Поиск по:kodomo.fbb.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера kodomo.fbb.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 81 - 100 из 117625.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
81. allpy: b556c96c6719 utils/make_homology.py
... file . ... file log . ... help . ... 2 import sys . ... 4 from allpy import protein . ... 10 print ( "Makes homology file from case sensitive input alignment" ) . ... 14 parser = optparse . ... add_option ( "-i" , "--in_file" , help = "File with alignment in fasta" , dest = "in_file" ) . ... add_option ( "-c" , "--case" , action = "store_true" , help = "Case sensitive interpretation of input alignment (False if -c missed)" , dest = "case" ) . ... case_homology ( in_file , out_file , case , format ) ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/make_homology.py -- 11.0 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
82. allpy: blocks3d/protein_pdb.py history
... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . ... author . ... Wed, 29 Feb 2012 11:37:23 +0400 . Boris Nagaev . add class Column to */protein_pdb.py . Tue, 22 Feb 2011 19:10:24 +0300 . boris (netbook) . protein_pdb: fix bugs base geometrical_core/protein_pdb.py@d26329efb9a6 . ... copy protein_pdb module to blocks3d project base geometrical_core/protein_pdb.py@d26329efb9a6 . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/blocks3d/protein_pdb.py -- 5.0 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
83. allpy: b556c96c6719 test/test_io_emboss.py
... 4 from allpy import protein . ... 6 def test_stringio_conversions (): . 7 # MSF is not supported by any other handler, except EMBOSS, . 8 # so by testing MSF we essentially test EMBOSS . ... 10 append_row_from_string ( "a-c-d" , name = "Seq1" ) . ... 15 got = o . ... 16 expect = ">Seq1 \n A-C-D \n >Seq2 \n TGCGA \n " . 17 assert expect == got , "Expected: \n %r \n Got: \n %r " % ( expect , got ) . ... sub ( '(stdout MSF: 5 Type: N) .*' , r'\1' , got ) . ... name = 'whoopie.msf' . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/test_io_emboss.py -- 14.2 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
84. allpy: b556c96c6719 utils/case_to_fasta.py
... 3 import sys . 4 from allpy import protein , markups . ... 7 self , keyword = sys . ... basename ( sys . ... 11 print "Usage: %s -s < infile.markup > outfile.fasta" % self . 12 print "" . 13 print "Accept input alignment in markup format on stdin." . 14 print "Print the alignment to stdout in fasta format with case preserved." . 15 sys . ... 17 infile = sys . ... 18 outfile = sys . ... 20 aln = protein . Alignment () . ... 23 for monomer in seq : . ... code1 = monomer . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/case_to_fasta.py -- 9.7 Кб -- 13.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
85. allpy: b556c96c6719 utils/realign_block.py
... help . ... 2 """Realign given part of alignment. ... 9 from allpy import protein . ... append_file ( open ( options . ... columns ) . 18 columns = alignment . columns [ options . ... from_alignment ( alignment , columns = columns ) . ... 28 parser = optparse . ... add_option ( "-i" , "--in-file" , . 30 help = "Input alignment file (in FASTA format)" ) . ... add_option ( "-o" , "--out-file" , . ... add_option ( "-b" , "--begin" , type = int , . ... 40 options , args = parser . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/realign_block.py -- 15.8 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
86. allpy: debian/rules diff
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . 2b74596f3c64 . children . line diff .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/diff/b556c96c6719/debian/rules -- 3.7 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
87. allpy: allpy/rna.py diff
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . 6e87dcc73d8b . children . line diff .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/diff/b556c96c6719/allpy/rna.py -- 3.7 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
88. allpy: allpy/dna.py diff
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . afed1fd8920c . children . line diff .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/diff/b556c96c6719/allpy/dna.py -- 3.7 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
89. allpy: b556c96c6719 /blocks3d/www/
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . name . size . permissions . [up] . drwxr-xr-x . input/ . drwxr-xr-x . Makefile . 624 . -rw-r--r-- . README . 229 . -rw-r--r-- . macros.py . 426 . -rw-r--r-- . r2w.ini . 230 . -rw-r--r-- . test.py . 467 . -rw-r--r--
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/blocks3d/www -- 4.4 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
90. allpy: b556c96c6719 debian/rules
... blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . ... 1 #!/usr/bin/make -f . ... 3 DEB_AUTO_UPDATE_DEBIAN_CONTROL = yes . ... 8 include / usr / share / cdbs / 1 / rules / debhelper . ... 11 build / python - allpy :: . ... 14 build / geometrical - core2 :: . ... 19 > debian / bin / geometrical - core2 . 20 chmod + x debian / bin / geometrical - core2 . ... 26 b3dwt = blocks3d / wt . ... 33 build / blocks3d - wt :: $ ( b3dwt_exe ) debian / . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/debian/rules -- 13.3 Кб -- 12.04.2016
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/debian/rules -- 13.3 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/debian/rules -- 13.3 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
91. allpy: b556c96c6719 allpy/rna.py
... 1 import base . 2 import data.codes . ... 4 import rna . ... 6 class Monomer ( base . Monomer ): . 7 """RNA monomers: nucleotides.""" . 8 type = 'rna' . 9 types = rna . ... rna ) . ... 15 class Sequence ( base . ... 18 class Column ( base . ... 21 class Alignment ( base . Alignment ): . ... 24 class Block ( Alignment , base . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/allpy/rna.py -- 7.9 Кб -- 12.04.2016
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/rna.py -- 7.9 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/rna.py -- 7.9 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
92. allpy: b556c96c6719 allpy/dna.py
... line source . ... 2 import data.codes . 3 from data.genetic_code import standard_dna_code . ... 14 by_name = {} . ... 17 class Sequence ( base . ... 20 def reverse_complemented ( self ): . ... 23 Name of the sequence is name of self with apostrophe added. 24 """ . ... 28 description = self . ... 35 def translated ( self , code = None , name = None , description = None , source = None ): . ... 38 `code` is a dict of triplet of dna `code1`s -> aminoacid `name`. ... 57 code = standard_dna_code . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/allpy/dna.py -- 19.5 Кб -- 12.04.2016
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/dna.py -- 19.5 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/dna.py -- 19.5 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
93. allpy: b556c96c6719 /allpy/fileio/
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . name . size . permissions . [up] . drwxr-xr-x . __init__.py . 112 . -rw-r--r-- . auto.py . 877 . -rw-r--r-- . bio.py . 1200 . -rw-r--r-- . common.py . 839 . -rw-r--r-- . emboss.py . 1364 . -rw-r--r-- . fasta.py . 1933 . -rw-r--r-- . fastq.py . 1793 . -rw-r--r-- . markup.py . 5874 . -rw-r--r--
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/b556c96c6719/allpy/fileio -- 4.9 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
94. allpy: f1c6ed49f7e0 /blocks3d/www/
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . name . size . permissions . [up] . drwxr-xr-x . input/ . drwxr-xr-x . Makefile . 576 . -rw-r--r-- . README . 229 . -rw-r--r-- . macros.py . 426 . -rw-r--r-- . r2w.ini . 230 . -rw-r--r-- . test.py . 467 . -rw-r--r--
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/f1c6ed49f7e0/blocks3d/www -- 4.4 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
95. allpy: f1c6ed49f7e0 /allpy/fileio/
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . name . size . permissions . [up] . drwxr-xr-x . __init__.py . 112 . -rw-r--r-- . auto.py . 877 . -rw-r--r-- . bio.py . 1200 . -rw-r--r-- . common.py . 839 . -rw-r--r-- . emboss.py . 1364 . -rw-r--r-- . fasta.py . 1933 . -rw-r--r-- . fastq.py . 1793 . -rw-r--r-- . markup.py . 5874 . -rw-r--r--
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/f1c6ed49f7e0/allpy/fileio -- 4.9 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
96. allpy: b556c96c6719 test/test_usecases.py
... file . ... 4 def capture_stdout ( module_name , stdin = None , argv = ()): . ... 7 command = [ file ] + list ( argv ) . 8 print command , stdin . ... 15 assert p . ... 18 def test_usecase1 (): . 19 """Run usecase1, assert it produced the expected results.""" . ... 30 assert got == expect , "Usecase1: \n expect \t %r \n got \t %r " % ( expect , got ) . ... 44 '>C5DLZ5_LACTH/158-193 \n ' . ... 63 assert output == expect , "Usecase1: \n expect \t %r \n output \t %r " % ( expect , output ) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/test_usecases.py -- 17.5 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
97. allpy: b556c96c6719 utils/extract_pfam.py
... file . ... 8 from allpy import base , protein , structure , markups . ... add_option ( '--min-depth' , type = int , default = 2 , . ... 24 help = 'Directory to save results to' ) . ... 62 def parse_dbxref ( dbxref ): . ... 75 def parse_pdb_codes ( seq ): . ... 83 def append_seq ( aln , seq , pdb_codes ): . ... 119 for seq in aln . ... 135 def clean_aln ( aln ): . ... 144 def output_aln ( aln ): . ... 149 def process_aln ( aln ): . ... 159 out_seq = append_seq ( out_aln , seq , pdb_codes ) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/extract_pfam.py -- 58.0 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
98. allpy: b556c96c6719 test/test_io_fastq.py
... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . ... 1 from StringIO import StringIO . 2 from allpy import dna . ... 5 @HWI-ST992:108:D06T0ACXX:6:1107:13562:94150 1:N:0: . ... 9 @HWI-ST992:108:D06T0ACXX:6:1107:13630:94150 1:N:0: . ... 15 def test_fastq_io (): . 16 file = StringIO ( example ) . 17 aln = dna . ... append_file ( file , format = "fastq" ) . 18 assert len ( aln . ... 19 a , b = aln . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/test_io_fastq.py -- 10.5 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
99. allpy: b556c96c6719 test/test_io_fasta.py
... 3 from allpy import protein . ... 8 >seq1 description 1 . ... 16 >seq2 description2 . ... 19 >seq3 . ... 27 def test_fasta_io (): . 28 aln = protein . ... 29 seq1 , seq2 , seq3 , seq4 = aln . ... 30 assert seq1 . name == "seq1" . ... description == "description 1" . 32 assert seq1 == protein . ... 33 assert seq2 . name == "seq2" . ... description == "description2" . 35 assert seq2 == protein . ... 36 assert seq3 . ... 38 assert seq3 == protein . ... 41 assert seq4 == protein . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/test_io_fasta.py -- 10.7 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
100. allpy: b556c96c6719 debian/blocks3d.links
. log . graph . tags . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . 807e1e71bc33 . children . line source . 1 usr / share / blocks3d / blocks3d . py usr / bin / blocks3d .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/debian/blocks3d.links -- 4.3 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы