Поиск по:erg.biophys.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера erg.biophys.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 41 - 60 из 69.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
41. Python membrane generator for MD simulations ERG Research Group: Лаборатория
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... System requirements : python 2 (2.6 and higher), python openbabel library, python numpy library. ... The memgen script makes a bilayer membrane from different phospholipids and other lipid compounds (e.g. cholesterol). ... Biochemistry (Moscow) Supplement Series A: Membrane and Cell Biology, 2011, Vol. ... Нет комментариев " Python membrane generator for MD simulations " . ... 2011 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/272 -- 24.2 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
42. Potential energy surface scanner ERG Research Group: Лаборатория теоретической
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... This python script is capable of generating a set of GAMESS input files for potential energy surface scanning. ... Main script ?pes-scan.py? #!/usr/bin/python #################################### # Potential energy surface scanner # # by piton at erg .biophys.msu.ru # #################################### import os, sys, string, re, copy, threading, xml.dom.minidom from stat import ... 2011 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/231 -- 38.2 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
43. Normal modes visualization for PyMol ERG Research Group: Лаборатория
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... This script allows one to visualize normal modes, calculated with GROMACS package, using PyMol . ... This will produce an object named ?obj-ID?, contaning 20 frames of the system oscillating along selected normal mode. Also the normal modes list is printed once again. ... 1 комментарий " Normal modes visualization for PyMol " . ... I made a modified version for visualizing quasi-harmonic modes. ... 2011 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/197 -- 26.9 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
44. Nanotubes generating script for PyMol ERG Research Group: Лаборатория
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... The script generates nanotubes of arbitrary structure. ... To use it, save script to some file, then load into PyMol with the command: run /path/to/script.py . ... Here comes the script : # Nanotubes generating script for PyMol by piton at erg .biophys.msu.ru import cmd from math import cos,sin,pi,ceil,floor, acos from chempy import models, cpv class cell: def __init__(self ... 2011 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/186 -- 28.6 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
45. Visual approach to construction of &QMMM section of CP2K input file ERG
... The script is intended to be used from PyMol molecular visualization system and allows one to generate &QM_KIND, &LINK and &CELL parts of CP2K input easily. Given a molecular object name and QM part selection name (which can be defined using either approach available in PyMol) it generates output file with corresponding input groups. ... Save it to some file . ... Нет комментариев " Visual approach to construction of &QMMM section of CP2K input file " . ... 2011 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/177 -- 24.1 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
46. http://erg.biophys.msu.ru/tpp/
tppRENUM: 0.6.2 . tppMkTOP: 0.6.2 . Program allows you to renumber and rename atoms in your molecule in a nice way. Load PDB file for renumbering: . ... We strongly recommend you to read detailed description of TPPmktop functioning in TPPmktop description on ERG site . Please ensure, that your PDB file was made correctly. ... Load PDB file for making all-atom OPLS topology: . TPPRENUM runs: . TPPMKTOP runs: . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/tpp/ -- 3.4 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
47. Gaussian Cube files loader ERG Research Group: Лаборатория теоретической
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... This Python module parses Gaussian cube files, produced by quite a few QM software packages, and makes volume data available as numpy array as well as some associated properties. ... Нет комментариев " Gaussian Cube files loader " . ... 2011 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/150 -- 25.2 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
48. All-atom automatic OPLS-AA topology generator ERG Research Group: Лаборатория
... OPLS-AA topology generation is a very complex task because of huge amount of the atomtypes described this force field. ... TPPMKOP is an utility developed for the automatic topology generation working well with OPLS-AA force field. ... This database is continually upgrading by our research group. ... OPLS-AA patch for different types of molecules ERG Research Group: Лаборатория теоретической биофизики написал (Февраль 8th, 2016 4:27 дп) . ... All-atom automatic OPLS-AA topology generator . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/32 -- 35.3 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
49. Характеристики фосфолипидов ERG Research Group: Лаборатория теоретической
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... statics, ion binding, and head-group hydration. ... Нет комментариев " Характеристики фосфолипидов " . ... OPLS-AA patch for different types of molecules . ... All-atom automatic OPLS-AA topology generator . ... comcon1 in All-atom automatic OPLS-AA topology? . ... Natallia in All-atom automatic OPLS-AA topology? OPLS-AA? in All-atom automatic OPLS-AA topology? ... 2009 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/33 -- 21.2 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
50. Lipid membrane MD modeling with GROMACS ERG Research Group: Лаборатория
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... For lipid bilayer modelling the whole toolchain was built: from creating membranes to MD trajectory analysis. ... We use OPLS-AA with some includings; ?includings? are overlays on the standart GROMACS forcefield files. ... 4 комментариев " Lipid membrane MD modeling with GROMACS " . Python membrane generator for MD simulations ERG Research Group: Лаборатория теоретической биофизики написал (Февраль 14th, 2012 4:11 пп) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/94 -- 25.0 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
51. Инструментальный психокинез и предвидение ERG Research Group: Лаборатория
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... В 1967 году Хельмут Шмит в исследовательской лаборатории Boeing поставил ряд экспериментов, посвященных предвидению и психокинезу ( анонс ). ... Обсуждается природа эффекта, делается попытка выбора между психокинезом и предвидением. ... Нет комментариев " Инструментальный психокинез и предвидение " . ... OPLS-AA patch for different types of molecules . ... OPLS-AA? in All-atom automatic OPLS-AA topology? ... 2010 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/archives/60 -- 21.6 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
52. Публикации ERG Research Group: Лаборатория теоретической биофизики
О лаборатории . Публикации . ... Лаборатория теоретической биофизики . ... Биофизика, 57(2) 197?204 (2012) . ... П. М. Красильников , П. П. Нокс, А. Б. Рубин. О влиянии локального молекулярного окружения на величину редокс-потенциала кофакторов электронного переноса в бактериальных фотосинтетических реакционных центрах, Биофизика 56(2) 248-254 (2011) . ... Биофизика 56(2) 255-264 (2011) . ... А.М. Нестеренко , П.М. Красильников , Ю.А. Ермаков. ... 2008 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/articles -- 32.6 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
53. Учебные материалы ERG Research Group: Лаборатория теоретической биофизики
О лаборатории . ... Учебные материалы . Лаборатория теоретической биофизики . Программа курса ?Теоретическая физика для биофизиков? Скачать) . ... Курс лекций ?Теоретическая физика для биофизиков?. ... ab initio basis sets cp2k education Firefly FRAP GAMESS gromacs MDAnalysis membrane mmb nano OPLS pymol python scipy sparse matrix toolset topology познавательно учебные материалы . OPLS-AA patch for different types of molecules . ... 2009 ERG Research Group . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/study -- 19.1 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
54. ERG Research Group: Лаборатория теоретической биофизики
О лаборатории . ... Лаборатория теоретической биофизики . Исследовательская группа ERG (ERG Research Group) является творческим коллективом молодых ученых, аспирантов и студентов, руководимым кандидатом физико-математических наук, доцентом кафедры биофизики Биологического факультета МГУ Красильниковым Павлом Михайловичем . ... All-atom automatic OPLS-AA topology generator . ... comcon1 in All-atom automatic OPLS-AA topology? . ... OPLS-AA? in All-atom automatic OPLS-AA topology? ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/ -- 23.6 Кб -- 09.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
55. http://erg.biophys.msu.ru/~comcon1/qmdata/gamess-us-input-2014dec.pdf
Input Description 2-1 (5 December 2014) ********************************* * * * Section 2 - Input Description * * * ********************************* This section of the manual describes the input to GAMESS. The section is written in a reference, rather than tutorial fashion. However, there are frequent reminders that more information can be found on a particular input group, or type of calculation, in the 'Further Information' section of this manual. Numerous complete input files are shown in the 'Input
[
Текст
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/~comcon1/qmdata/gamess-us-input-2014dec.pdf -- 1427.1 Кб -- 05.04.2015
Похожие документы
Похожие документы
56. http://erg.biophys.msu.ru/~comcon1/cubediff.r97
... DESCRIPTION # # Computes combination between two (or more) .cube files (e.g. the output # of Siesta's grid2cube). ... added. # use strict; #-------------# # Variables # #-------------# my $svn_revision = r97 2007-06-29 18:02:55 ; my @ files ; # list of files to process my %do; # what to do with each file ( file = +1/-1) my $ atoms ; # string with atoms and geometry my %fb; # hash with file = [@bulk] info my @gnp; # (n1,n2,n3) - ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/~comcon1/cubediff.r97 -- 7.1 Кб -- 28.12.2014
Похожие документы
Похожие документы
57. http://erg.biophys.msu.ru/~comcon1/qmdata/basis-set-notation.pdf
Chemistry 460 Spring 2013 Dr. Jean M. Standard April 25, 2013 Basis Set Notation Using the LCAO-MO approximation, molecular orbitals can be represented as linear combinations of atomic orbitals, K i = ? =1 c ?i f ? . 1) In this equation, the functions i are molecular orbitals, f ? are atomic orbitals, c ?i are numerical coefficients, and K is the total number of atomic orbital functions (or basis functions). ... The orbital exponent controls the size of the basis function. ...
[
Текст
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/~comcon1/qmdata/basis-set-notation.pdf -- 545.3 Кб -- 02.09.2014
Похожие документы
Похожие документы
58. http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/erg-MD-final.pdf
... GRO) (TOP ) GROMACS. . ... MDP), -: - (e m.mdp), - (nm.mdp). ... TPR. mdrun , . grompp : $ grompp -f *.mdp -c *.gro -p *.top -o *.tpr mdrun 4 : (LOG ), (EDR ), , (TRR ), (GRO). , -de ffnm, , : $ mdrun_d -s *.tpr -deffnm FILENAME , mdrun, (double), . ... mdrun, $ grompp -f *.mdp -c *.gro -t *.trr -p *.top -o *.tpr *.mdp integrator = nm, . ... grompp -f *.mdp -c *.gro -p *.top -o *.tpr -n *.ndx $ mdrun -s *.tpr -deffnm FILENAME mdrun (TRR) - , (EDR), , energygrps MDP-. ... mdrun -- GROMACS, , . ...
[
Текст
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/erg-MD-final.pdf -- 1474.9 Кб -- 04.11.2013
Похожие документы
Похожие документы
59. http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/TheorPhys.pdf
П. М. Красильников для биофизиков (классическая механика, колебания, волны, диэлектрики и др.) Курс теоретической физики регулярно обновляемый курс лекций, читаемый на Биологическом факультете МГУ им. М. В. Ломоносова студентам-биофизикам начат в 2009 г. Оглавление Введение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 8 14 14 16 17 18 20 20 1 Формализм классической механики 1.1 1.2 1.3 1.4 Элементы вариационного вычисления . . . . . . . . . . . Уравнение Лагранжа . . . . . .
[
Текст
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/TheorPhys.pdf -- 560.2 Кб -- 28.01.2013
Похожие документы
Похожие документы
60. http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/ClassM.pdf
... Записать уравнение движения частицы в потенциале Морза U (x) = D e- Найти его решения при U U min 2 x - 2e - x . ... 2) Частица с массой m и зарядом e попадает в однородное тормозящее электрическое поле E со скоростью v0 , параллельной направлению поля. ... 4) Частица с массой m и зарядом e попадает в однородное электрическое поле, меняющееся по закону E = E0 cos t, со скоростью v0 , перпендикулярной к направлению этого поля. Определить траекторию движения частицы. ...
[
Текст
]
Ссылки http://erg.biophys.msu.ru/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/ClassM.pdf -- 122.9 Кб -- 01.09.2011
Похожие документы
Похожие документы