... Education . ... DnaA2b . Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md . ... Построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs. pdb2gmx -f dna.pdb -o dna -p dna -ff amber99sb -water tip3p . ... Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле. grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1 mdrun -deffnm dna_em -v Отметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. ...