Цель практикума - ознакомиться с возможностями докинга низкомолекулярного лиганда в структуру белка с помощью пакетов Autodock Vina и Autodock tools. Программе Autodock Vina для докинга необходимы специально форматированные файлы pdb c зарядами и указанием торсионных углов. ... Получили pdb файл: nag.pdb . ... С помощью того же скрипта создадим pdbqt файл белка LYSC_GORGO ( model5.pdbqt ): . ... Энергия связывания лиганда с белком в результате последнего докинга примерно на 1 ккал/моль ниже. ...