Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://www.nature.web.ru/db/msg.html?mid=1163839&uri=2.html
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Mon Apr 11 03:57:45 2016
Кодировка: Windows-1251
Научная Сеть >> Протеолитический процессинг у синдбис-подобных вирусов
Rambler's Top100 Service
Поиск   
 
Обратите внимание!   Зарегистрируйтесь на нашем сервере и Вы сможете писать комментарии к сообщениям Обратите внимание!
 
  Наука >> Биология >> Вирусология | Дипломные работы
 Написать комментарий  Добавить новое сообщение
Т.Ю. Тилькунова. Протеолитический процессинг у синдбис-подобных вирусов

Курсовая работа студентки 4-го курса кафедры вирусологии Биологического факультета МГУ. Москва, 2001.
Авторские права сохранены. Любое копирование данного текста и/или его фрагментов без разрешения автора запрещено и преследуется в соответствии с действующим законодательством РФ.

Содержание    В начало...
 
 


3. Суперсемейство Синдбис-подобных вирусов: филогенетический и систематический обзор

В соответствиии с современными представлениями об эволюции (+)РНК-содержащих вирусов, РНК-содержащие вирусы эволюционируют очень быстро и вместе с тем неравномерно - репликативные гены наиболее консервативны, а гены, кодирующие структурные и другие вспомогательные белки могут изменяться значительно быстрее за счет мутаций, а также подвергаться "перетасовке" в результате рекомбинации.

Концепция вирусных суперсемейств основывается на филогенетическом родстве наиболее консервативных белков репликации, которое устанавливается с помощью компьютерных методов анализа последовательностей. В результате анализа последовательностей и комбинаций консервативных доменов (РНК-полимеразы, РНК-хеликазы, протеиназы и метилтрансферазы) были выделены несколько суперсемейств, в том числе пикорна-подобные, флави-подобные, корона-подобные и альфа-подобные вирусы. Суперсемейство альфа-подобных (или Синдбис-подобных) вирусов объединяет альфавирусы животных (типовой представитель - вирус Синдбис) и значительное число групп и семейств (+)РНК-содержащих вирусов растений (Goldbach, 1987; Koonin and Dolja, 1993: Buck, 1996). Высказывалось предположение, что геном предполагаемого предшественника Синдбис-подобных вирусов мог кодировать пять функциональных доменов (Koonin and Dolja, 1993):

1.метилтрансферазу класса 1 (характерную для всех современных представителей данного суперсемейства и не имеющую клеточных гомологов);

2.хеликазу класса 1 (которая характерна для руби- и артеривирусов, герпесвирусов, а также напоминает некоторые клеточные хеликазы);

3.папаин-подобную протеиназу;

4.полимеразу класса 3 (которая характерна для руби-, тобамо и тимовирусов);

5.белок капсида, обладающий автопротеиназной активностью (прототип СБ альфавирусов).

Возможно, эволюция такого предкового генома проходила в нескольких направлениях, что привело к появлению современных "руби-подобных" вирусов [рубивирусы, альфавирусы, вирус гепатита Е и беневирус некротического пожелтения свеклы (БНПЖС)], "тимо-подобных" вирусов (тимо-, карла-, вити-, трихо- и потексвирусы) и тобамо-подобных вирусов (тобамо-, тобра-, гордеи-, бромо- и клостеровирусы). Стоит отметить, что домены МТ, ХЕЛ и ПОЛ квазиконсервативны и их порядок инвариантен у всех Синдбис-подобных вирусов. Остальные домены (протеиназ, структурных белков и т.д.) могли приобретаться или утрачиваться в ходе эволюции. Примерами могут служить приобретение так называемого Х-домена руби-подобными вирусами, возникновение одного из генов тройного блока генов (ТБГ) за счет дупликации гена хеликазы у некоторых вирусов растений, делеция гена папаин-подобной протеиназы у тобамо-, тобра- и бромовирусов (Koonin and Dolja, 1993).

3.1. Систематика Синдбис-подобных вирусов

Супергруппа Синдбис-подобных вирусов является условным таксоном - хотя он и отражает несомненные и статистически доказуемые эволюционые связи между тогавирусами животных и целым рядом групп вирусов растений (Goldbach et al., 1991), это не отражено в официально признанной классификации, которая в значительной степени базируется на фенотипических, а не на генотипических признаках (Табл. 1). В альтернативной системе классификации, основанной в первую очередь на оценке степени родства РНК полимераз (Koonin and Dolja, 1993), суперсемейству Синдбис-подобных вирусов соответствует класс Rubivirata, включающий порядки Rubivirales, Tobamovirales и Tymovirales. Представляется логичным объединение в классификации элементов "эволюционной" и "традиционной" систем, что позволило бы использовать таксоны высших порядков, отражающие действительные связи между вирусными группами. Однако, это остается делом будущего. В Табл. 1 приведены роды и семейства вирусов животных и растений, которые входят в суперсемейство Синдбис-подобных вирусов.

Табл. 1. Вирусы, входящие в суперсемейство Синдбис-подобных вирусов (семейства и роды даются по официальной классификации; http//www.ncbi.nlm.gov/ICTV)
СЕМЕЙСТВО РОД ТИПИЧНЫЙ ПРЕДСТАВИТЕЛЬ
Togaviridae Alphavirus Вирус Синдбис, ВС (Sindbis virus, SV)
Rubivirus Bирус краснухи, ВК (rubella virus, RV).
  Tobamovirus Вирус табачной мозаики, ВТМ (tobacco mosaic virus, TMV)
  Tobravirus Вирус погремковости табака, ВПТ (tobacco rattle virus, TRV)
  Furovirus Передаваемый через почву вирус мозаики пшеницы, ПВМП (soil-borne wheat mosaic virus, SBWMV)
  Pomovirus Передаваемый через почву вирус свеклы ПВС (beet soil-borne virus, BSBV)
  Hordeivirus Вирус штриховатой мозаики ячменя, ВШМЯ (barley stripe mosaic virus, BSMV)
  Pecluvirus Вирус кустистости земляного ореха, ВКЗО (peanut clump virus, PCV
  Benyvirus Вирус некротического пожелтения жилок свеклы, ВНПЖС (beet necrotic yellow vein virus, BNYVV)
Closteroviridae Closterovirus Bирус желтухи свеклы, ВЖС (beet yellows virus, BYV)
Crinivirus Вирус инфекционной желтухи салата-латука, ВИЖЛ (lettuce infectious yellows virus, LIYV)
  Vitivirus Вирус винограда А, ВВА (grapevine virus A, GVA)
  Capillovirus Вирус бороздчатости ствола яблони, ВБСЯ (apple stem grooving virus, ASGV)
  Trichovirus Вирус хлоротической пятнистости листьев яблони, ВХПЛЯ (apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)
  Tymovirus Вирус желтой мозаики турнепса, ВЖМТ (turnip yellow mosaic virus, TYMV)
  Carlavirus М вирус картофеля, МВК (potato virus M, PVM)
  Potexvirus X вирус картофеля, ХВК (potato virus X, PVX)
  Allexvirus Х вирус лука-порея, ХВЛП (shallot virus X, SVX)
  Foveavirus Вирус растрескивания ствола яблони, ВРСЯ (apple stem pitting virus, ASPV)
Bromoviridae Bromovirus Вирус мозаики костра, ВМК; (brome mosaic virus, BMV)
Cucumovirus Вирус огуречной мозаики, ВОМ (cucumber mosaic virus, CMV)
Alfamovirus Вирус мозаики люцерны, ВМЛ (alfalfa mosaic virus, AMV)
Ilarvirus Вирус стрика табака, ВСТ (tobacco streak virus, TSV)
Oleavirus Латентный вирус оливы, ЛВО (olive latent virus, OLV)
  Idaeovirus Вирус кустистой карликовости земляники, ВККЗ (raspberry bushy dwarf virus, RBDV)
Barnaviridae Marafivirus Вирус голубой карликовости ячменя, ВГКЯ (oat blue dwarf virus, OBDV)

Далее...


Написать комментарий
 Copyright © 2000-2015, РОО "Мир Науки и Культуры". ISSN 1684-9876 Rambler's Top100 Яндекс цитирования