Компьютерный анализ эволюции корового белка мРНК р50 из
Orictolagus cuniculus в пределах суперсемейства Y-box связывающих белков

И.И. Адамейко

Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского

Ключевые слова:биология, молекулярная биология, биосинтез белка, РНК, биохимия, ритикулоциты, коровые белки

Известно, что вся матричная РНК в цитоплазме эукариотической клетки организована в виде мРНП-частиц, которые образуются в результате сложного взаимодействия мРНК со специальными белками. Одни из них проявляют высокую специфичность по отношению к консенсусным участкам связывания на мРНК, а другие, наоборот, связываются с мРНК неспецифично по всей ее длине. Именно ко второй группе и относятся мажорные коровые белки, присутствующие в количестве нескольких копий на одну молекулу мРНК и обуславливающие ее структурно-функциональную организацию в мРНП-частицы.

Наиболее изученным в этом отношении является белок р50 из Orictolagus cuniculus, который является основным фактором, физически формирующим мРНП-частицы эукариотических клеток, подобно тому, как гистоны формируют структуру ДНК [1].

Последовательность р50 кДНК была клонирована из ретикулоцитов кролика. Она оказалась высоко идентична Y-box-связывающим транскрипционным факторам млекопитающих. Было показано, что р50 содержит уникальный Y-box- связывающий домен, присутствующий во множестве других белков, распространенных среди про- и эукариот.

Целью этой работы являлось изучение эволюции р50 совокупно с анализом филогении всей группы Y-box-связывающих белков. За основу бралась статическая информация о первичной структуре р50 и других анализируемых белков из электронных баз данных, а в качестве инструмента исследования использовался пакет прикладных программ LVB: Reconstructing Evolution With Parsimony And Simulated Annealing (D. Barker).

В результате проведенного анализа мы получили филогенетическое древо, отражающее эволюцию суперсемейства Y-box-связывающих белков.

Анализируя его, можно сделать выводы о том, что, во-первых, функциональная и эволюционная классификации схожи. На филогенетическом древе видно, что функциональные группы белков обособлены, что подтверждает общность их происхождения. Во-вторых, общим предком для белков всего суперсемейства предположительно будет являться некий гипотетический белок, отвечающий следующим критериям:

1. Присутствие его в прокариотической клетке как в исходном материале для восходящей биологической эволюции.

2. Обязательное присутствие в структуре молекулы Y-box-связывающего или подобного домена.

3. Способность неспецифически связывать нуклеиновые кислоты.

Murzin A.G. предположил, что таким белком может являться ассоциированный с рибосомами протеин S1 [2]. Используя метод компьютерного анализа, мы не нашли подтверждения этой гипотезе.

Знания о происхождении р50, в частности, представляют несомненный интерес для понимания эволюционного становления его роли в организации мРНП-частиц.

Литература

УДК 577.29