... Затем они выравнивались программой muscle, fdnadist строила матрицу расстояний , по которой дерево строилось fneighbor. ... По предоставленному файлу proteо.fasta (на диске P), содержащему записи банка UniProt, относящиеся к протеобактериям, были созданы индексные файлы программой formatdb, по которым blastp искал гомологи белка ftsh_ecoli (blastall -p blastp -d prot -i ftsh_ecoli.fasta -o gomologi.fasta -e 0,0001). ... Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами. ...