y,Z = Cartesian coordinates.
ZMT - это ввод начальных координат в виде Z-матрицы. Лучше пользоваться декартовыми, если Вы не хотите изучать, как устроена Z-матрица в гамесе
Кстати, считать матрицу вторых производных (гессиан) на неоптимизованной в данном методе геометрии очень плохая идея.
|
|
Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
10.12.2010 19:49
|
|
|
То есть сначала надо сделать RunTyp=Optimize ?
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
10.12.2010 20:17
|
|
|
Да. И желательно выбрать метод получше RHF, хотя бы MP2, или, лучше CCSD или CCSD(T), если позволяют ресурсы. Кроме того, для термохимии следует правильно подбирать базисные наборы, которые должны быть более обширными, чем тот, что я вижу у Вас.
Если под "термохимией" подразумевается только гармонические частоты, то все равно нужно хотя бы 6-311G++(3d,3p) или aug-cc-pVTZ и метод "не хуже" MP2
|
|
Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
11.12.2010 14:10
|
|
|
Зачем мне учитывать d-орбитали, если у меня органика? У меня там только H, C и O. И кстати именно поэтому я обхожусь RHF, хотя, возможно, MP2 имеет смысл. Отсюда же и выбор 6-31G в качестве базиса. Кроме того, мне не требуется расчет с точностью до десятых долей процента, у меня стоит задача сравнить между собой теплоты образования 5 модельных молекул, и соотнести оные с экспериментальными данными для довольно сложных систем, которые эти молекулы моделируют, а эти экспериметальные данные получены с достаточно большой погрешностью.
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|
kernix
|
читатель
|
|
|
|
Рег.: 03.03.2007
|
Сообщений: 300
|
|
Рейтинг: 474
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
11.12.2010 16:43
|
|
|
В ответ на:
Зачем мне учитывать d-орбитали, если у меня органика? У меня там только H, C и O. И кстати именно поэтому я обхожусь RHF, хотя, возможно, MP2 имеет смысл.
То, чему учат на органике, несколько отличается от того, что нужно знать в вычислительной химии.
В ответ на:
Отсюда же и выбор 6-31G в качестве базиса. Кроме того, мне не требуется расчет с точностью до десятых долей процента, у меня стоит задача сравнить между собой теплоты образования 5 модельных молекул, и соотнести оные с экспериментальными данными для довольно сложных систем, которые эти молекулы моделируют, а эти экспериметальные данные получены с достаточно большой погрешностью.
Точность до десятых долей процента ты и при использовании наиболее точных из современных методов расчета вряд ли получишь. Настоятельно советую прислушаться к словам Noord'а.
|
dmt, dmt, doo dee doo dmt, lsd doo dmt, lsd doo dmt... |
|
AVS
|
Spectator
|
|
|
|
Рег.: 18.01.2006
|
Сообщений: 2314
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 454
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
12.12.2010 03:03
|
|
|
Если Вас устроит погрешность в несколько десятков (или порядка сотни) ккал/моль, то Вы, конечно, можете использовать RHF (или даже MP2) в базисе 6-31G. Но, по-моему, это все малоосмысленно. Если Вам нужно примерно, скажем, с погрешностью в 5-10 ккал/моль оценить термохимию своих молекул, не претендуя при этом на высокий уровень теории, то возьмите лучше "золотой стандарт" B3LYP/6-31G(d,p). Кстати, важность поляризационных орбиталей (d,p) в базисе, даже при DFT-расчетах и даже для легких sp-элементов - тоже давно установленный научный факт, тем более, касательно термохимии.
То, что Вас интересует, очень давно тестировалось и проверялось на десятках и сотнях органических молекул, поищите и посмотрите для начала литературу.
|
При выходе из поезда не забывайте своих женщин |
|
Yupiter
|
К.ф.-м.н.
|
|
|
|
Рег.: 19.11.2003
|
Сообщений: 23163
|
Из: В полете
|
Рейтинг: 3857
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
12.12.2010 12:59
|
|
|
Можно указать hssend=.t. тогда гессиан начнет считаться сразу после нахождения минимума. Только для этого желательно быть уверенным, что оптимизация сойдется туда, куда надо.
|
|
|
Noord
|
cardinal direction
|
|
|
|
Рег.: 25.11.2006
|
Сообщений: 6581
|
|
Рейтинг: 9250
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: AVS]
12.12.2010 17:28
|
|
|
Quote:
оценить термохимию своих молекул, не претендуя при этом на высокий уровень теории, то возьмите лучше "золотой стандарт" B3LYP/6-31G(d,p).
Я бы поостерегся использовать B3LYP для термохимии (оптимизация геометрии еще ОК), т.к. известно, что он имеет систематическую ошибку в оценке энтальпий образования старших алканов (и многих других, "протяженных" молекул) Systematic Errors in Computed Alkane Energies Using B3LYP and Other Popular DFT Functionals
|
|
epsilon
|
enthusiast
|
|
|
|
Рег.: 01.04.2007
|
Сообщений: 376
|
|
Рейтинг: 411
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Nuke]
12.12.2010 19:44
|
|
|
Соглашусь с тем, что уже ранее написал AVS. Для начала, к примеру, можете посмотреть вот на эту работу.
|
|
AVS
|
Spectator
|
|
|
|
Рег.: 18.01.2006
|
Сообщений: 2314
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 454
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: Noord]
12.12.2010 23:07
|
|
|
Спасибо за ссылку, интересно.
В ответ на:
Я бы поостерегся использовать B3LYP для термохимии
Я думаю, что по цене базиса 6-31G (плюс-минус-звезда) практически любое DFT-решение будет всяко лучше, чем все то, что было перечислено перед этим.
А выбор функционала - это уже кулинария, апологетика, маркетинговое исследование, все что угодно, но только не наука, потому что в конечном счете все понимают, - это игра в компенсацию ошибок. Как повезет.
Наверняка для любого мало-мальски употребительного функционала найдется свой набор тестовых данных, из которого будет следовать, что именно он - the best. Вот если на картинку по той ссылке из Org Lett взглянуть, то по ней выходит, что the best is LDA. Что ж, и такое бывает.
|
При выходе из поезда не забывайте своих женщин |
|
Nuke
|
sir
|
|
|
|
Рег.: 25.10.2002
|
Сообщений: 1080
|
Из: Москва
|
Рейтинг: 11
|
|
Re: Использование GAMESS
[re: AVS]
13.12.2010 12:37
|
|
|
Еще один вопрос - сколько ему надо места на жестком диске, если использовать RHF c MP2 в базисе 6-31G для системы из 180 атомов?
|
Quis сustodiet ipsos custodies |
|