Цель данного занятия - ознакомиться с возможностями докинга низкомолекулярного лиганда в структуру белка. ... Программе Autodock Vina для докинга необходимы специально форматированные файлы pdb c зарядами и указанием торсионных углов. ... Скриптом prepare_ligand4.py из пакета Autodock tools создадим pdbqt файл нашего лиганда. prepare_ligand4.py -l nag_smi.pdb Полученный pdbqt-файл лиганда NAG nag_smi.pdbqt . ... Видимо, молекула лиганда достаточно свободно перемещается внутри центра связывания белка . ...