Поиск по:kodomo.cmm.msu.su -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера kodomo.cmm.msu.su ,которые мы индексируем. Показаны документы 8061 - 8080 из 8225.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
8061. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/zachet2.doc
Итоговый зачет по биоинформатике (первый курс, дата -26 мая 2004) Предполагается, что будет 20 билетов, в каждом - 3 задания. В течение зачета студент должен получить удовлетворительный балл по всем заданиям. ... Вопрос ?1. Аминокислота Х. Максимальный балл -10, удовлетворительный балл - 5 баллов Подробнее Вопрос ?2 (Mаксимальный балл - 5 баллов, удовлетворительный балл - 3 балла) Подробнее Задача Максимальный балл - 10 баллов, удовлетворительный балл - 6. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/zachet2.doc -- 40.0 Кб -- 21.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8062. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/matrix.doc
... 4.3 Scoring Matrices A two-dimensional matrix containing all possible pair-wise amino acid scores is called a scoring matrix. Scoring matrices are also called substitution matrices because the scores represent relative rates of evolutionary substitutions. Scoring matrices are evolution in a nutshell. ... 4.3.1 PAM and BLOSUM Matrices Two different kinds of amino acid scoring matrices, PAM (Percent Accepted Mutation) and BLOSUM (BLOcks SUbstitution Matrix), are in wide use. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/matrix.doc -- 739.0 Кб -- 13.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8063. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/F1.htm
Белки - и молекулярные машины, и строительные блоки, и оружие живой клетки. ... Знание молекулярной трехмерной структуры белка необходимо для понимания функционирования белковой молекулы. ... Чем меньше воды вокруг белка, - тем невосполнимее разрыв мощных водородных связей, стягивающих его цепь, тем ценнее для белка эти связи (а именно они крепят структуру остова белковой молекулы), тем регулярнее вынуждена быть стабильная структура белка. ... Но часто это совсем неверно на уровне архитектуры белка. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/F1.htm -- 23.7 Кб -- 13.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8064. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/gap.doc
Affine Gap Penalties . The affine gap cost model penalizes insertions and deletions using a linear function in which one term is length independent, and the other is length dependent. Gap = Gapopen + Len * Gapextend. An affine gap penalty encourages the extension of gaps rather than the introduction of new gaps. . A regular gap extension method would assign a fixed cost per gap.
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/gap.doc -- 20.0 Кб -- 13.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8065. blastp
BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии . ... Поиск по участку из 30 аминокислот выдалсписок белков в которых имеется схожая последовательность. ... Blastp не является инструментом для поиска ортологов,т.к. он ищет все последовательности в банке данных , у которых при выравнивании с введенной последовательностью ,e-value оказывается менее заданного.Получается, что среди них присутствуют как ортологои ,так и паралоги,впрочем,как и все остальные гомологои. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/~siniy/term2/blastp.html -- 2.9 Кб -- 12.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8066. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/otchet2_rules.doc
Требования к оформлению итогового отчета за второй семестр Дата сдачи - до 13 мая. ... Какие изменения мы хотим увидеть на главной странице Вашего учебного сайта: a) Вашу фотографию, если там еще ее нет; Если у Вас нет готовой фотографии в цифровом формате, то приносите любимую фотографию, и мы ее отсканируем! b) 2 гиперссылки - « Первый семестр » и « Второй семестр »; первая ссылка « Первый семестр » уже приводит на страницы отчета за первый ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/otchet2_rules.doc -- 35.0 Кб -- 06.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8067. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_26.doc
... Скопируйте в свою рабочую директорию файл res.doc из директории P:/y03/TERM2/Practice26. Это будет ваш файл отчета. I. Подготовка последовательности, для поиска гомологов Получите из банка данных Swiss-Prot аминокислотную последовательность фактора инициации трансляции 1A, транскрибируемого с Y хромосомы человека. ... Итеративный поиск "далеких" гомологов Проведите итеративный поиск гомологов фактора инициации трансляции в банке данных Swiss-Prot с помощью программы PSI-BLAST на сервере NCBI. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_26.doc -- 25.0 Кб -- 06.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8068. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_25.doc
... Семейства и суперсемейства белков. ... Производные базы данных. ... PROSITE - http://kr.expasy.org/prosite/ PFAM - http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/index.shtml InterPro - http://www.ebi.ac.uk/interpro/ Задания 1. Определите, какие известные мотивы есть в Вашей последовательности. ... Результаты опишите по образцу в файле Prosite.doc 2 Выберите среди найденных паттернов один длиной примерно 10-20 позиций, запишите его и соответствующий мотив в Вашей последовательности в файл Prosite.doc. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_25.doc -- 29.0 Кб -- 06.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8069. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_24.doc
... Поиск последовательностей в банке данных Swiss-Prot, удовлетворяющих данному паттерну. ... I. Построение множественного выравнивания с использованием пакета программ EMBOSS Подготовьте файл seq.fasta, который должен содержать три аминокислотных последовательности в FASTA формате: ваш белок и два гомолога вашего белка. ... Постройте множественное выравнивание для этих трех последовательностей с помощью пакета программ EMBOSS на сервере pvm.belozersky.msu.ru. ... Создайте файл res.doc. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_24.doc -- 26.0 Кб -- 06.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8070. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_23.doc
Материалы к занятию 23 Задания Цель занятия - построение и анализ множественного выравнивания ортологов двух белков PurR и FruR. ... I. Подготовка аминокислотных последовательностей в FASTA формате Из банка Uniprot получите аминокислотные последовательности ортологов белка PurR в FASTA формате и сохраните их в файле purr.fasta. ... Откройте в программе Rasmol файл P:/y03/TERM2/Practice23/1wet.ent, в котором описана структура белка PurR из E.coli (последовательность P15039). ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_23.doc -- 36.0 Кб -- 06.05.2004
Похожие документы
Похожие документы
8071. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/term_4/block_3/zadanie.doc
Задание ?1 Поиск сигналов регуляции транскрипции в бактериальных последовательностях В первом задании Вам необходимо будет найти сигнал (набор сайтов) в полученных последовательностях с помощью программ AlignACE 3.0 и MEME. ... Инструкция по использованию программы AlignACE 3.0 Программа AlignACE предназначена для поиска сходных сайтов в нескольких последовательностях. ... Zero or one per sequence - найти в каждой последовательности по одному сайту или вообще не найти в ней сайтов; . ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/term_4/block_3/zadanie.doc -- 142.0 Кб -- 30.04.2004
Похожие документы
Похожие документы
8072. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/term_4/block_2/Instruction.doc
... Начало|Конец|Рамка | ... Выделите красным цветом строки таблицы, соответствующие предсказанным ORF, точно совпадающим с аннотированными генами (должны совпадать и начало, и конец, и рамка). ... Ваша задача - найти две различные изоформы этого гена (неодинаковые выранивания двух белков с ДНК) и некодирующие экзоны, используя программы GENSCAN, BlastX и Human Genome Browser (HGB). ... Выделите экзоны в последовательности ДНК с помощью программы BlastX и сравните предсказания программ GENSCAN и BlastX....
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/term_4/block_2/Instruction.doc -- 82.0 Кб -- 13.04.2004
Похожие документы
Похожие документы
8073. Биониформатика 2003: Преподаватели
. Биоинформатика . Семестры . Студенты . Преподаватели . Преподаватели: . проф. Миронов Андрей Александрович . aa_mironov@pochtamt.ru . к.б.н. Рахманинова Александра Борисовна . abr@belozersky.msu.ru . к.б.н. Новичков Павел Сергеевич . pnovichkov@yandex.ru . к.х.н. Головин Андрей Викторович . golovin@genebee.msu.ru .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/teachers.htm -- 3.5 Кб -- 03.04.2004
Похожие документы
Похожие документы
8074. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/credit5_html.doc
... Эта часть должна включать: (для глобального и локального выравнивания) . ... последовательности, для которых вы строили локальное выравнивание . координаты двух участков, из которых была построена вторая последовательность - последовательность из файла file3.txt (напоминаю, что в задании вы строили выравнивание между последовательностью вашего белка (file1.txt) и искусственно созданной последовательностью (file3.txt), которая состояла из двух коротких участков последовательности вашего белка) . ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/credit5_html.doc -- 43.0 Кб -- 03.04.2004
Похожие документы
Похожие документы
8075. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_20.doc
... Для выполнения задания подготовьте три файла с аминокислотными последовательностями в FASTA формате: file1.txt - аминокислотная последовательность вашего белка file2.txt - вторая из дополнительных аминокислотных последовательностей (которые вы искали на занятии по SRS и использовали при ручном выравнивании и построении матрицы замен) file3.txt - искусственно созданная последовательность из двух небольших участков аминокислотной последовательности Вашего белка; скопируйте ... Practice20/). ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_20.doc -- 32.0 Кб -- 31.03.2004
Похожие документы
Похожие документы
8076. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_21.doc
... В своей рабочей директории три файла: file1.txt - произвольный участок аминокислотной последовательности вашего белка длиной 30 аминокислот file2.txt - тот же самый участок аминокислотной последовательности, в который внесите три произвольные аминокислотные замены. file3.txt - произвольный участок аминокислотной последовательности вашего белка длиной 10 аминокислот С помощью программы BLASTP проведите поиск по банку данных Swiss-Prot для последовательности из файла file1.txt. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_21.doc -- 24.5 Кб -- 31.03.2004
Похожие документы
Похожие документы
8077. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/help_18.doc
... Операционная система UNIX и FTP. Некоторые команды системы UNIX pwd сообщает полное имя текущей директории ls показывает содержимое текущей директории cp имя файла 1 имя файла 2 копирует файл 1 в файл 2 mv имя файла 1 имя файла 2 переименовывает файл mv имя файла имя поддиректории перемещает файл в поддиректорию rm имя Shift+<: переход к началу просматриваемого файла. Space: переход на страницу вниз. B: переход на страницу вверх. ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/help_18.doc -- 22.5 Кб -- 31.03.2004
Похожие документы
Похожие документы
8078. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/help_20.doc
... Для рисования стрелок используйте: . ... стрелка наверх - Ctrl-W Работа с сервером pvm.belozersky.msu.ru по протоколу ftp для передачи и получения файлов В менеджере FAR нажмите Alt-F1и выберите FTP. ... Работа с сервером pvm.belozersky.msu.ru по протоколу telnet для запуска программ. ... Программы пакета EMBOSS для построения выравниваний Глобальное выравнивание: программа needle Основные параметры: . gapopen - штраф за открытие делеции . gapextend - штраф за продолжение делеции . ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/help_20.doc -- 32.0 Кб -- 31.03.2004
Похожие документы
Похожие документы
8079. http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_18.doc
... Вход в UNIX и подготовка рабочей директории. ... Просмотрите содержимое текущей директории в кратком и расширенном виде. ... Составьте список директорий, через который бы вы прошли, если бы последовательно перемещались, начиная с директории ~, затем .. , и т.д. Для этого после каждого перемещения сначала определите, в какой директории вы находитесь, после чего наберите команду pwd >> ~/dirs.txt (добавление названия текущей директории в файл dirs.txt, расположенный в вашей домашней директории). ...
[
Текст
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_18.doc -- 31.0 Кб -- 31.03.2004
Похожие документы
Похожие документы
8080. -------
Создание выборки белков с одинаковыми функциями . Задача-создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и УДФ-N-ацетилглюкозамин О-ацилтрансфераза Esherichia coli . ... Описание процедуры составления выборки . ... Поиск велся по следующим параметрам: . ... В поле SPECIES - названия организмов, среди которых ведется поиск: Esherichia coli|Yersinia pestis|Vibrio cholerae . ... У вышеперечисленных организмов обнаружено 4 белка с идинтификационными номерами P10440,Q8X8X8,Q9KPW4,Q8ZH56,Q9KPW4 . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.su/~siniy/set1.html -- 3.3 Кб -- 21.03.2004
Похожие документы
Похожие документы