Было дано 3 файла - для минимизации энергии , для утряски воды , для молекулярной динамики . PDB файл с анимацией перехода ДНК из A- в B-форму. ... Определим средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. ... Традиционным анализом для ДНК является расчет количества образуемых водородных связей. ... Видно, что число водородных связей ДНК-вода находится примерно на одном уровне в течение всего перехода; число водородных связей ДНК-ДНК меняется во времени. ...