Возникла следующая задача.

Требуется провести моделирование тепловых колебаний атомов в различных кристаллических системах (пока, для разминки, это Ge и w-ZnO). В качестве конечного результата нужно хотелось бы получить "мгновенные фотографии" положений атомов в решетке.
Так как структур в будущем предстоит рассматривать большое количество, то понятно, что нужно использовать какие-то программы молекулярной динамики. Вопрос покупки таких программ (типа VASP) пока не стоит. Так что сейчас я рассматриваю только свободно распространяемые программы моделирования и пока остановился на CPMD, однако получить удовлетворительного результата пока не удается.

Может быть кто-то сталкивался с вычислительными программами по молекулярной динамике и может что-то посоветовать?

С уважением.

Ну, я думаю, то что ты хочешь, можно реализовать своими силами (не покупая буржуйский софт).

Конкретно с этой задачей не сталкивался. Но со многими другими....

Т.ч., если ты предоставишь математическую модель, я могу взять на себя программную. Только вот ради профита не вижу смысла работать, ибо времени и так очень мало.

А чем Вас не устраивает HyperChem, он общедоступен, и другие аналогичные пакеты. В них все это уже заложено. Загружай и считай.

Спасибо! На HyperChem как-то не обратил внимание, надо будет посмотреть.
Другие аналогичные пакеты - это какие? Для моделирования молекул видел достаточно много, а вот для кристаллической структуры......

Писать свой софт под каждую конкретную структуру... Нет уж, увольте. Проще купить готовую программу или заказать вычисления.

Сообщение отредактировал oreshko - 3.2.2009, 10:58

Колхоз - дело добровольное

Сообщение отредактировал NightmareZ - 3.2.2009, 11:35

Здравствуйте, я бы посоветовал вам иногда в поисках программ заглядывать в FreeBSD-порты(наверное самые богатые), Debian-репозитории, там много sci-программ.
Я нашел там программу для md (molecular dynamics) gromacs (www.gromacs.org), GPL-licence. Работает примерно так : вы задаете конфигурационный файл молекулы (формат pdb или иной ), возможно несколько, потом среду - вода или вакуум; программа сначала все помещает в обьем по-глупому, потом минимизирует (или хотя-бы избегает максимумов) потенциальную енергию, потом просчитывает траэкторию.
В случае атомов в решетке(например Ge) - то здесь есть 2 варианта : зделать 1н конфигурационный файл решетки, которая будет рассматриватся как 1-на молекула, или поместить много атомов в пространстве (считая 1н атом=молекула) и начинать трассировку ( Я предположил таких 2 варианта потому что есть много програм для кристаллографии, есть для md, а именно для моделирования тепловых колебаний атомов - ?.). После окончания вычислений результаты[а именно анимацию движения молекул(ы) в среде, распреление энергии] можно просмотреть или внутренними инструментами или использовать оные (их есть несколько).
На скриншоте молекула пептида в водной среде(1н снимок, анимации делать не буду).

Gromacs есть:)
спасибо на наводку по адресам. буду смотреть.