... Суть задания состоит в расчете точечных зарядов на атомах этана. Построение файла топологии, этот файл содержит описание ковалентных и нековалентных взаимодействий. ... Поправьте типы атомов и заряды. [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 N 1 ETH C1 1 -0.10 12.01 2 N 1 ETH C2 2 -0.10 12.01 3 N 1 ETH H1 3 0.0 1.008 4 N 1 ETH H2 4 0.0 1.008 5 N 1 ETH H3 5 0.0 1.008 6 N 1 ETH H4 6 0.0 1.008 7 N 1 ETH H5 7 0.0 1.008 8 N 1 ETH H6 8 0.0 1.008 Переходим к описанию связей. ...
... С помощью babel сделаем pdb файл этана из результатов оптимизации из предыдущего практикума: babel -ilog et.log -opdb et.pdb . ... На него мы будем ссылаться при описании связей. [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 N 1 ETH C1 1 -0.10 12.01 2 N 1 ETH C2 2 -0.10 12.01 3 N 1 ETH H1 3 0.0 1.008 4 N 1 ETH H2 4 0.0 1.008 5 N 1 ETH H3 5 0.0 1.008 6 N 1 ETH H4 6 0.0 1.008 7 N 1 ETH H5 7 0.0 1.008 8 N 1 ETH H6 8 0.0 1.008 . ... Вторая система имеет такую же плотность как и жидкий этан. ...