... Программе Autodock Vina для докинга необходимы специально форматированные файлы pdb c зарядами и указанием торсионных углов. ... В результате был получен файл nag.pdb . ... mode | ... rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -5.5 0.000 0.000 2 -5.5 1.990 4.897 3 -5.4 2.909 4.487 . ... Лиганд ведет себя более подвижно при подвижном докинге, что вполне объяснимо, т к вместе с лигандом еще подвижностью обладают и аминокислотные остатки белка.Это видно на картинке. ...