Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/1020309.pdf Дата изменения: Wed Sep 1 16:14:08 1999 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:00:28 2012 Кодировка:

IX

, .
x
1.

-

.

. ,

,-

. IX.1 . IX.1. {NH2 {CO{NH{, { -

Ca , Ca | a12 . ,

, N{C 0,132 , 0,147 ,

. ,

0,125 ,


x 1.

199 , , , 0,124 : 2s2 C=O
p

C = N. C=O . -

0,121

,

N, C, O

N

!C!

O:

,

. IX.2
s- pcC(sp2 ) N(sp2 ). c,

N, C, O
px -

sp-

N, C, O,

, . O(sp2 ) C(sp2 ), p-


200 (
a

IX.

. IX.2). -

,

, , , C=N Ca {C (
y

,

. .

(.

. IX.1). ( w) N{Ca (

f)

,

)(

. IX.3).

. IX.3

. IX.4 J. Blackwell, 1973)
N{Ca , ,

, (
f
, , . L-

A. G. Walton,
y
= 0,

f

y

Ca {C ,

0

y

f
-

|

E0

.

CO{NH

E0 84

f

y

/ ( . IX.4).

0,84{2,52 / C{N. ,

, -


x 1.

201 (f
i yi

,

)
a-

py o o (fi;1 yi;1 ) , (fi yi ) (fi+1 yi+1 ). ,

. .

,

, -

, .

fi yi

fi

+1

yi

+1

. IX.5 ( A. G. Walton, J. Blackwell, 1973)
( . )

-L, -

fi yi

(i + 2)-

fi

;1

yi;

1

(i ; 2)f y,

. , -L. , I II, , .

i-

.

.

. IX.5

-

, -

, , -L10 , I
a

. ( . x 1 . VIII).
a

. IX.5
b-

5{ . -

. (

II III).
.

-

,

.


202 . .

IX.

, , . , .. . 2. 3. , 3,6, :
a-

, .

-

. 1. . .
L = 0 54

-

0,15
a

, .

-

b

. ,

,

, ,
b-

(

. IX.6 IX.7).

. .), ,

a

| .

b

-

, , ,

(

,

, ,

a

-

.).

( Cb ( .

, ).
g

, -

-

80%
a

-

b

-

, 50{60%. .
.

: , ,

b-

a

-

a-

.

, ,
E0

. . ( 42 / , )

C

a


x 1.

203 , k T. . . IX.6 a) ,
f y

,

-

(

,

. IX.7 ( , )

b-

. (VIII.3.3). i-(VIII.3.3) ,

,

-

-

(VIII.1.16) (VIII.2.2)


204 E(
f y)

IX.

=

X
kl

0 0 E (f y) + Ef (1 ; cos 3f)=2 + Ey (1 ; cos 3y)=2 + E
kl

-

(IX.1.1) . . . Cb { /

E (f y)
kl

r,
kl

f

-

. (IX.1.1)
y

(VIII.1.15) , , . ( . Ca {Cb

, (IX.1.1)

E (f y) . coc ,

Cg ),

( g) E0 12 6 /, (. , 1968).

.

E0 2 52

. IX.8 ( N-aN(C0 .... N). | , . IX.9
f y

-N. ) ,
w

-L-

(CH3 {CO{NH{CHR{CO{NH{CH3 ), R | . . IX.8 -L(R = CH3 ) f(N ; Ca ), q(Ca ; Cb ), y(Ca ; Cb ) ( ). , 4{8

-

= 180 / .


x 1.

205 . (IX.1.1) . . , N-a(f, y, q, w). -

. IX.9 L.. ,
a b-

(

-N, , 1981) . / )(

-

. IX.10 , . IX.9) ( A. G. Walton, J. Blackwell, 1973) , . 0 84 / -L(

-L-

. IX.10

, ).

(f = 240 , y = 240 f = 120 , y = 120 ) , . (f = 61 , y = 239 ) -L, . , , , ( . IX.10)

(f = 380 , y = 325 ) .Cb ( -L.


206
x

IX.

2.

, . , , ) : : 1) 3) . 200 , (. 20 ,. ( . , 1954) . ) . . , . , . , 105 . (20200 ( . . , .. , . 20200 , 105 ). , . 2) 1,33 { 1 42 / .

3

-

. . , -


x 2.

207 , . . , , : ab

, , ( . x4 . . . . IX.11 ..
. . , NHNCOC-

, ).

,

-

a

-

,..
+

(I )
;

b-

(II ) ( , 1979)
, -

b-

. IX.11 , ). , ( , ). , , . (..

, ,..

a

-

, , .. .

N- C. IX.12. , .

, ,

:

.

, ,

, -


208
a

IX.

-

b

1{4

1 { 5, 1 { 2 { 5, 1 { 4 { 5, 1 { 3 b.

, 1{2

.
a

-

. IX.12 ..
a

( , 1979) , , . 20 1145 , ,

.. ,

, . -

, , . | 555, .
a-

b

-

.

(3100

590,

)

a

-

b-

425

, 124 -

. .
a

a

, ,

,

-

, b. , , ,

,

.


x 2.

209 . . , . , . , . , . . , . , , . , , . 10 5 { 6, 10 .
n

, ,

a

-

b-

|

-

, . ,

-

.

,

2/3

,

. . -

. , . n , , -

. (. . IX.8). |

,

,

.


210

IX.

. . , . , ( , . (n + 1 n + 2) (n ; 1 n n + 1). , , . , , . , , . . n ; 1, n, n + 1) , . . n ; 1, n, n + 1. . . , ,

-

, -

, , -

). , . . ,

(

| -


x 2.

211 . 58 , , ( -1 | ), (. . , -38 ).

. IX.13 -22 { -31 -22 | , -35 -33 | -31 ( -29 -21 | 33,6 14 -1 | -21. ( -35, . IX.13). . 768 , -31 408 0 { 21 /, / | 10 . -31 | -35 ( , . I .14). 0 .. , 1981) -25 | -28. -24 | -25 | -29, , 17 -27, -31 | -29 | -35 , -22 | -35,

-24 |

21

/


212 -35 ,

IX.

-1 |

-21 -35 | , . . . , 0,1 215 . , -37. . , ,

.

b

-

-22 | , -

. .

, -

, . . IX.14 -22 { -35 ( ) , . , 70%, ), , (
a

-

. . .
b-

, ,

-

.

-


x 2.

213
a

-

,

.

. . ( . x 6), ,

. . . 1000 . . , b

40%

7000

.

. .
.

,
a

-

-

. -

. .
b-

, , . . ,
aba

a

,

-

. ,

,
b

( .

(

. IX.15). A), ,
a

ab

-

, ( , , a-

b-

-

b

-

.

1 { 5 1 { 4)


214 . ,

IX.

(

1 { 2) ,

,

. . ,

. IX.15 ..
| | ( . ( )

( , 1979)
a
)

..
, ( )

1-

,

b)

a-

b-

(

, , . . N. , ( ( , 120 , 1993). a, , . . .

-

,

110, ,

),
b-

, . . -

-


x 2.

215 .

, , ,

, (..

). .

.

, , .

. ,

,
.

,

,

| ,

. . -

, (a. , , . . (. , . IX.12) , . ,
a a b

, , .

.

-

. -)

,

-

. . b

,
a

b

, . , .
a

-

,

-

b

-

, ,

,


216

IX.

, . . ( . (VI.3.2)) I max = log2 W I
max

.

, , , 200
200

, , : . .

, = log2 20
I

= 860

:

860 ,
n

,

p = 1=W Pmin = 2; ' 10;240 : ,

, . I min = log2 20n = 4 3n, n | = 5 6 I min ' 20 30 , . . I min = I max . : pmax = 2;20 10;6 . (pmax pmin ). I
max

, . ,

I

min

pmin pmax . (.. . , )

.

, ,

, ,

( . . XXIX). , . , p

,

I

, , = 10;6 =10;30 ' 10 , .
24

' 10;30 . : 100
, ,

. ,

pmax =p ,

. . ,


x 3.

217 , . , , , . . , , .
x
3.

-

( . x 3 . IV).

1997). ,

(Lehn, ) -

. (

,

.

,

, | , . . : ,
.

, ( . IX.16). , . . ,

,

| , ,

,

.

, . { , . , : .

, -

( . x 3 . VIII). ,

.. -


218
1 2

IX.

:::

N

,

,

N +1 E = (g =2)
b b N X2 i

N +1
=1
i

, (IX.3.1) . ag a (IX.3.2)
b

g|
b

( . x 1 . VII), kT , , . , ,
t

( . (VII.1.11), (VII.1.12)). l| g ' 10;
b

18

.

.

g = ak T =l
b

a = 50 0 , g = 0 036k T .

,

g

t

.


x 3.

219 . , . (36 ) (B ) , 25 . . 5 , , (B - C ) -

. IX.16

.,|

,|


220

IX.

. , ( ) , ( , . , ) 10;5 . {
.

, 10,0 .

-

( . x 1 . VIII). .

), { {)

, , ( { ) . . . , . , ( . IX.17, A- B (C30 ) | ( . -

({ .

, IX.18). ( . IX.19), D . ( B - A. , .. . . IX.20).

,

D|

:
qc t A-

t

( 60 ) . C3 ,

.

C2,

.

50 , C20 -

C30 -


x 3.

221 , , BA. .

. IX.17
I| ,|

B

(

.
, II |

AB
-

. 1982):
| -

:

A

-

. ,

A

-

B
, 4

-

. IX.18

, -

xnfwj
(N{Cl,

. ),

q
-


222

IX.

-

. IX.19 : .. TW, , 1980)

t

,

, (. . IX.19 I .20). . . . { (D t), . B

D,

T L,

H , , -

, ,

. IX.21

e

4. (D t). ,

( . (VIII.1.16)) 5A, . ,

-


x

3.

223 . , , 36 6 t 6 42 . B-

. IX.20
B-

(
A-

..

)

(S - ) C3C5 N{Cl,

C2- - (C3| C3- . C2(N - ) C4{ .

, 1980)

-

. IX.21 (D t) ..
C2- | C3, (,

, 1980)
(B(A), , ) ). /

(
. -

, A0,1 BA, , BA, . (. . IX.21)
t

6 36 , . . , B-

.

, . -


224

IX.

. B12,6 / . A .

-

!

B

.

,-

AB| A( . IX.17), (d 20 A, B d 9 A). . A, A{ , { ( , , B.
a

B - A. . BA, , .

. ,

,

2-OH. ,
.

, . , . ., 1972 Z,

A-

,

A-

, { , .

B, 1993). A.

.

ture).

SLS (Slipped Loop Struc, .
t,

A-

,

-

b

b

. IX.22 ,

, , ) c,
c

,

t

( . .
t

, 10

. . a = b + t. | . ). ( -


x

3.

225 1000 , 0,06 , ). 0,12. . (.. ( ). 9 10;5 . IX.23),

;c = 0 05 ( 5 ;c 10;3 ;c ;
c

(;c = 0 085),

. IX.22 , 1988)

.

(

..

-

-

. IX.23 ( .

,
;c = 0 06 0 08

, 1980)

-

,

, , , .. , . , , , ,

.

, . . , . , . IX.23

-

-


226 . ,

IX.

. . , , . Z, ( , ), H( (-) { : H({) . ( ., H(SLS. .). SLS. . ). | . , , B, , , Z. . , . , . , , , , ,

, . Z-

(

, 1978).

| H-

, ( , ), . . ()( ) ( ) ( ). , ,
+

. IX.24
+

+

, ({) | (

.

,

(-) , . )16 ( ,

.

. )16 , , -

. ,

. |

. , ,

H-

,

)

-


x

3.

227 . SLS. , , . . IX.25 ,

. IX.24

H-

.(

( )16 ( -

)16 .

, 1988) -

B1 ; A2 A1 B2 . IX.25 . IX.26 SLS.

A1 ; A2 B1 ; B2 . , , . , ,

.

,.


228

IX.

. IX.25 (

SLS. .)

-

. IX.26 ( . .)

,

-

SLS-


x

4.
x
4.

229

,
.

,

. , (

,

-

O{H ,

O ( . x 2 . VIII). ,

. IX.27 IX.28).

. IX.27 ( , . . , , , 1971)

(I ) ,

(II,

III

) , -

. 0,275 . ( O. I) ,

RO{O ,

RO{O = 0 286

.


230

IX.

, . ( D. IX.29). . .

,

,

, .

. ,

.

, -

, (. , , . , . , .

) . , -

.

. IX.28 4 C. .

( S < 0), (;T S ) > 0. H < 0.

G = H ;T S

(

, , ,

)

j H j > jT S j . ,
(VI.1.10)). 20 /

(

)

: F < 0. F' G V '0 ( .
t

298 )

(

10;13 .

, OC

.

t

D

10;10 10;11 ,


x

4.

231 O{H tB 10;14 ). |
t

D

> 10;5 (
. ,

: , , -

. IX.29

(I ),
t

(
tn

..
I) (III )

(II ) , 1975)
, 15%.
Ktk

(III )
2 10;13 . , , (
tk , 10;5

(I )
tn

tk

t

tn

10;11

tn (tk

< t < tn ) (II ). D-

, . , ( ( Na+ K+ 10%). ). . .

,

, ,

, , K+ .

.


232

IX.

, , ( H < 0) , : , S = ;84 /(

. ( H < 0). ( S < 0) , ( G > 0). , G = H ; T S > 0: ), | 298 H = ;9240 { : , , ,

,

,

/

{ G = H ; T S = ;9240 + 298 84 ' ' 25500 ; 9240 ' 16000 / = 16 / , , , { . . . . , , , , , , , , . , . . , ,

. -

, , , , ,

. . . . { -


x

4.

233 . , .
t

10;7 , . ,

, . y

. .

(5180 2130 ;1 ), .

.

. (NH OC), , , . , = +12570 (;40), / ), (;420). G, . . (.

, , . . ,

-

(+12440),

, ( G= (+11100), (+5900), (+5500), (+3000), (+2300), (+170), (0), , . .

).

, , ) : ( 12). (,

.

,

,

,

,

,

,


234

IX.

bs r| . , . , , (. . , ( , , , . , .
.

04

d|

r bs = (r ; d)3 ; 1

3

, , b , , , , , , . -

, b < bs , , . ),

(b = bs ). bs .

b > bs

. 10 { 25% 32 16).

. , ,

,| .

. , . , -

. ,

,

,

.


x

4.

235 ? . . , , 0,45 { 0,60 H2 O/ ., | 12 , , , ). S = 34 2 , | 65 2 . 60 { 70% . . . , . , . ( t

,

.

,

,

-

. .

0,3 { 0,4 ,

H2 O/

,

, , , . -

(

| 2, . . .

(

45 { 64)

(a. , .

72 { 103) . IX.30. , -

,

, 10;11 10;10 ), , . .

(t

10;6 ).

.

10% 10;3 { 10;7 .


236

IX.

. .

. ,

, , , ,

,

-

. IX.30 .. n, 1980)
, |

(
-

(t . .. , ). ,

10;11 ) , ,

(

t

10;3 10;7 ).

,

, , (t 10;5 ) , -

, (10;11 ) .

(..

,

(10;3 { 10;5 )


x

4.

237 . . , ,
a

, . , , . , ,

-

a

. ,

. . . (.. , , , ). . . , , . | ) , . VIII). , .
x

, H2 O

, 170 180

,

-

, . (.

,
.

,

N. , ( . x 1, 2, ) . (. -

, , (

,

1 . IX

. IX.9 IX.10) f, y,


238

IX.
f

(;40 ;100 ), .
f, y

y

(0 80 )

. -CO- NH. f (;40 ;100 ), y (50 110 ).

, -

, . , .

,

,

;86 , 82 .
, | , . ( ,

. IX.31).

. IX.31 1981) (t2 ) , , .

h

,

Cp

-

( ,

..

(t1 )

,

|

, . ,

,

.

-


x

5.
x
5.

239

, pH,
ga

, . ,

). () ( . IX.32), , pH
h], a],

( ( )

-

-

-L-

pH = 6

. | , , .

. S. , pH { .

,

. IX.32 ( h]) ( , .. , .

, ( a]) , 1975)

{

.

, , pH.

, -

, , , (IX.5.1)

.

. , { G= H ;T S

. .

exp( = 1 + exp(G=RT )T ) : G=R


240

IX.

1 ; = 1 + exp(1 (IX.5.2) H| n T ,
d dT

G=RT

):
,

(IX.5.2) (IX.5.3) H H0 | n , ,

T =T , G=0
H = 4RT 2 : { . , . . H ' n H0 ,

T

. n.

. IX.33 a.. . .

, 1965) { { Z=
X

(
{

.
.

)(

, . , . VIII).

a

,

(

. IX.33). . , ( . x3 (IX.5.4) (.. ,

fmi g

exp(;Gfmi g=RT ): , .

G| ,,

i,


x

5.

241 .. ) , , . (IX.5.4) , (IX.5.5) , -

(mi = 1) S = exp(; G=RT ) = exp ;( H ; T S )=RT ]: (IX.5.5) , , .. . . (mi = 1), (mi;1 = mi;2 = mi;3 = 0), G , , , G G , , | . . , S S H , (IX.5.4) ( ) =RT ) , . .

c

= exp(;G

-

' Gi (0 0 0 1) = ;RT ln(1=3) ' ;4RT ln(1=3) ' 10 5 c: c ' 10;2 :
, / : (IX.5.6) c, =1 (IX.5.7) , (IX.5.8) .

N|

,

(G = 0). ( . (VIII.3.10 VIII.3.11)), Z = (1 + S )N .

. c (IX.5.4),

S 1 = N @ ln Z = 1 + S : @ ln S


242
c

IX.

=0(

,G Z = 1 + SN

!

1)

N 1 = N @ ln Z = S N : @ ln S 1+S

(IX.5.9) : =RT ), -

.

(S > 1) ,

,

(S < 1). S > 1, S N 1, . . N 1, Z S < 1, S = 1, . . S=1 { ( . IX.34). c = exp(;G

. S = 1. . IX.34
1

c

, , S

, ,

, -

|

..

,

{ , 1965):
2, 3

(
-

.

H

S ,

|

. {

, ( . x4

{

{ ).
.

. ,

. -

{ ,

. (X, XI)

, .

-


x 5.

243 (a. , ) , / . ) , , , | . ( . x 2 . VII). Q 4 2 10;3 /, .. ) . , ,

. -

,

( Q 42 .

n
. ). ( . x 2, . VII).

. ,

,

(

,

(..

. IX.35
t
| 200

1, 2 | ) | f|

RR n

(
(

):
, -

( (m).

. IX.35). , : 1) (f ) 2) , , , ),

. |

, | , , , -

m f.
(

G f.
,

. , .

,

m

!

f

m
-


244 , 10.

IX.

f. n
. . .

n
, . , , (

( ,

( . M.

, .. ) .

,

, .. , . .

). . -

, ( , . , ( ,
a

, . . X). ) b

.

-

)

-

, . . ,

,

. VII).
x
6.

( . x2

,

. (IX, x 1). . ,

-

kT ,

-


x 6.

245 (1973) , 100 . . , , , , , , , . . . . ( U < 0) , F = U ; T S < 0 (j U j > jT S j): . . , , , (IX, . 1058 0 19 . , . , (T S < 0) 10 , . ) -

. ( 10100

-

G

-

x

2).

N,

: n, , 0,19, (

|

1011

1

n S (n)= S (N ) ; E (n)= E (N ) N = 58 , 1996),
, ( . IX.36)

,


246 . . ,

IX.

, , , -

. IX.36 )( , | | : .
.

(

, 1998) ) . -

.

,

.

. . , (;T S ) , , ( , 10 1041 . . .
N

(

.
t

,

G exp( G =RT ). )
t

R ln 10.
10
N

1058

. N = 58

10

1

,

,

-


x 6.

247 / ( ) , , . IX, x 1). ( . , .. (105 ) . , . , . , , , . 10;2 ; ,

102

( 01 1996).

. , . VII x 2 , ,

,

!

, , : .

,

,

.

, -

Tj
c

; !
Tj

c ;!
T

:
. , , ,

T = T = Tj
. . . . , ,

T
f

f

T >T

,
c

, .

T f c

,


248

IX.

,,

,

. IX.37.

. ,

T >T .
f c

. IX.37 ( Wolynes, Onuchic, Thirmalai)
,

60

Q

, ,

|

.

(

,

(

, 1990 { 1996) , , 1990 { 1996).


x 6.

249 . , . IX.38). , . , | (3 3 3)

27-

( |

. IX.38 ( Shakhnovich, Karplus) . , (

) 28 ) ( Sali, .

: 27

E= B|
ij

X
i
B

ij

(r ; r )
i j

(IX.6.1)

,

(r ; r ) = 1,
i j

i j.

.

B0 < 0 ( . B
ij

)

(r ; r ) = 0. B0
i j

-

B0 P (B ) =
ij

. exp ; 1 B c; B0 2
ij B

1 2pc

B

(IX.6.2) ,

c

B

|
c
B

= 0.

.

B

ij

B0 .

-


250 .

IX.

B0 > 0, n T
c

B

ij

(IX.6.1)

B < 0.
ij B

T = 2c R
c

p

pn :
ln g

g

:

(B0 < 0) .

, . (IX.6.2) ,

(

,

)

1016 , -

B .
.

ij

( , , . ,

),

. . 107 .

. ,

. 50 106 , 10 106 . , . IX.39

-

. ,

, , .

N,
c

N
104 . ( . IX.40 ,

e
c

Q0
1010 . 103 10

. .

1016

-

T c

T < Tj
. . .

105 4

.

, 400


x 6.

251

. IX.39 Shakhnovich, Karplus)
e
| 10 ( -

(
, .

Sali,
|

kT

k

|

N

),

c.

Nc

|

,

Q0

. IX.40

10 -

( Sali, Shakhnovich, Karplus)
. , . , 106 0. , . -

50


252

IX.

.

E,
, . IX.40, . , 1% . . . x , , . ,. , (Shakhnovich E., CheY, . -

(. .

. IX.37).

E, T f c

T >T
f

,
c

.

c

.

,

, . Abkevich V., Ptysyn O., 1996). , , (Shakhnovich E., 1998). , (Schulz G., 1992). CheY ( 12, 57, 17, 88), . . , , , .

-


x 6.

253 . , , . , , , , , . ( 105 ) , , . , (Wingreen N., Tong C., 1998). . . , , Na(Spirin A., 1986).

,

. in vitro. C, C. , , . . . . , Mg2+ . .. , , , .. , . , , ,

,

,

.

. -

,

,

. , |

( 15

,

).

, , C-

26 { 27


254

IX.

(Spirin A., 1995). . . . 86 , , , . , ), , . , , (Spirin A., 1997).

,

, .. , . , , ( , , . ,

(35 S, 3 H), N-

, ..

.