Поиск по:www.library.biophys.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера www.library.biophys.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 101 - 120 из 152.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
101. http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/2030718.pdf
... x). m0A (1) mA (1) (1) m0B = (2) mA (1) mB (2) ,.. f2 f2 ( (z = +1) (z = ;1) , - = RT ln cA + F 1 = RT ln cB ; F 1 12 B; . ... 1 1 2 2 , A ln(c2 =c1)= m0A c2 =c ; 2F : m 1 + + 2RT g B; m0B (XVIII.3.5) f = m0B 0A : m0 (XV111.3.5) , g , , = c(2) =c(1) : 00 . ... III II | ... c0+ = c0; = c z+ = ;z; , df = ; 2RT c ;exp(zF f=2RT ) ; exp(;zF f=2RT ) : dx ee0 y r (XVIII.5.1) : , (XVIII.5.2) : = zF f=RT : (XVIII.5.3) (XVIII.5.4) : r df = ; 2RT c ;exp(y=2) ; exp(;y=2) : dx ee0 c c r - =; Z1 0 dx: (XVIII.5.5)...
[
Текст
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/2030718.pdf -- 557.4 Кб -- 10.07.2000
Похожие документы
Похожие документы
102. http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/2030717.pdf
VI I XVI I XVIII . ... J = ;D dc=dx , 2 ;1 (XVII.1.1) J . ... h g dc=dx = const. ... c2 ) (c01 c02 ), c01 = gc 1 c02 = gc2 , (XVII.1.2) , - - ;1 J = ;D dc=dx = D(c2 ; c1 )g=h = P (c2 ; c1 ): p = Dg=h = uRT g=h | ... 73 (XVII.1.1) (XVII.1.3), : (XVII.1.4) (XVII.1.4) (XVII.1.5) @c=@ t = D@ 2 c=@ x2: (XVII.1.4) , x c= . c0 exp(;x2 =4Dt): 2(pDt)1=2 c0 | ... XVII.2), x - (XVII.1.5) x2 =4Dt: (XVII.1.6) 74 (XVII.1.6) , 5 2 XVII. ... D, - CSo o O k3 k4 / CSi O k1 So k 2 k6 Si k5 k k 8 / Co o 7 Ci . ...
[
Текст
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/2030717.pdf -- 400.4 Кб -- 10.07.2000
Похожие документы
Похожие документы
103. http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/2030616.pdf
XVI x 1. ... VIII). 120 - 48 12{17 / . VIII.6{VIII.8). ... 120 ;120 ( . ... n =(k T=h)exp ; E=RT ] , - , 120 DK : n K| DK =0 5nK ( L)2 , L| ( 10 , , 10 ;1 . ... SCD , 42 C(SD =0 5SCH ) A. laid lawii b n| 3 Sn = 2 cos2 bn ; 1 2 C;H. XVI.4 . ... 53 ( = C CAC : B+ A ) CA CB , AB (XVI.1.3) (XVI.1.4) : (XVI.1.5) . ... XVIII). , f , , - T H E, T = H + ES : S T (XVI.1.11) (XVI.1.12) A1 , A2 | ... ROOH 2 |: ... RO2: : ! R +ROOH RH + RO2 : : ROOH:! ... k1 ' 107 108 ;1 ;1 ), , R] RO2 ]. ...
[
Текст
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/2030616.pdf -- 769.6 Кб -- 10.07.2000
Похожие документы
Похожие документы
104. Docking
DOCKING . Метод комплементарности (докинг) заключается в подборе низкомолекулярного объекта, наилучшим образом соответствующего "посадочному месту" высокомолекулярного объекта. ... Метод докинга широко применяется для разработки новых лекарственных препаратов. ... При этом значительно уменьшается объем экспериментальной работы, и следовательно, стоимость разработки нового препарата. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/docking.html -- 3.1 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
105. Mdther0
Учет влияния среды в молекулярной динамике. Проблема учета влияния кружающей среды на конформационную подвижность изучаемых молекул в рамках метода молекулярной динамики решается двумя способами: явным введением в уравнения движения дополнительного потенциала и явным учетом окружения с добавлением в систему молекул окружающей среды. ... Однако существует модификация этого подхода, связанная с вводом периодических граничных условий, что позволяет уменьшить объем системы. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/mdther0.html -- 2.4 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
106. Mdther1
Периодические граничные условия. Периодические граничные условия позволяют рассматривать сравнительно небольшой "кубик" пространства, в котором расположена изучаемая молекула. Молекулы, расположенные внутри кубика со временем претерпевают конформационные движения и перемещаются в пространстве, причем могут пересечь границы кубика. ... При пересечении молекулой границы одного кубика, она попадает в другой, но это значит, что в первый кубик с противоположной стороны попадает такая же молекула. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/mdther1.html -- 2.5 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
107. Mdther2
... Часто взаимодействие с тепловым резервуаром моделируется дополнительной силой трения . ... Уравнения движения метода имеют вид . ... Если система состоит из одной частицы массы m , то предлагаемая замена скоростей эквивалентна соударению с виртуальным атомом резервуара, который имеет ту же массу m и скорость U , выбранную случайно из распределения Максвелла. ... В методе столкновительной динамики (СД) связь с тепловым резервуаром моделируется столкновением с виртуальными атомами резервуара. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/mdther2.html -- 20.7 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
108. Mdynacc
... Время, необходимое для расчета траектории молекулы, можно значительно сократить, уменьшая число степеней свободы. Существует два способа ограничения движений длин валентных связей и углов. В одном случае длины валентных связей и значения валентных углов жестко фиксированы, в другом случае на них накладываются упругие ограничения с очень большой константой упругости. ... В некоторых случаях степени свободы, соответствующие изменениям значений валентных углов, учитываются неявно. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/mdynacc.html -- 6.6 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
109. MinMeth
Метод минимизации потенциальной энергии. Метод минимизации потенциальной энергии заключается в поиске низкоэнергетических конформаций молекулярной системы с помощью численных методов поиска экстремумов функций многих переменных. При этом предполагается, что нативная конформация находится в области глобального минимума потенциальной энергии. ... Для поиска глобального минимума используют два основных подхода: использование методов глобальной минимизации и изменение вида целевой функции. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/minmeth.html -- 5.8 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
110. MonKar0
Метод Монте-Карло. Метод Монте-Карло отличается от метода молекулярной динамики тем, что каждая следующая конформация определяется не путем решения уравнений Ньютона, а с использованием случайных процессов. ... При этом рассматривается лишь соотношение энергий конформаций до и после скачка. ... Однако, метод намного лучше метода молекулярной динамики для расчета термодинамических характеристик молекул, например для расчета спектра возможных конформацие и их энергий. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar0.html -- 2.6 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
111. MonKar1
. Метод Монте-Карло с критерием Метрополиса. Наиболее популярен метод Монте-Карло с алгоритмом Метрополиса. При этом каждая следующая конформация получается путем случайного отклонения от предыдущей конформации. Каждая новая конформация принимается с вероятностью: . где D E - разность энергий новой и старой конформаций. Алгоритм метода представлен ниже на рисунке: . << Назад || Вперед >> . Обратно в оглавление
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar1.html -- 2.2 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
112. MonKar2
... Каждая новая конформация в этой модели генерируется совершенно независимо от предыдущей конформации. ... Новая конформация генерируется следующим образом: вначале случайным образом выбирается вершина решетки и в нее помещают первую аминокислоту белка, затем из соседних вершин случайным образом выбирается одна для второй аминокислоты и т.д. Рост цепи заканчивается, когда все аминокислоты уложены или когда возникает "мертвый конец" - т.е. конец, у которого нет соседних пустых мест. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar2.html -- 3.0 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
113. MonKar3
Модификации метода Монте-Карло с критерием Метрополиса. Одна из модификаций метода Монте-Карло - метод SCV MC (Scaled Collective Variables Monte Carlo) - позволяет значительно сократить время расчета траектории, но только вблизи минимума, отвечающего, например, нативному состоянию. Все валентные связи и валентные углы в этом методе жестко фиксированы. ... Собственные значения этой матрицы являются силовыми константами независимых гармонических колебаний в системе. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar3.html -- 4.3 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
114. MonKar4
Молекулярная динамика с Window Moves. ... В этом методе вместо того, чтобы на каждом шаге счета изменять все торсионные углы (SM - simple moves), WM - генерирует локальные конформационные изменения в пределах нескольких рядом лежащих аминокислот, обычно трех. ... В целом WM генерирует конформации с более низкими энергиями, чем SM. В результате SM преимущественно получаются квази-циклические и компактные структуры. ... Eur Biophys J., V.24, P. 387-403, 1996. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar4.html -- 2.6 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
115. MonKar5
Монте-Карло в пространстве последовательностей аминокислот. В ряде случаев метод Монте-Карло применяется для нахождения последовательностей с заданными динамическими свойствами (быстро сворачивающихся). Например, Метод Монте-Карло применя л ся для поиска не в пространстве конформаций, а в пространстве аминокислотных последовательностей. ... Gutin A.M., Abkevich V.I., Shakhnovich E.I. Evolution-like selection of fast-folding model proteins. ... USA, V.92, P. 1282-1286, 1995. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar5.html -- 2.5 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
116. Newcal
... В методе молекулярной динамики рассчитываются классические (ньютоновские) траектории движения атомов макромолекулы в силовом поле эмпирического атом-атомного потенциала, т. е. моделируется детальная микроскопическая картина внутренней тепловой подвижности макромолекулы в субнаносекундных интервалах времен. ... Здесь: -потенциальная энергия, зависящая от взаимного расположения всех атомов; n - число атомов. ... Ниже, на рисунке представлен вид потенциала для разных пар атомов: . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/newcal.html -- 11.7 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
117. NormMod
Метод нормальных мод . Медленные коллективные движения многих атомов играют важную роль в функционировании белков. ... Нориальные моды колебаний являются простыми гармоническими колебаниями около локального энергетического минимума, характеризующегося структурой системы и ее энергетическим минимумом . В случае гармонических колебаний , любые возможные варианты могут быть выражены через суперпозицию нормальных мод. ... Например, в моде i все атомы колеблются с одинаковой частотой . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/normmod.html -- 6.1 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
118. SimpMeth
... Во многих случаях для ускорения расчетов используются сильно упрощенные модели белка, когда каждая аминокислота рассматривается как одна или две сферы. ... Расчеты также значительно упрощаются, если предполагается, что сферы, соответствующие аминокислотам, находятся в вершинах решетки. ... В последнем случае возникает также проблема решеточной аппроксимации данной трехмерной структуры белка. ... J. Chem. Phys., V. 101, P. 5047-5057, 1994. ... Phys., V.101, P. 5293-5304, 1994. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/simpmeth.html -- 10.1 Кб -- 10.10.1999
Похожие документы
Похожие документы
119. http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/1020514.pdf
XIV ES , , : , P, , . ... exp(; G =RT ) ( 1) k T =~ = w k T ' 0 025 w 1013 ;1 , ' 10;13 . XIV.1.1) G G = H # ; T S# (XIV.1.2) H# | ... XIV.1.1) k1 k1 = ~ exp( S=R) exp(; H=RT ): (XIV.1.3) k T ( S # < 0) . ... I ) , 1977) . ... 195 Ca { C b q, ;120 - , , , . ... 1980). ... XIV.10, -57, -195, a ( . ... XIV.10 , ) )| , a - ( exp ;(xi ; x0 )2 =a2 ], i , - a ( 0 005 0 01 . ... D kE ' r2 N (N ; 2) ra0 0 W0 a2 D 1 , , (XIV.3.5) - . ... e - 20 / (XIV.3.5) r x 4. kE (XIV.3.5) D(T ) exp(;e=k T ), . ...
[
Текст
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/1020514.pdf -- 741.9 Кб -- 01.09.1999
Похожие документы
Похожие документы
120. http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/1020513.pdf
XIII ( ( . ... T < 100 K. , . ... XII.1.25)), (DA) = Ci (t) i + Cf (t) f i f. - (XIII.2.4) , Ci (t), Cf (t) DA i f. - x 2. i j, 377 (XII.1.11): Ef j = 0 exp ;i ~ t = 0 exp(;iwf t): f f i = 0 exp i ;i Ei t = ~ i exp(;iwi t) 0 (XIII.2.5) - Ci (t) Cf (t) U, b b b H = H0 + U : ( . ... Vif , (XIII.2.8) jCi (t)j2 = cos2 (jVif jt=~) jCf (t)j2 = sin2 (jVif jt=~): (XIII.2.10) , if DA 2jVif j=~, ( wi 6= wf . ... XIII.3.3) d I dx 1( 2 x) + k 2 1 2 2 1 (x) = 0 (x) = 0: 1 dx 2( 2 x) + k 2 exp( ik1 x), exp( ik2 x). ...
[
Текст
]
Ссылки http://www.library.biophys.msu.ru/rubin/1020513.pdf -- 1348.9 Кб -- 01.09.1999
Похожие документы
Похожие документы