Поиск по:dualopt1.cmm.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера dualopt1.cmm.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 50821 - 50840 из 50854.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
50821. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod2011/l2.pdf
... 10-20 . 80000 , Core2Quad : : : : : 24 / 1 5*108 2 . 5*108/24 24000 1000 ~3 (96 ) 25 , 2000 . ... Shake Shake. ... GROMACS - -, 5-7 . ... dT 1 = T i- T dt ref dt T =1 T 2 ref i -1 dP 1 = P i - P ref dt - db -1 -1 =VW b ' P i- P ref dt b V W , .. . ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod2011/l2.pdf -- 1354.0 Кб -- 30.04.2011
Похожие документы
Похожие документы
50822. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod2011/l1.pdf
... U = t orsion s Vn 1 cos n - 2 --- ( ) V1 V2 V3 U = 1 cos 1 cos2 1 cos3 .. ... U = 1 [ F 1 1 cos F 2 1- cos2 F 3 1 cos3 F 4 1- cos4 2 ] «» 1 2 U = V 1 1 -cos U =V 1 -0 2 3 1,2,3. , 1-2-3-4, 1-4-2-3 - - . ... U VdW =4 r [ ] 12 - r 6 -- - : 6 r = exp [ - r / r m -1 ] - - 6 -6 r m U VdW [ ] 6 . AB =1 / 2 AA BB AB = AA BB , 1-4 1-4 , , . AMBER, 1-4 VdW - , 2. 10-12: AC U HB= 10 - 1 r r 2 , : CD - 4 cosm H 6 dd A C U HB= 10 - 12 cos2 r H..Acc r H..Acc U B= [ ] Don- H..Acc cos4 LP- Acc.. ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod2011/l1.pdf -- 1195.6 Кб -- 30.04.2011
Похожие документы
Похожие документы
50823. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/People/ReshRoman/nar_2011_submission_1.pdf
Nucleic Acids Research Cation binding to 15-TBA quadruplex DNA is a multiplepathway cation-dependent process. ... 420 541 212 179, Email: sponer@ncbr.chemi.muni.cz Abstract A combination of explicit solvent molecular dynamics simulation (30 simulations reaching 4 µ s in total), hybrid quantum mechanics/molecular mechanics approach and isothermal titration calorimetry was used to investigate the atomistic picture of ion binding to 15-mer thrombin binding quadruplex DNA (G-DNA) aptamer ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/People/ReshRoman/nar_2011_submission_1.pdf -- 1674.3 Кб -- 13.04.2011
Похожие документы
Похожие документы
50824. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/People/ReshRoman/jctc_2010.pdf
... 2010, 6, 30033014 3003 Structural Dynamics of Thrombin -Binding DNA Aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG) Quadruplex DNA Studied by Large-Scale Explicit Solvent Simulations Roman Reshetnikov* Department of Boiengineering and Bioinformatics, LomonosoV Moscow State UniVersity, GSP-1, Leninskie Gory, Moscow ... Academy of Sciences of the Czech Republic, Kra oVopolska ґl ґ 135, 61265 Brno, Czech Republic Received May 13, 2010 Abstract: The thrombin -binding aptamer ( ... Left: NMR-based model. ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/People/ReshRoman/jctc_2010.pdf -- 2112.7 Кб -- 13.04.2011
Похожие документы
Похожие документы
50825. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/People/ReshRoman/biochimia_2010.pdf
... The evolution of the two structures in parm99 force fields and parmbsc0 optimized for nucleic acids was analyzed in our adaptation of GROMACS architecture. ... Scheme of 15TGT structure. ... The X ray model of 15TGT changed its initial con formation in both force fields and acquired topology close to the NMR model in a complex with Sr2+ in the parm99 force field [10], while in the parmbsc0 force field the geometry of G quadruplex acquired tepee structure not typical for G quartet (see Fig. ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/People/ReshRoman/biochimia_2010.pdf -- 461.7 Кб -- 13.04.2011
Похожие документы
Похожие документы
50826. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/Homology_modeling_relaxation.pdf
... Molecular Conceptor v. 2.11, Synergix ltd., ... Epot. ... 229 1.522 1.335 1.449 1.010 K2 (kcal/(molе2) 570 317 490 337 434 C2 N : · O a carbonyl oxygen · C a sp2 carbon (such as that attached to an O) · N a main chain nitrogen atom · H a hydrogen atom attached to the N · C2 a united atom CH2 group C-N-H C2-N-C C2-N-H C-C2-N C2-C-O C2-C-N O-C-N q0 () 119.8 121.9 118.4 110.3 120.4 116.6 122.9 H q (kcal/(mol degree2)) 35.0 50.0 38.0 80.0 80.0 70.0 ... USA ( ) «» , (), . ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/Homology_modeling_relaxation.pdf -- 541.7 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50827. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/Protmachines_DNAstructures_7.pdf
... Actin molecule Spontaneous nucleation and elongation 10 10 6 10 10 2 10 1 B P Myosin-V walking on an actin filament Pointed ADP ATP ADP ADP ADP ADP ADP Barbed ADP+Pi ADP +Pi Science 326, 1208 (2009) «» V 18 , II . ... Central rotor Stator ab2 ab2c10 -15 c10 3 -15 Junge W., Sielaff H., Engelbrecht S., Nature 459, 364 (2009) F0F1-ATPase ( )3 6 , 3 . ... ADX), , 2 , 2 . ... Self-assembly of a nanoscale DNA box with a controllable lid, Nature 459, 73 (2009) Cy5 Cy3 42*36*36 nm3, M13 (220+59) «» . ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/Protmachines_DNAstructures_7.pdf -- 2747.9 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50828. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/modern_approaches_3.pdf
... 101 (FDH_PSESR, P33160) (PF00389; 2-Hacid_dh) (PF02826; 2-Hacid_dh_C): 2-Hacid_dh 47-144; 2-Hacid_dh_C 150-332 Lineage: Root: scop Class: Alpha and beta proteins (a/b) Mainly parallel beta sheets ( beta - alpha - beta units) Fold: NAD(P)-binding Rossmann-fold domains core: 3 layers, a/b/a; parallel beta -sheet of 6 strands, order 321456 The nucleotide-binding modes of this and the next two folds/superfamilies are similar Superfamily ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/modern_approaches_3.pdf -- 456.5 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50829. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/md-1.pdf
... 5 DS-SA SA-H 5 DS-SA 5-DSA Ionized Protonated 3.5 RDF of H2O from N DPPC / H20 = 1/5,4 DPPC / H20 = 1/11,7 3.5 3.0 2.5 P- H20 RDF of H2O from P DPPC / H20 = 1/5,4 DPPC / H20 = 1/11,7 DPPC / H20 = 1/15,8 DPPC / H20 = 1/28,5 3.0 2.5 DPPC / H20 = 1/15,8 DPPC / H20 = 1/28,5 N- H2 0 2.0 2.0 1.5 1.0 0.5 0.0 0 7 5 10 15 20 25 g ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/md-1.pdf -- 1303.6 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50830. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/md-2.pdf
... Fi K K b K K I b H b , QM ab initio (DFT B3LYP 631+G*). "" . 1) , b, b0 -, QM 2) K,0 -, QM 3) K, -, , QM 4) qi , ,QM 5) WdV Aij , Cij ,, QM t .. . ... FFT, Self-assembly with PME Self-assembly with Cut-off Steepest descent ( ) hn Conjugate Gradient ( ) , mdp . ... GROMACS - 5-7 . ... 1. 2. 3. 4. 5. 6. : g_energy, g_com : g_rdf , , : g_bond, g_angle, g_sgangle : g_gyrate, g_sgangle, g_mindist, g_mdmat : g_hbond, do_dssp, g_rama, xrama, wheel : g_order, g_density, g_potential, g_coord do_dssp .. ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/md-2.pdf -- 978.4 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50831. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/pymol.pdf
PyMOL http://pymol.sourceforge.net/ http://www.pymolwiki.org Wiki , EDS , . CCP4.
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/pymol.pdf -- 1102.4 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50832. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/nucl_acid.pdf
... O 87 9 NH2 NH N NH N N N NH 5 4 6 N 1 2 N NH N N 3 NH2 P u 3 2 4 r in e G u NH2 N NH a n in H3C e O NH NH A d e O n in NH e N 5 6 NH 1 O O NH O P y r im id i nC y to s i n Te h ym i n er a U c . ... NH2 4 3 O NH 5 6 H O 5* 4* 3* 2 O P OH N O 1 O 1* N- 2* HO . ... 1 2 3 2 1 () - (kissing loops) - - () - () (B ) (A) 120 ENERGY = 18.0 5S_rRNA 1 U 0 2 119 1 2 G 1 3 118 2 3 C 2 4 117 3 .. 116 G 115 117 4 116 117 G 116 118 3 117 118 C 117 119 2 118 119 A 118 120 1 119 120 U 119 0 0 120 (C) (D) (E ) . ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/nucl_acid.pdf -- 1779.4 Кб -- 06.05.2010
Похожие документы
Похожие документы
50833. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/proteins_2010.doc
... 1 |LYSC_AIXSP | ... LYSC_ALLNI | ... LYSC_AMYCA | ... LYSC_AXIAX | ... LYSC_BOVIN | ... LYSC_CALCC | ... LYSC_CALJA | ... LYSC_CAMDR | ... LYSC_CATWA | ... LYSC_CERAE | ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/proteins_2010.doc -- 39.5 Кб -- 29.04.2010
Похожие документы
Похожие документы
50834. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/task_modeller_2009.doc
Задание 1: моделирование структуры белка по гомологии. ... Модификация файла со структурой: удалите всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C. Смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д. Пример: |Было: |Стало | ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/task_modeller_2009.doc -- 27.5 Кб -- 29.04.2010
Похожие документы
Похожие документы
50835. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/nanobiomodel_pract_simple.doc
VPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENS DGEMVISCSSIDSLPDIVFTINGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWIL GDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA Search string : GLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNW Build model for P27822 (PEPA3_RABIT) Alcohol dehydrogenase P00327 (ADH1E_HORSE), 6adh sp|P00327|ADH1E_HORSE Alcohol dehydrogenase E chain ... Сохраните в отчете полученную информацию. Откроите в новом ссылку на информацию БД PFAM относительно Вашего белка. ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/nanobiomodel_pract_simple.doc -- 52.0 Кб -- 29.04.2010
Похожие документы
Похожие документы
50836. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/Programma.doc
... 1 I часть - ХПС Лекция 1. ... Структура и функция белка. ... Уровни организации структуры белка 2. ... Метод определения первичной структуры белка - масс-спектрометрия 5. Типы вторичной структуры белка, водородная связь в полипептидной цепи 6. Третичная структура белка, конформация 7. ... Четвертичная структура белка 10. ... ДНК и РНК. ... Мимикрия пространственной структуры РНК и белка. ... Домены в структуре белка. ... Основные отличия ферментативного катализа от традиционного химического. ...
[
Текст
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/WebHome/Programma.doc -- 59.0 Кб -- 29.12.2009
Похожие документы
Похожие документы
50837. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/AUTHORS
AUTHORS: Ingy dУЖt Net <ingy@cpan.org> Casey West <casey@geeknest.com> Chris Dent <cdent@burningchrome.com> Matt Liggett <mml@pobox.com> Ryan King <rking@panoptic.com> Dave Rolsky <autarch@urth.org> Kang-min Liu <gugod@gugod.org> Jason Ritchey <jasonr@wikia.com>
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/AUTHORS -- 1.3 Кб -- 12.10.2009
Похожие документы
Похожие документы
50838. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/Changes
--- version: 0.10 date: Tue Aug 16 15:08:07 PDT 2005 changes: - Initial release --- version: 0.13 date: Tue Apr 18 05:38:58 PDT 2006 changes: - Lots --- version: 0.10 date: Tue Aug 16 15:08:07 PDT 2005 changes: - Initial release
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/Changes -- 1.2 Кб -- 12.10.2009
Похожие документы
Похожие документы
50839. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/LICENSE
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE Version 2.1, February 1999 Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. ... By contrast, the GNU General Public Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change free software--to make sure the software is free for all its users. This license, the Lesser General Public License, applies to some specially designated software packages--typically libraries--of the Free Software Foundation and other authors who decide to use it. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/LICENSE -- 26.8 Кб -- 12.10.2009
Похожие документы
Похожие документы
50840. http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/META.yml
--- name: JSAN version: 0.13 author: - Ingy dУЖt Net <ingy@cpan.org> abstract: Wikitext and Wysiwyg editor for Wikis and Blogs license: lgpl build_requires: Test.Simple: 0.11 provides: Wikiwyg: file: lib/Wikiwyg.js version: 0.13 generated_by: hand keywords: - wysiwyg - wiki - wikitext - blog - weblog
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/TWiki/WikiwygContrib/META.yml -- 1.3 Кб -- 12.10.2009
Похожие документы
Похожие документы