Научный совет по проблемам экологии биологических систем был основан академиком В.Н. Сукачевым в 1964 г. Совет координирует фундаментальные исследования по следующим направлениям:

• изучение структурно-функциональной организации и устойчивости биологических систем, а также закономерностей их антропогенных изменений;
• разработка научных основ экологического прогноза, экологической экспертизы и нормативов допустимых воздействий на экосистемы;
• охрана экосистем в целях сохранения биологического разнообразия, использование охраняемых территорий в качестве природных лабораторий для научных исследований;
• разработка принципов управления биологическими системами в режиме эксплуатации, включая: технологии создания искусственных биологических систем различного целевого назначения; методы управления неравновесными экологическими процессами в целях интенсификации сельского и лесного хозяйства; методы рекультивации деградированных территорий.

С 1981 г. Научным советом проводятся Ежегодные чтения памяти академика В.Н. Сукачева, по материалам которых публикуются сборники. Научный совет ведет активную издательскую работу, публикуя тезисы совещаний и конференций, издавая монографии по теоретическим и методическим вопросам.