6 апреля 2011 г. в конференц зале КНО (корпус нелинейной оптики) состоится семинар на тему "Использование графических процессоров в высокопроизводительных вычислениях", А.В. Боресков, ВМК МГУ. 'Использование гибридных и специализированных архитектур для решения задач молекулярного моделирования”, А.К. Шайтан, группа компьютерного моделирования Биологический факультет МГУ.
Приглашаются все желающие.
Сайт семинаров:
http://fpga.ilc.edu.ru/Регистрация тут:
http://fpga.ilc.edu.ru/regform/
Аннотация доклада "Использование гибридных и специализированных архитектур для решения задач молекулярного моделирования".
Компьютерное моделирование молекулярных систем методами молекулярной динамики является важным инструментом для проведения исследований во многих областях химии, биологии, материаловедения. Закончившийся в начале 21 века экспоненциальных рост производительности традиционных одноядерных процессорных архитектур, подогреваемый растущими потребностями научного сообщества в компьютерном моделировании все больших молекулярных систем на больших временах, заставил исследователей перейти к разработке и использованию параллельных программных кодов, а также пробудил интерес к использованию ускорительных сопроцессоров и созданию специализированных компьютерных архитектур. Проведенные работы по использованию для ускорения расчетов таких технологий, как ПЛИС, ускорителей MDGRAPE, Cell процессоров, графических процессоров, специализированных интегральных схем (типа суперкомпьютера Anton), продемонстрировали возможности ускорения расчетов на несколько порядков по сравнению с традиционными подходами, однако выявили и большое количество проблем, связанных с адаптацией существующего программного обеспечения под гетерогенные архитектуры.
В последнее время большинство разработчиков программных кодов проводит адаптацию своих программ для использования графических сопроцессоров (GPU), что позволяет получить на некоторых задачах серьезные ускорения в расчетах на 1-2 порядка по сравнению с CPU. В то же время пока эти коды обладают рядом ограничений как по функциональности, так и по масштабируемости на многие GPU (что не позволяет пока говорить о проведении рекордных вычислений).
Создание вычислителей на основе специализированных архитектур (ASIC) позволяет получать рекордные ускорения (до 2 порядков по сравнению с традиционными суперкомпьютерными архитектурами) и проводить рекордные по скорости вычисления для молекулярных систем.
В докладе обсуждаются вопросы реализации метода молекулярной динамики на стандартных, массивно параллельных и специализированных компьютерных архитектурах, а также достигнутый в этой области прогресс за последнее время.