... Добавим путь к скриптам RED на perl в системный путь: export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin . C помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл: Ante_RED.pl et.pdb . ... С помощью скрипта создадим 7 топологий с разными значениями epsilon, проведем рассчет для каждой системы молекулярную динамику с каждым файлом топологии ( файл с настройкам для динамики ) и посчитаем сами значения энергий с помощью утилиты g_energy. ... Так были конвертированы 2 траектории: v_1.pdb и v_3.pdb . ...