Допускается ли ссылка на препринт в научной статье, отправляемой в рецензируемый журнал, например с arxiv.org или это не приветствуется?

2 camper
по-моему, уже пару лет как электронные публикации приравнены к печатным

Зависит от журнала. Нужно читать на сайте журнала правила оформления статей, в частности, библиографии.
Знаю точно, что крупный и уважаемый Phys. Rev. допускает такие ссылки, в принципе, без проблем, можно даже сослаться на private communication или unpublished, например: bla-bla-bla [1].
Рефери, ожнако, может не понравиться ссылка на архивную старую статью, если она так и не опубликована в журнале.
Потом, еще зависит от области. В высоких энергиях ссылки на архив -- обычное дело, в том числе в презентациях, в конд мате -- желательно на журнал.

[1] A. Einstein, private communication.

Вполне; в стилях бибтеха для публикаций в журналах IOP и APS даже специальные поля для епринтов есть.

Обычно не проблема, но журналов много и политика у них может быть разная. Например в Science ссылки на unpublished не разрешены. Это должно быть написано в информации для авторов. Если не написано, значит можно В общем, RTFM