Поиск по:kodomo.fbb.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера kodomo.fbb.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 21 - 40 из 117625.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
21. allpy: sbbs_2009/blocks_finder.py history
... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . ... Fri, 29 Jul 2011 19:08:21 +0400 . Boris Burkov . ... Mon, 11 Jul 2011 22:12:50 +0400 . ... realtive paths in sbbs_2009 are made relative to programs, not to working directory . Sat, 09 Jul 2011 16:30:28 +0400 . ... sbbs_2009 created. test_homology.py contains function that writes classes of homology to file. less more | ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/sbbs_2009/blocks_finder.py -- 4.8 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
22. allpy: b556c96c6719 utils/markup_to_html.html
... 6 .code1 { display : block ; font-size : 12pt ; width : 2em ; } . ... 10 span .code1 :hover { background : #fcc ; } . 11 span .code1 :hover .popup { display : block ; position : absolute ; margin-left : 1em ; } . ... 18 {% for monomer in row %} . ... 21 <span class= 'code1' > {{ monomer.code1 }} . ... 23 </span> . 24 <span class= 'code3' > {{ monomer.code3 }} </span> . ... 26 <span class= ' {{ name }} ' > {{ markup.get ( monomer , "" ) }} </span> . ... 29 <span class= 'code1' > - </span> . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/markup_to_html.html -- 12.1 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
23. allpy: b556c96c6719 utils/convert_homology.py
... line source . ... 3 from allpy import protein , homology , processors . ... 11 for seq1 , seq2 in zip ( aln1 . ... 12 assert seq1 . ... 21 continue . 22 seq1_number = str ( column [ seq1 ] . ... 23 seq2_number = str ( column [ seq2 ] . ... name , seq1_number ] = seq2_number . ... 27 key = seq1_name , str ( mon1_num ) . ... 30 seq2_name = seq1_name + "_2" . ... 37 if seq2 in col2 and col2 [ seq2 ] is mon2 : . ... 61 line = line . ... 64 class_id , seq_id , monomer_id , column_id = line . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/convert_homology.py -- 24.1 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
24. allpy: debian/blocks3d-wt.install history
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . less more | (0) tip . age . author . description . Sun, 20 Feb 2011 20:47:50 +0300 . Daniil Alexeyevsky . Debianized blocks3d, blocks3d-wt; fixed debian dependencies for python-allpy where necessary . less more | (0) tip
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/debian/blocks3d-wt.install -- 4.3 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
25. allpy: b556c96c6719 pair_cores/protein_pdb.py
. log . graph . tags . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . children . line source . 1 ../ blocks3d / protein_pdb . py .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/pair_cores/protein_pdb.py -- 4.1 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
26. allpy: b556c96c6719 test/test_io_biopython.py
... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . ... 2 from allpy import protein . ... 4 def test_bio_io (): . ... 10 "# STOCKHOLM 1.0 \n " . 11 "#=GS seqA AC seqA123 \n " . ... 13 "#=GS seqB AC seqB345 \n " . ... 27 aln = protein . ... append_file ( o , "stockholm" ) . 28 assert len ( aln . ... 30 assert aln . ... to_file ( o , format = 'stockholm' ) . ... 38 assert hd in ( '#' , '#=GS' , '#=GF' , '#=GC' , 'SeqA' , 'SeqB' , '//' ) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/test_io_biopython.py -- 12.5 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
27. allpy: utils/flush_left_vblock.py history
... Mon, 07 Feb 2011 21:46:43 +0300 . Daniil Alexeyevsky . Replaced all calls to obsolete Alignment.to_fasta() with Alignment.to_file() . ... Replaced all calls to obsolete Block.flush_left() with Block.flush("left") . ... Replaced calls to obsolete Alignment.from_file() with Alignment().append_file everywhere . Fri, 21 Jan 2011 15:00:23 +0300 . ... Wed, 12 Jan 2011 22:27:08 +0300 . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/utils/flush_left_vblock.py -- 5.4 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
28. allpy: repeats/test.py diff
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . 6070ac379ec8 . children . line diff .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/diff/b556c96c6719/repeats/test.py -- 3.7 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
29. allpy: allpy/config.py diff
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . 3cc7ef543da5 . children . 6c7e74a75d13 . line diff .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/diff/b556c96c6719/allpy/config.py -- 3.8 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
30. allpy: b556c96c6719 repeats/test.py
... line source . ... 4 from repeat_joiner import Interval , RepeatJoiner . ... 7 for line in open ( sys . ... 8 line = line . ... 9 if line : . 10 c1 , c2 , from1 , to1 , from2 , to2 , ori1 , ori2 = line . ... 12 continue # first line . 13 ori1 = True if int ( ori1 ) == 1 else False . ... 15 from1 = int ( from1 ) . ... 17 from2 = int ( from2 ) . ... 20 r1 = Interval ( rj , c1 , from1 , to1 , ori1 ) . 21 r2 = Interval ( rj , c2 , from2 , to2 , ori2 ) . ... 32 for interval in interval_group : . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/repeats/test.py -- 13.4 Кб -- 13.04.2016
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/repeats/test.py -- 13.4 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/repeats/test.py -- 13.4 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
31. allpy: b556c96c6719 allpy/config.py
... file . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . ... 3 delta = 2.0 # for geometrical core building . 4 minsize = 20 # min size of returning cores . ... 7 # defaults for set_pdb_chain . ... 15 pdb_url = 'http://www.pdb.org/pdb/files/ %s .pdb' . ... 17 timeout = 10 # time in sec. for BRON-KERBOSCH algorithm . ... 23 # max number of cores (including main core) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/allpy/config.py -- 7.8 Кб -- 13.04.2016
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/config.py -- 7.8 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/config.py -- 7.8 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
32. allpy: utils/markup_to_html.html history
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . less more | (0) tip . age . author . description . Tue, 06 Mar 2012 16:07:36 +0400 . Daniil Alexeyevsky . Added util markup_to_html.py that outputs simple HTML table with marked up alignment . less more | (0) tip
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/utils/markup_to_html.html -- 4.3 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
33. allpy: utils/convert_homology.py history
... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . ... author . ... Mon, 18 Jul 2011 19:53:06 +0400 . Daniil Alexeyevsky . ... Added script utils/convert_homology.py to convert homology files for similar alignments. less more | ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/utils/convert_homology.py -- 4.6 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
34. allpy: pair_cores/protein_pdb.py history
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . less more | (0) tip . age . author . description . Sat, 26 Mar 2011 10:48:11 +0300 . boris (kodomo) . add pair_cores program package . less more | (0) tip
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/pair_cores/protein_pdb.py -- 4.2 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
35. allpy: b556c96c6719 utils/rasmol_homology.py
... 4 from allpy import protein , structure , markups , homology . ... 8 class Alignment ( protein . ... 10 class Block ( protein . ... 12 class Sequence ( protein . ... 15 def write ( line ): . 16 options . ... homology , columns = True ) . ... alignment_blocks ( alignment ) . ... superimpose ( main_sequence , columns , extra_columns = True ) . ... 82 process_sequence ( main_sequence , len ( alignment . ... 133 write ( 'echo %s %s %i - %i ' % ( name , sequences , column_from , column_to )) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/rasmol_homology.py -- 39.4 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
36. allpy: b556c96c6719 utils/make_homologies.py
... add_option ( "-d" , "--base_in" , help = "Name of directory with alignment files (default= \"\" )" , dest = "base_in" , default = "" ) . ... add_option ( "-s" , "--suffix" , help = "Suffix for out files" , dest = "suffix" , default = "hom" ) . ... 29 #parser.add_option("-i", "--in_file", help="File with an alignment in fasta", dest="in_file") . 30 #parser.add_option("-o", "--result", help="Output file with monomer homology classes (default: result.xls)", dest="out_file", default = "result.xls") . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/make_homologies.py -- 21.0 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
37. allpy: b556c96c6719 debian/python-allpy.docs
. log . graph . tags . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . children . line source . 1 docs / build / html . 2 docs / source .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/debian/python-allpy.docs -- 4.2 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
38. allpy: b556c96c6719 debian/blocks3d-wt.links
... file . ... file log . ... 1 usr / lib / blocks3d - wt / blocks3d - wt var / lib / blocks3d - wt / bin / blocks3d - wt . 2 usr / share / blocks3d - wt / locales var / lib / blocks3d - wt / bin / locales . 3 usr / share / blocks3d - wt / files / css var / lib / blocks3d - wt / css . 4 usr / share / blocks3d - wt / files / js var / lib / blocks3d - wt / js . 5 usr / share / blocks3d - wt / files / resources var / lib / blocks3d - wt / resources . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/debian/blocks3d-wt.links -- 6.9 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
39. allpy: b556c96c6719 pair_cores/pair_cores.py
... 12 from protein_pdb import Alignment , Block , Sequence . ... add_argument ( '-b' , help = 'Output pair_cores file' , metavar = 'FILE' , type = w ) . ... add_argument ( '--high-blocks' , help = 'Output text file with high blocks' , metavar = 'FILE' , type = w ) . ... add_argument ( '--high-blocks-html' , help = 'Output HTML file with high blocks' , metavar = 'FILE' , type = w ) . ... add_argument ( '--high-blocks-pymol' , help = 'Output PyMol file with high blocks' , metavar = 'FILE' , type = w ) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/pair_cores/pair_cores.py -- 47.8 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
40. allpy: b556c96c6719 repeats/repeat_joiner.py
... 1 """ Lib to join pair repeats . ... 5 ori: True for '+'-strand, - for '-'-strand . ... 10 from bx.intervals.intersection import Intersecter . ... 20 def __init__ ( self , name ): . ... 23 def __repr__ ( self ): . 24 return self . ... 39 group_real_start -- position of real_start() of this interval in group . ... 44 def __init__ ( self , repeat_joiner , chromosome_name , pos_from , pos_to , ori = True ): . ... 141 """ Use other as source interval to set group_ori and group_real_start of this """ . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/repeats/repeat_joiner.py -- 55.0 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы