... Цель данного занятия ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом. ... Используя известную структуру лизоцима форели как образец, необходимо построить модель комплекса белка с лигандом. ... Для этого сперва определили номера остатков и имена нужных атомов по тому, какие водородные связи имеются в образце (критерий водородной связи: расстояние менее 3.5 ангстрем между азотом или кислородом белка с подходящими атомами лиганда) . ... По Bond angles: 3 . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>10270) - kodomo.cmm.msu.ru/ )

• model_lig
• Айдарханов Руслан ФББ - Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
• Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом.

Задание 1: моделирование структуры белка по гомологии. ... Модификация файла со структурой: удалите всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C. Смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д. Пример: |Было: |Стало | ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>38245) - dualopt1.cmm.msu.ru/ )

... Вы будете работать с белком лизоцимом из указанного организма. ... Модификация файла со структурой: удалите всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C. Смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д. После модификации имен атомов измените номера остатков на 130....

Еще в разделе: (Показать все результаты (>29104) - kodomo.fbb.msu.ru/ )

SAVE_PHOTO_WHEN_TERMINATE=T, CREATE_PRE_MAIN_SEQUENCE_MODEL=T, PRE_MS_RELAX_NUM_STEPS= 200, LOAD_SAVED_MODEL=F, SAVED_MODEL_NAME=' undefined ', CREATE_INITIAL_MODEL=F, INITIAL_MODEL_RELAX_NUM_STEPS= 10, INITIAL_MODEL_EPS= 5.0000000745058060E-002, RADIUS_IN_CM_FOR_CREATE_INITIAL_MODEL= 0.0000000000000000 , MASS_IN_GM_FOR_CREATE_INITIAL_MODEL= 0.0000000000000000 , STEPS_TO_TAKE_BEFORE_TERMINATE= -1, STOP_IF_THIS_FILE_EXISTS=' ', SET_INITIAL_AGE=F, INITIAL_AGE= ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>1196) - crydee.sai.msu.ru/ )

• http://crydee.sai.msu.ru/ftproot/pub/MESA-models/M9_Z002/star_job_namelist.out
• Long description for example showing how structurally overlapping cells are

extra:model:main ]] . CompHEP . ... Please address any questions concerning models to their authors. Authors of a model keep all rights. Any CompHEP user may apply a model respecting conditions defined by the authors. ... Model ==== ** Model description ** * Name: modelname * Author: modelauthor * Short description: * Long description: see [[http://www.univ.com/author/auth|modelauthor]] * {{http://comphep.sinp.msu.ru/extra/model/auth.zip|auth.zip}}, 123KB * References: - ref 1 - ref 2 .. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>90) - comphep.sinp.msu.ru/ )

... Tear faults . ... Tectonic . ... Tectonic, collision, (see collisional tectonics) . ... Tectonic, extensional. (see extensional tectonics) . ... Tectonic, plate (see Plate tectonics) . ... Tectonic, regional, (see regional geology) . ... Tectonic, stress . ... Tensor, stress See Stress tensor . ... Thrust faults, in fold-thrust belts, (see fold-thrust belts) . ... Thrust sheet . ... Thrust-fault systems, fold-thrust belts, (see fold-thrust belts) . ... Transform faults, See also Strike slip faults ....

Еще в разделе: (Показать все результаты (>9144) - geo.web.ru/ )

• Dictionary_M
• Dictionary_R
• Dictionary_P

... The <P> element is used to define a paragraph. ... The ALIGN attribute can be used to explicitly specify the horizontal alignment. ... Note: Do not use empty paragraphs to add white space around headings, lists or other elements. ... By convention, the class names are interpreted hierarchically, with the most general class on the left and the most specific on the right, where classes are separated by a period. ... You can then explicitly specify line breaks in paragraphs using the BR element. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>170) - comet.sai.msu.ru/ )

• Horizontal Tabs
• Banners
• Hypertext Links

... Model , Rus. ... Analysis and Math.Modelling , Russian J. Numerical Anal. ... Modelling , Russian Journal Numerical Analysis and Mathematical Modelling . ... Kobelkov G.M. , Zvyagin A.V. в журнале Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling , издательство V S P (Netherlands) , том 30, ? ... Tretyakova Rufina M. , Andreas Meyerhans, Bocharov Gennady A. в журнале Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling , издательство V S P (Netherlands) , том 30, ? ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>26029) - istina.msu.ru/ )

• Computational Mathematics and Modeling - журнал | ИСТИНА - Интеллектуальная
• Journal of Chemical Information and Modeling - журнал | ИСТИНА -
• Mathematical modelling of natural phenomena - журнал | ИСТИНА -

In the first part of the book, a systemic concept of algal diversity is lais out. ... On this basis, a functional model of aquatic ecosystem is worked out and the critical levels of its development are defined. ... Second part of the book is a data base for algal species used as ecological markers (3193 species of algae). ... ALGAL INDICATORS AS ENVIRONMENTAL QUALITY. ... PART I. METHODOLODICAL ASPECTS OF BIOLOGICAL DIVERSITY ANALYSIS OF ALGAE . ... Critical state of aquatic ecosystem (P.39) . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>477) - herba.msu.ru/ )

... A Model for the Interaction of Plane Waves with Nonlinear Interfaces . ... Cracks generated by fatigue or stress corrosion processes tend to have faces which conform to each other at the scale defined by the grain size. Thus, even a small compressive stress suffices to bring the surfaces in close contact, and dramatically changes the linear response of the defect to an incident ultrasonic wave. ... Three mechanisms responsible for the nonlinear behaviour of the interface are discussed. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>208) - acs366.phys.msu.su/ )

Кафедра общей топологии и геометрии . ... It is proved that a Tychonoff pseudocompact group with continuous multiplication is a topological group. It is also proved that a Tychonoff countably compact group with separately continuous multiplication is a topological group. A continuous function defined on a product X ? Y of pseudocompact spaces is extended to a separately continuous function defined on the product ?( ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>3) - gtopology.math.msu.su/ )

... About lab . ... Online Journal "Computer graphics and multimedia" (in russian) . ... We found that automatic models are significantly worse at predicting attention than even single-observer eye tracking. We propose a semiautomatic approach that requires eye tracking of only one observer and is based on time consistency of the observer?s attention. ... Gitman Y, Erofeev M, Vatolin D, Bolshakov A, Fedorov A. Semiautomatic Visual-Attention Modeling and Its Application to Video Compression . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>284) - graphics.cs.msu.ru/ )

• Semiautomatic Visual-Attention Modeling | Лаборатория компьютерной графики и
• Displacement and Normal Map Creation For Pairs of Arbitrary Polygonal Models
• Image-based 3D reconstruction of urban scenes | Graphics and Media Lab

... Character data . ... This section of the specification describes the basic data types that may appear as an element's content or an attribute's value. ... The syntax of valid character data in HTML is defined in terms of the SGML concepts of NAME and CDATA. ... Although the STYLE and SCRIPT elements use CDATA for their data model, for these elements, CDATA must be handled differently by user agents. ... The attribute value type "color" ( %Color ) refers to color definitions as specified in [SRGB] . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>240) - itpm.msu.su/ )

• mod_ext_filter - Apache HTTP Server
• Run levels
• MySQL Reference Manual for version 3.23.10-alpha. - H Description of MySQL

... Химического факультета МГУ . Спецкурсы кафедры химической энзимологии . Программа спецкурса . Биоинформатика - предмет и методы исследований, основные приложения. ... Математические основы выравнивания последовательностей символов. ... Поиск гомологичных последовательносткй ДНК/белков в базах данных. ... Современные методы предсказания вторичной и третичной структуры белков на основе первичной структуры. Метод моделирования по гомологиям. ... Стратегия моделирования структуры белков: . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>3217) - chem.msu.ru/ )

• What Defines The Activation Energy of Electron Transfer: Reorganization Energy
• Modeling of Supramolecular Ordering in Molecular Liquids: Structure,
• Chromatogram generator: chromatogram modelling software

... The script is intended to be used from PyMol molecular visualization system and allows one to generate &QM_KIND, &LINK and &CELL parts of CP2K input easily. Given a molecular object name and QM part selection name (which can be defined using either approach available in PyMol) it generates output file with corresponding input groups. ... Save it to some file . ... Нет комментариев " Visual approach to construction of &QMMM section of CP2K input file " . ... 2011 ERG Research Group . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>36) - erg.biophys.msu.ru/ )

• Lipid membrane MD modeling with GROMACS ERG Research Group: Лаборатория
• Using RESP with GAMESS-US and Firefly (PC-GAMESS) ERG Research Group:
• membrane ERG Research Group: Лаборатория теоретической биофизики

... Site is discontinually updating by professional biologists and students of biology faculty of MSU. ... Journals began from 'T' . ... Wiley Interscience ] . ... not defined] . ... The International Journal of Biochemistry Cell Biology . Elsevier Science ] . ... The Journal of Cell Biology . ... The Journal of Membrane Biology . ... The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology . ... Trends in Biochemical Sciences . Elsevier Current Trends ] . ... JCatalog | Journal list . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>574) - journals.genebee.msu.ru/ )

• JCatalog - указатель издательств

... In this case both the medium and the electric field depend on two space coordinates only. ... The classical modeling presentation is in apparent resistivity which reflects an electric field distribution on the earth's surface. ... An expression can be derived for the potential value in point M ([pic]): [pic], (4) where [pic] is the potential of the primary electric field, [pic] is the potential of the secondary electric field, defined by the surface charge distribution. ... pic] |[pic] | ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>134) - geophys.geol.msu.ru/ )

• TES. Modeling example.
• TES. Base model
• Page 3. Publications

arXiv:1102.5698v1 [math.AT] 28 Feb 2011 Generalization of the Sullivan construction for Transitive Lie Algebroids Mishchenko, Alexander S. (Moscow, Russia) and Ribeiro, Jose (Braga, Portugal) March 1, 2011 1 Preliminaries and Formulation of the ... Namely, for transitive Lie algebroid A T M M one can define an underlying Sullivan model as graded algebra s (A; M ) of piecewise smooth p differential forms on smooth manifold M with smooth combinatorial structure. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>293) - higeom.math.msu.su/ )

• http://higeom.math.msu.su/people/taras/TTC/slides/grbic.pdf
• http://higeom.math.msu.su/people/taras/mypapers/umn-s99e.pdf

... dmitriev@cs.msu.su . ... The Laboratory was founded in 1982 on the basis of the team of researchers which come from the Research Computing Center (MSU) to the Faculty of Computational Mathematics and Cybernetics of the Moscow State University. ... The laboratory of Mathematical physics is principally oriented on the following areas of research: . ... Barashkov I.S., Dmitriev V.I. Modeling marine electromagnetic soundings by the reciprocity principle // Computational Mathematics and Modeling. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>135) - en.cs.msu.ru/ )

• Laboratory of Mathematical Physics
• Research Laboratory of Computational Modeling Tools | CMC MSU
• Department of Computing Systems and Automation

... There are three political actors developing and implementing the educational policy: the state, the market and academia. Depending on the role of each of these actors the educational policy models are defined. ... Given the modern tendencies of globalization, the study of educational policy models changes in the light of new institutional environment of Bologna process. ... Educational policy, educational policy models, educational policy actors, public and private partnership, Bologna process. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>145) - ee-journal.spa.msu.ru/ )